辣椒ARF基因家族的鉴定与表达分析

发布时间：2019-11-28 04:50

【摘要】：为进一步研究辣椒ARF(Auxin Response Factor)基因家族在其生长发育及逆境胁迫中的作用,利用生物信息学方法从辣椒基因组中鉴定出20个ARF基因,这些基因不均匀地分布在辣椒12条染色体上。进化关系显示辣椒ARF基因可分为ClassⅠ和Ⅱ两大类,进一步可细分为Ⅰa、Ⅰb、Ⅰc、Ⅰd、Ⅰe、Ⅱa和Ⅱb等7个亚类。基因结构图表明,该基因家族由1~15个外显子构成,且各基因在不同发育时期不同组织中的表达量不同,具有一定的特异性。qRT-PCR结果表明,高盐胁迫可以明显激活或抑制ARF基因家族的表达。
【图文】：

０００４５２２４６３８２０９０．２７５．７４ＡＴ１Ｇ３０３３０ＡＲＦ６０Ｃａｐａｎａ１０ｇ００１４６１１１３４３７７４２．５１７．１０ＡＴ４Ｇ３００８０ＡＲＦ１６Ｅ－１２３Ｃａｐａｎａ１１ｇ００００７６２０６７６８８７６．０６８．５８ＡＴ２Ｇ２８３５０ＡＲＦ１００Ｃａｐａｎａ１１ｇ０００１０５２２５９７５２８３．９１６．１１ＡＴ５Ｇ６０４５０ＡＲＦ４０Ｃａｐａｎａ１２ｇ００１３５４２４９９８３２９２．７８６．２９ＡＴ５Ｇ６２０００ＡＲＦ２，ＡＲＦ１－ＢＰ，ＨＳＳ，ＯＲＥ１４０图１辣椒ＡＲＦ基因家族保守结构域比对Ｆｉｇ．１ＡｌｉｇｎｍｅｎｔｏｆｃｏｎｓｅｒｖｅｄｄｏｍａｉｎｓｏｆＡＲＦｇｅｎｅｆａｍｉｌｙｉｎｐｅｐｐｅｒ１０５０西北植物学报３７卷

图２辣椒ＡＲＦ基因家族在染色体上的位置Ｆｉｇ．２ＴｈｅｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｌｏｃａｔｉｏｎｓｏｆＡＲＦｇｅｎｅｆａｍｉｌｙｉｎｐｅｐｐｅｒ所以有些基因在染色体上的分布暂时还不清楚，，此研究把这些基因暂时定位在假设的０号染色上。由图２的定位信息可知，辣椒ＡＲＦ基因家族共２０个成员分布在１２条染色体上，其中分布在０号和４号染色体上的最多，各有３条基因；其次在７号、８号、９号和１１号染色体上各有２条基因；在２号、３号、５号、６号、１０号和１２号染色体上各有１条基因，且这些基因主要分布在染色体的下端；１号染色体上没有基因的分布。２．５辣椒ＡＲＦ基因家族的进化与拟南芥和番茄的同源关系为更进一步了解辣椒ＡＲＦ基因家族与拟南芥的同源关系，构建辣椒、拟南芥与番茄ＡＲＦ基因家族系统进化树（图３）。由图３可知，辣椒ＡＲＦ基因家族可分为２组及７个亚组，ＣｌａｓｓⅠ可分为ａ、ｂ、ｃ、ｄ和ｅ５个亚类，分别含有３、４、２、５和１个ＡＲＦ基因，ＣｌａｓｓⅡ可分为ａ和ｂ２个亚组，分别含有１和４个ＡＲＦ基因。ＣｌａｓｓⅠｃ和Ⅰｄ有一个自展值为１００的直系同源基因对（ＳｌＡＲＦ４／ＣａＡＲＦ４、ＳｌＡＲＦ１８／ＣａＡＲＦ９Ａ），且Ⅰｃ中还有１对自展值为９９的直系同源基因对（ＳｌＡＲＦ５／ＣａＡＲＦ５），Ⅰｄ中有２对自展值为９９的直系同源基因对（ＳｌＡＲＦ１／ＣａＡＲＦ１、ＳｌＡＲＦ９Ａ／ＣａＡＲＦ９Ｂ）。此外，从图中可以看出拟南芥和番茄中含有旁系同源基因对（ＡｔＡＲＦ１９／ＡｔＡＲＦ７、ＡｔＡＲＦ２２／ＡｔＡＲＦ１４、ＡｔＡＲＦ１１／ＡｔＡＲＦ１８、ＡｔＡＲＦ１６／ＡｔＡＲＦ１０、ＡｔＡＲＦ２３／ＡｔＡＲ

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本文编号：2566912