山茱萸萜类合成途径关键酶HMGR1基因的克隆与分析

发布时间：2021-01-06 19:20

　　目的克隆山茱萸Cornus officinalis HMGR1的cDNA序列并进行生物信息学分析。方法以山茱萸转录组数据中unigenec100572_g1序列为参考,在其开放阅读框两端设计特异引物,经实时荧光定量PCR（RT-PCR）扩增、连接pTOPO-T载体克隆并测序,获得CoHMGR1基因的cDNA序列,并利用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白进行相关分析。结果 CoHMGR1基因长2 116 bp,含长度为1 338 bp的完整开放阅读框（ORF）,编码445个氨基酸,为疏水性蛋白。多序列比对和亲缘关系分析显示,CoHMGR1基因编码的氨基酸序列与喜树的序列相似性较高,达79.56%。结论首次对山茱萸叶片和果实进行比较转录组测序的基础上,成功克隆并分析了CoHMGR1基因,为进一步研究CoHMGR1蛋白的功能及山茱萸萜类合成途径的分子机制奠定基础。 

【文章来源】：中草药. 2020,51(18)北大核心

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

Co HMGR1蛋白亲疏水性预测

Co HMGR1蛋白的跨膜区预测

使用SOPMA软件在线预测CoHMGR1蛋白的二级结构，结果见图4。其中二级结构共有4种，以?-螺旋（蓝色，40.67%）和无规卷曲（紫色，40.45%）为主要结构，还有少量的延伸链（红色，13.26%）与β-转角（绿色，5.62%）。利用SWISS-MODEL工具在线预测构建CoHMGR1蛋白的三维结构见图5。结果表明，HMGR1蛋白以3cd0.1.C蛋白作为模板，序列相似性为51.08。图5 Co HMGR1三维结构预测

【参考文献】：
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本文编号：2961123