ERAP1、ERAP2、SLC9B1、AARS2、EXOC4基因插入缺失变异与银屑病相关性研究

发布时间：2017-04-11 12:04

  本文关键词：ERAP1、ERAP2、SLC9B1、AARS2、EXOC4基因插入缺失变异与银屑病相关性研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：研究背景:银屑病是一种常见的免疫介导的丘疹鳞屑性疾病,临床上主要表现为境界清楚的红色斑块上覆盖白色或银色鳞屑,皮损常对称分布,于肘部和膝部伸侧多见。银屑病的发病与年龄、种族、地理环境等因素有关,北欧的发病率最高,达到3%,亚洲国家则较低,小于0.5%。至今银屑病的发病机制仍不尽清楚,遗传作为一个重要因素在银屑病的发病过程中起着重要作用。本课题组在之前的全基因组靶向测序中发现ERAP1(chr5_96145335_A/ACT、chr5_96126822_T/TA)、ERAP2(chr5_96258006_G/GAAA、chr5_96258101_CAT/C)、SLC9B1(chr4_104025745_C/CTA)、AARS2(chr6_44382119_GAGA/G)、EXOC4(chr7_133399868_C/CT)是银屑病的候选插入缺失(Insertion/Deletion,indel)变异。在此基础上我们开展了独立样本的验证实验,进一步证实这些indel变异与银屑病的相关性。目的:通过验证实验进一步证实ERAP1、ERAP2、SLC9B1、AARS2和EXOC4基因与银屑病的相关性,进而统计两阶段结果进行结合分析,并通过对银屑病的表型进行分层分析来探索ERAP1(chr5_96145335)indel变异与银屑病表型的关联。方法:我们通过独立样本(2208病例和2208对照)对候选indel变异进行验证分析,用Plink1.07软件分析验证阶段数据并结合靶向测序阶段数据进行合并分析,对位于同一染色体的ERAP1(chr5_96145335、chr5_96126822)和ERAP2(chr5_96258006、chr5_96258101)做回归分析,确定其是否属于同一信号。整理靶向测序阶段和验证阶段共计12154病例和12114对照的临床信息,indel变异信息来源于靶向测序研究以及验证分析的数据。将数据收集、归纳并做成Excel表格,使用Plink1.07软件对ERAP1(chr5_96145335)indel变异进行基因型-表型分析,得出P值、OR值和95%CI(95%置信区间)。结果:1.验证阶段发现ERAP1(chr5_96145335、chr5_96126822)和ERAP2(chr5_96258006、chr5_96258101)indel变异与银屑病显著相关(P96145335=8.24×10-08,OR=0.794;P96126882=1.3×10-04,OR=1.181;P96258006=1.41×10-05,OR=0.825;P96258101=4.51×10-05,OR=0.834)。SLC9B1(chr4_104025745)、AARS2(chr6_44382119)和EXOC4(chr7_133399868)indel变异与银屑病无明显相关(PSLC9B1=0.25,OR=1.051;PAARS2=0.99,OR=0.999;PEXOC4=0.44,OR=0.951)。2.两阶段合并分析发现4个indel达到全基因组显著水平:ERAP1(chr5_96145335,Pcombined=3.98×10-20,OR=0.8462;chr5_96126822,Pcombined=6.67×10-12,OR=1.135)、ERAP2(chr5_96258006,Pcombined=1.40×10-09,OR=0.8931;chr5_96258101,Pcombined=1.87×10-09,OR=0.8939),SLC9B1(Pcombined=3.76×10-04,OR=1.067)、AARS2(Pcombined=1.11×10-04,OR=0.902)和EXOC4(P=0.02,OR=1.067)未达到全基因组显著水平。3.ERAP1和ERAP2基因4个indel变异回归分析发现他们属于同一信号。4.在基因型-表型分析中发现ERAP1(chr5_96145335)indel变异与研究中的四个表型间无统计学意义。结论:验证阶段ERAP1和ERAP2基因indel变异与银屑病显著关联。两阶段结合分析ERAP1和ERAP2基因indel变异达到全基因组显著水平。进一步证实ERAP1和ERAP2 indel变异可能与银屑病遗传易感性相关。ERAP1(chr5_96145335)indel变异与银屑病特异性表型无关。
【关键词】：银屑病 插入缺失 验证 基因型-表型
【学位授予单位】：安徽医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R758.63
【目录】：

• 英文缩写词表6-7
• 中文摘要7-9
• Abstract9-12
• 1 前言12-17
• 1.1 研究背景12-17
• 1.2 本课题研究设计方案17
• 2 实验材料与方法17-30
• 2.1 研究对象17-18
• 2.2 调查表设计18
• 2.3 临床资料的收集以及质量控制18
• 2.4 临床表型评估18-19
• 2.5 实验试剂19-21
• 2.6 研究仪器21-23
• 2.7 实验方法23-29
• 2.8 统计学分析及处理29-30
• 3 结果30-36
• 3.1 研究对象一般情况30-31
• 3.2 基因分型结果31-34
• 3.3 ERAP1（chr5_96145335）indel 变异与银屑病临床表型相关性分析结果34-36
• 4 讨论36-40
• 5 结论40
• 6 参考文献40-47
• 附录47-49
• 致谢49-50
• 论文综述50-58
• 参考文献55-58

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本文编号：299047