烟草酪氨酸转氨酶基因家族分析

发布时间：2019-09-02 14:27

【摘要】：为揭示烟草酪氨酸转氨酶(Tyrosine aminotransferase,TAT)基因家族的遗传特征和功能,利用生物信息学对不同烟草品种中该基因家族进行鉴定和分析。结果表明,普通烟草中存在4个TATs基因,林烟草和绒毛状烟草中各有3个TATs基因。亚家族Ⅰ中TATs基因的编码序列在1 263~1 338 bp,编码404~445个氨基酸,蛋白质分子量为42.81~49.64 k D,均为不含跨膜结构域的稳定蛋白。亚家族Ⅱ中TATs蛋白均为不稳定蛋白。除NtabTAT4外,其余TATs基因均含有7个外显子和6个内含子。烟草TATs蛋白可分为两类:Group Ⅰ和Group Ⅱ。qPCR分析表明,NtabTATs在普通烟草K326的根、茎、叶和花中都有表达。
【图文】：

烟草,普通烟草,绒毛状,光响应

，其中9个顺式作用元件（ARE、Box4、Box1、CAAT-box、MBS、TATA-box、TCT-motif、TCA-element和circadian）为NtabTATs启动子所共有。根据顺式作用元件的功能将51个顺式作用元件分为两类（表3）：一类是与生物和非生物胁迫相关的顺式作用元件，，包括生物胁迫响应元件Box-W1，非生物胁迫响应元件中的光响应元件BoxI、Box4、CATT-motif等，生长素响应元件AuxRR-core和TGA-element，茉莉酸响应元件TGACG-motif，水杨酸响应元件SARE和TCA-element，以及干旱应答元件、热激元件、低温响应元方框为外显子，水平线为内含子图1普通烟草、林烟草和绒毛状烟草TATs基因的进化及结构示意图Fig.1PhylogeneticrelationshipsandgenestructuresofTATgenesinNicotianatabacum,NicotianasylvestrisandNicotianatomentosiformis表3NtabTATs启动子的顺式作用元件Tab.3Cis-regulatoryelementsofNtabTATpromoters生物与非生物胁迫相关的顺式作用元件3-AF1bindingsiteATCT-motifATC-motifAE-boxBox4Box1CATT-motifG-boxGAG-motifGATA-motifGT1-motifTAAGAGAGGAAAATCTAATCCAGTAATCTAGAAACAAATTAATTTTCAAAGCATTCTACGTGAGAGATGAAGGATAAGGGGTTAATSolanumtuberosumPisumsativumSpinaciaoleracea/ArabidopsisthalianaArabidopsisthalianaPetroselinumcrispumPisumsativumZeamaysDaucuscarotaSpinaciaoleraceaSolanumtuberosumAvenasativaTAT3TAT2,TAT3TAT4TAT1TAT1,TAT2,TAT3,TAT4TAT1,TAT2,TAT3,TAT4TAT1TAT1,TAT3TAT1,TAT2,TAT3TAT3TAT3光响应元件光响应保守DNA的部分元件光响应保守DNA的部分元件部分光响应元件光响应保守DNA的部分元件光响应元件部分

序列,序列比对,烟草,拟南芥

2017烟草科技年黑色方框所示的序列为TAT家族典型的结构域，黑色下划线所示为SLSKRWLVPGWRLG序列，黑点所示为保守的Arg残基图2NtabTATs蛋白的序列比对Fig.2SequencesalignmentofNtabTATproteinsNtab、Ntom、Nsyl、At、Os和Soly分别代表普通烟草、林烟草、绒毛状烟草、拟南芥、水稻和番茄图3烟草、番茄、拟南芥和水稻TAT基因家族的进化分析Fig.3PhylogeneticanalysisofTATgenefamiliesintobacco,Lycopersiconesculentum,ArabidopsisthalianaandOryzasativa·6·
【作者单位】：郑州大学生命科学学院;中国烟草总公司郑州烟草研究院;
【基金】：中国烟草总公司烟草基因组计划重大专项项目“基于基因组编辑技术的烟草重要基因功能研究”[110201501015(JY-02)]
【分类号】：Q943.2;S572

【相似文献】