番茄（亨氏1706）富含亮氨酸重复序列类受体蛋白激酶基因家族生物信息学与表达分析

发布时间：2019-06-02 18:25

【摘要】：富含亮氨酸重复序列类受体蛋白激酶(LRR-RLK)是类受体激酶(RLK)中最大的一个亚家族,它主要对植物生长、发育以及环境胁迫等方面进行调控。在本文中,我们首先利用已知数据库(Phytozome、Smart、Softberry等)进行同源检索和序列分析,得到234个番茄(Solanum lycopersicum,品种为亨氏1706)LRR-RLK基因(以下简称SlLRR-RLK);随后根据其蛋白全长序列相似性构建了系统发生进化树,将这些基因分为10个亚家族。然后我们利用MEME在线网站,分别分析了番茄各个亚家族基因胞外受体结合域(LRR域)和胞内激酶域(RLK域)的保守基序结构(Motif)的组成和排列的复杂程度,结果表明不同的亚家族呈现不同的特异性,这暗示其功能也具有多样性。由于串联重复在其他物种中是引起基因数目扩增的主要原因,我们分析得到在番茄中仅有12%(29/234)的基因构成串联重复。最后我们利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析了在番茄各个组织器官中特异表达的基因,获得一些在番茄果实发育和软化阶段表达量水平出现差异的基因,包括solyc02g081070、solyc03g118510、solyc05g007120、solyc09g055570、solyc12g010740、solyc02g091840,结果表明SlLRR-RLK基因家族在果实发育和软化方面也存在着一定的功能,而这方面的研究至今未见报道。本文结合生物信息学和实时荧光定量PCR技术手段,首次分析和预测了茄科植物番茄(亨氏1706)LRR-RLK基因家族在果实发育和软化方面的主要功能,将为PlLRR-RLK基因家族对果肉型植物的不同果实发育阶段的功能研究提供重要的理论依据。
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【学位授予单位】：天津大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：Q943.2

【参考文献】

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6 张艳君;朱志峰;陆融;徐琼;石琳熙;简序;刘俊燕;姚智;;基因表达转录分析中内参基因的选择[J];生物化学与生物物理进展;2007年05期

7 马媛媛,甘睿,王宁宁;植物富含亮氨酸重复序列型类受体蛋白激酶的生物学功能[J];植物生理与分子生物学学报;2005年04期

8 王梁燕,洪奇华,张耀洲;实时定量PCR技术及其应用[J];细胞生物学杂志;2004年01期

9 张立国,张琚;实时定量PCR技术的介绍[J];生物技术;2003年02期

10 黄科,曹家树,吴秋云,温庆放;生物信息学[J];情报学报;2002年04期

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本文编号：2491332