柿属植物叶绿体蛋白质编码基因密码子用法

发布时间：2019-03-19 16:33

【摘要】：为给后续柿属植物叶绿体基因工程研究提供基础,利用Codon W、CUSP、SPSS软件对5个柿属植物叶绿体基因组中的55条蛋白质编码基因序列进行密码子使用模式分析。结果显示,柿属植物叶绿体基因组密码子第3位碱基GC含量为26.9%~27.8%,有效密码子数在49.58~50.18之间,密码子偏好性较弱;柿叶绿体基因组不同位置的有效密码子数不同,取值范围为32.36~59.64;中性绘图分析和ENC-plot绘图分析结果表明,柿叶绿体基因组的密码子偏好性主要受选择的影响;通过高频密码子和高表达优越密码子分析相结合的方法,筛选出23个柿属植物最优密码子,且这些密码子主要以A和U碱基结尾。
[Abstract]:In order to provide the basis for the research on chloroplast gene engineering of the follow-up persimmon, the analysis of the codon usage of 55 protein-coding gene sequences in the chloroplast genome of five persimmon plants was analyzed by Codon W, CUSP and SPSS. The results showed that the content of the third base GC was 26.9% ~ 27.8%, the number of effective codons was 49.58 ~ 50.18, the codon preference was weak, and the number of effective codons in different positions of the chloroplast genome was 32.36 ~ 59.64. The results of neutral plot analysis and ENC-plot analysis show that the codon preference of the genome of the persimmon chloroplast is mainly influenced by the selection, and the optimal codons of the 23 persimmon plants are screened through the combination of the high-frequency codon and the high-expression superior codon analysis. And these codons are mainly at the end of the A and U bases.
【作者单位】： 中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室;国家林业局泡桐研究开发中心;中国林业科学研究院经济林研究开发中心;
【基金】：“十二五”科技计划课题“涩柿种质资源收集评价与新品种选育”(2013BAD14B0502)
【分类号】：Q943.2

【参考文献】

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【共引文献】

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【二级参考文献】

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本文编号：2443697