蓖麻RcHSF基因家族鉴定与冷胁迫下的表达模式分析

发布时间：2021-01-17 09:26

　　为明确蓖麻HSF基因家族的结构特征与冷胁迫下的表达模式,利用序列比对法实现蓖麻HSF基因家族成员的全基因组鉴定,通过生物信息学手段对基因家族成员的序列结构、理化性质、染色体定位、启动子顺式作用元件、蛋白保守结构域、系统进化关系以及聚类方式进行分析,并结合RNA-Seq与qRT-PCR对RcHSFs的表达水平进行验证。结果表明,蓖麻基因组中含有19个RcHSF基因家族成员;基因分析发现RcHSFs分别含有1～3个外显子,定位在17个染色体片段上且呈不均匀分布,其中大多数RcHSFs均含有AAGAA-motif、MYB与MYC元件,暗示其响应植物激素与逆境胁迫;蛋白分析表明,RcHSFs按照基序类型与排布方式被聚为A、B、C 3类,推测不同类型HSF的蛋白功能存在差异,尽管所有成员均存在不同程度的motif缺失,但结构域高度保守;RNA-Seq分析发现仅RcHSF4与RcHSF10受冷胁迫诱导表达,与qRT-PCR验证结果一致。结果为RcHSFs基因的克隆与功能研究提供重要的理论基础,为蓖麻抗冷新种质资源的建立提供候选基因。 

【文章来源】：华北农学报. 2020,35(05)北大核心

【文章页数】：10 页

【部分图文】：

蓖麻RcHSF基因结构分布

根据基因家族成员的染色体定位信息,使用TBtools工具绘制基因染色体分布图,由于蓖麻基因组拼接与染色体组装不完整,只能将RcHSFs基因定位在未完整拼接的染色体片段上。最终分析结果(图4)显示,所有RcHSF基因被定位在17个染色体片段上,呈不均匀分布。Gu等[24]将2个同源性均大于75%且比对长度大于较长序列80%的基因定义为串联重复基因。本研究中,由于RcHSF9与RcHSF10基因没有相连,RcHSF15与RcHSF16基因的同源性较低,且所有染色体片段之间没有表现出微共线性,充分证明在基因组复制过程中RcHSF基因家族成员并未发生串联重复与片段重复事件。图4 蓖麻RcHSF基因的染色体分布

蓖麻RcHSF基因的染色体分布


本文编号：2982608