胃癌外周血基因标志物研究

发布时间：2017-04-07 10:18

  本文关键词：胃癌外周血基因标志物研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的通过收集和分析胃癌患者及对照组的血液全基因表达谱的找出与胃癌相关的血液基因标志物。方法1血样收集:样本于2014~2015年采集于安徽医科大学第二附属医院包括:胃癌组36份血液样本;健康对照组:55例;非胃癌的其他肿瘤对照组125例。2提取RNA和RNA的质量控制:用PAXgene Blood RNA抽提试剂盒提取外周血总RNA。评估总RNA的浓度和纯度。通过Agilent 2100生物分析仪检测总RNA的片段完整性。3基因芯片杂交:全血RNA与基因芯片杂交分析,RNA样品的基因表达谱利用Affymetrix表达控制台软件处理并经MAS5算法标准化,使之可被比较分析差异。4基因芯片数据分析:运用Sentinel Pair TM,Log Reg TM进行分析运算,用蒙特卡洛方法(Monte Car lo Method)从大量的数据中加速寻找表达有显著差异的基因组(gene panel)。比较分析各基因组在各实验组中的区别能力,甄别出符合假设的基因组。并用逻辑回归统计分析方法评估上述基因构成的基因组合对胃癌的诊断作用。结果5通过自我训练的逻辑回归模型,研究确定了检测胃癌的四个候选基因包括PURB,SMC1L1,DENND1B和PDCD4。这些基因表达在胃癌组与健康对照组对比显示:其中两个基因(PURB,DENND1B)在胃癌组中过表达(2.2倍,1.5倍),另两个基因(SMC1L1,PDCD4)则呈低表达(-1.6倍,-1.7倍)。这个四基因组表达在胃癌与健康对照组之间呈线性倍增变化,差异有统计学意义(P0.001)。6训练集中,这四个基因组显示的ROC AUC为0.99,准确率95%,敏感性90%,对健康对照组特异性为100%,对非胃癌的其他肿瘤对照组特异性为95%。7为了验证这四个基因组的可能性是否仅仅由于随机的机会,我们进行了2倍交叉验证,从中我们得出结论,所观察到的4个基因组合的表现,不可能是随机的结果。8然后我们用上述建立在训练集上的数学预测模型来评估完全独立样本的测试集,评估的结果与预测模型在训练集的表现相似:ROC AUG为99%,准确率94%,敏感性100%,对健康对照组特异性为100%,对非胃癌的其他肿瘤对照组特异性为88%。9将训练集和测试集的结果相结合,得出这个四个基因组诊断胃癌的准确度为95%,敏感性为92%,特异性为96%。结论本研究显示了使用外周血的基因表达谱检测胃癌的可能性。研究发现了一个外周血四基因组的胃癌特异性基因标志物,这个四基因组包含PURB[purine-rich element binding protein B],SMC1L1[structural maintenance of chromosomes 1A],DENND1B[DENN/MADD domain containing 1B]和PDCD4[programmed cell death 4]四个基因。这一基因组检测胃癌具有极高的准确性、敏感性及特异性,远远超越传统的肿瘤标记物检测。有望成为胃癌的风险评估基因并成为潜在的临床生物学标志,为建立实用的外周血胃癌筛查技术奠定基础。
【关键词】：基因标志物 胃癌 基因组 外周血
【学位授予单位】：安徽医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R735.2
【目录】：

• 英汉缩略语名词对照5-6
• 摘要6-8
• ABSTRACT8-11
• 1 引言11-18
• 2. 实验材料与方法18-40
• 2.1 研究人群18-19
• 2.2 外周血采集和总RNA抽提19-29
• 2.3 基因表达谱芯片杂交29-38
• 2.4 数据处理和生物信息分析38-40
• 3 结果40-46
• 4 讨论46-49
• 5 结论49-50
• 6 展望50-51
• 参考文献51-56
• 附录56-57
• 致谢57-58
• 综述58-65
• 参考文献62-65

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1 戴成雨;胃癌20例误诊分析[J];实用医学杂志;2002年03期

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3 倪海滨,毛振彪,黄介飞,肖明兵,季颖林,张彦亮,冒海蕾;血清可溶性细胞间粘附分子-1与胃癌临床意义的研究[J];南通医学院学报;2003年01期

4 邢亚莉;姚春霞;唐晓君;刘春梅;;彩超在胃癌诊断中的价值[J];基层医学论坛;2007年17期

5 ;日本专家用新技术提高胃癌诊断准确率[J];生物医学工程与临床;2009年02期

6 ;新技术能提高胃癌诊断准确率[J];中华中医药学刊;2009年07期

7 高春光;;胃癌患者的临床治疗体会[J];中国民族民间医药;2009年14期

8 高瑞凤;朱晔;刘兴姣;;37例进展期胃癌的超声分析[J];中国实用医药;2010年25期

9 姜可伟;;规范全球第二大致死率疾病的诊断——《胃癌诊断标准》解读[J];中国卫生标准管理;2010年04期

10 张常华;何裕隆;詹文华;吴英;;多学科小组与胃癌诊治[J];现代肿瘤医学;2011年06期

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1 武淑兰;魏志杰;殷宇明;;胃癌致微血管病性溶血性贫血的诊断[A];第十一届全国红细胞疾病学术会议暨学习班论文汇编[C];2007年

2 丁涛;;超声在诊断胃癌中的应用[A];中国超声医学工程学会第三届全国肌肉骨骼超声医学学术交流会论文汇编[C];2011年

3 陈晓康;吕国荣;苏若瑟;;应用彩色能量多普勒血流显像对胃癌的诊断价值[A];庆祝中国超声医学工程学会成立20周年——第八届全国超声医学学术会议论文汇编[C];2004年

4 于吉人;;胃癌的术前系统评估[A];2004年浙江省外科学学术年会论文汇编[C];2004年

5 杨军乐;宁文德;董季平;徐敏;;多层螺旋CT在胃癌诊断中的应用研究[A];中华医学会第十三届全国放射学大会论文汇编（下册）[C];2006年

6 张晓鹏;;胃癌磁共振成像研究进展[A];第四届中国肿瘤学术大会暨第五届海峡两岸肿瘤学术会议教育集[C];2006年

7 张丽红;常维平;黄贤会;;螺旋CT在特殊部位胃癌诊断中的应用[A];中国医师协会放射医师分会首届会员大会暨第四届医学影像山东论坛、山东省第16次放射学会议暨山东省第14届医学影像学学术研讨会论文集[C];2007年

8 陈静;;彩色多普勒超声检查在胃癌的应用[A];中国超声医学工程学会第七届全国腹部超声学术会议学术论文汇编[C];2007年

9 刘池波;梁勇;王海宝;杨林军;梁津逍;;胃癌患者中血清淀粉样蛋白A的测定及临床意义[A];第二届中国医学细胞生物学学术大会暨细胞生物学教学改革会议论文集[C];2008年

10 吴厚宾;;腹腔镜在胃癌诊治中的应用进展(综述)[A];江西省第二届胃肠外科学术会议暨江西省第十二次中西医结合普通外科学术会议论文汇编[C];2012年

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1 钱铮;新技术能提高胃癌诊断准确率[N];中国中医药报;2009年

2 记者 陈青;胃癌患者从“存活”迈向“乐活”[N];文汇报;2010年

3 李楠;胃癌诊断敏感性从不足30%提高到57.4%[N];健康报;2008年

4 通讯员 李楠;胃癌“转化医学”研究见成效[N];上海科技报;2008年

5 记者 楚燕　通讯员 那伟 高树灼;厦门胃癌研究达国际领先水平[N];厦门日报;2009年

6 胡德荣;新型胃癌分子标志物研究获突破[N];中国医药报;2010年

7 本报记者 周芳;改善饮食习惯 早发现早治疗[N];吉林日报;2006年

8 中南大学湘雅二医院 杨燕贻;胃癌防治有哪些错误观念[N];大众卫生报;2005年

9 特约记者 程守勤;胃癌诊断又有新方法[N];家庭医生报;2003年

10 重庆万州 黄琼;胃癌的手术治疗[N];上海中医药报;2013年

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1 孙大志;基于microRNA 21的调控作用探讨从痰论治胃癌的作用机制[D];中国人民解放军医学院;2012年

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3 殷继鹏;肿瘤血管靶向肽GX1用于胃癌的分子影像研究[D];第四军医大学;2015年

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3 马春婷;胃癌与幽门螺杆菌的相关性研究[D];石河子大学;2015年

4 王士杰;腹腔镜手术治疗进展期远端胃癌的临床疗效及患者术后随访生存质量研究[D];中国人民解放军医学院;2015年

5 李浩;胃癌血清蛋白标记物的筛选与鉴定[D];郑州大学;2015年

6 王巍;胃癌患者血液样品的光谱分析[D];郑州大学;2015年

7 李玉博;高场磁共振在胃癌术前T分期与分级的价值[D];郑州大学;2015年

8 张苏钰;SOX4和P53蛋白在胃癌组织中的表达及贞芪扶正胶囊对胃癌术后辅助治疗作用的观察[D];兰州大学;2015年

9 马来阳;能谱CT成像在胃癌术前分期及分化程度评价中的应用研究[D];兰州大学;2015年

10 侯向红;HORMAD2在胃癌中的表达及对胃癌细胞增殖和凋亡的影响[D];兰州大学;2015年

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