棘头梅童鱼基因组与生长相关基因的研究

发布时间：2021-01-26 13:54

　　棘头梅童鱼是我国东海地区非常重要的经济鱼类。近几年来棘头梅童鱼的人工养殖正在国内逐步兴起,而到目前为止对于该物种的研究依然大多都在群体遗传方面,基因组学进化方面的研究还很少。本论文基于高通量DNA测序技术完成了对棘头梅童鱼的基因组测序、组装和注释,并选取了鲈形目的其他四个物种进行比较与进化分析,提取了棘头梅童鱼生长性状相关的基因,为棘头梅童鱼的人工育种提供新的思路。研究内容如下:1.棘头梅童鱼基因组组装注释本研究对来自东海的野生棘头梅童鱼样本进行了从头测序和组装,得到了大小为672Mb的基因组,Contig和Scaffold的N50分别为12kb和663kb。通过测序短序列回贴到基因组上检测组装质量,有98.59%的短序列片段可以回贴上去,用BUSCO评估基因组质量为90.9%。对基因组进行注释,重复序列注释可知棘头梅童鱼基因组中包含大约19.02%的重复序列。用基于从头预测和同源性预测的方法对棘头梅童鱼进行基因注释,共注释得到基因28601个,平均CDS长度为1371,BUSCO进行注释评估为85.3%。野生棘头梅童鱼中存在的高杂合度影响了基因组的组装及注释质量。2.进化分析对棘头梅... 

【文章来源】：浙江海洋大学浙江省

【文章页数】：60 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

棘头梅童鱼Figure1-1Collichthysclucidus

第二章棘头梅童鱼基因组组装和注释12第二章棘头梅童鱼基因组组装和注释近年来，在沿海大中型经济鱼类渔业资源严重衰退的背景下，棘头梅童鱼已成为我国近海渔业的主要捕捞对象之一，其同时作为重要经济鱼类的饵料，也是海洋生态系统食物链中的重要环节。近些年来人工养殖也逐渐兴起，并且正在蓬勃发展，逐渐走向产业化、规模化、集约化。但是目前在棘头梅童鱼的育种上还停留在传统的人工育种方面。尽管已经有大量的遗传标记等在分子育种方面的研究，但是从基因组层面，从整体上的出发快速又准确的定位经济性状相关的基因从而进行选择育种、遗传改良的研究未见报道。我们认为通过棘头梅童鱼的组装注释并与其他鲈形目鱼类进行进化分析，筛选生长性状相关的基因有利于推动棘头梅童鱼在基因组学、遗传学以及基因工程育种方面的研究。本章节中我们利用高通量测序技术对棘头梅童鱼基因组进行测序，并完成了组装注释以及对基因组质量的评估，用于后续的进化分析。2.1材料和方法2.1.1技术路线棘头梅童鱼的基因组组装、注释及后续分析的技术路线如图2-1。图2-1技术路线图Figure2-1Technologyroadmap

棘头梅童鱼基因组与生长相关基因的研究172.2结果与分析2.2.1棘头梅童鱼基因组组装测序公司会对下机数据进行初步的质控，去掉质量过低的序列，所以我们所得到的数据是公司经过初步质控后返回的数据。棘头梅童鱼的基因组组装所用原始测序数据insert为280bp的reads76.84Gb，insert为450bp的reads39.81Gb，5K-Matepairreads39.49Gb，测序数据为235x覆盖。用FastQC对返回的测序数据进行质量评估，如图2-2，后对数据进行质控和纠错后，得到最终用于组装基因组的数据，共112G，如表2-2。图2-2FastQC测序数据质量检测Figure2-2Sequencingdataqualitycontrol表2-2棘头梅童鱼质控数据总览Table2-2OverviewofC.lucidusqualitycontroldataRawReadsRawBasesResultReadsResultBasesEstimatedErrorRatio

【参考文献】：
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硕士论文
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本文编号：3001230