基于加权基因共表达网络分析筛选结肠癌预后风险长链非编码RNA

发布时间：2021-01-31 09:51

　　目的通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）探索与结肠癌预后有关的长链非编码RNA （LncRNA）,并对下游靶基因进行生物信息学分析。方法从The Cancer Genome Atlas （TCGA）数据库网站下载人结肠癌RNA二代测序原始数据,利用R语言对测序数据进行处理,筛选差异表达基因。对差异表达基因进行WGCNA分析,进行基因模块的鉴定及结肠癌预后相关LncRNA的筛选。从Gene Expression Omnibus （GEO）数据库下载独立数据集GSE39582、GSE20916和GSE41568对候选LncRNA进行验证。在Lnc ACTdb2. 0数据库中,对候选LncRNA下游靶基因进行功能及信号通路富集分析,以推测lncRNA的生物学功能。结果分析TCGA中的结肠癌数据集共发现差异表达基因4227个,其中上调基因1899个,下调基因2328个。WGCNA将所有差异表达的基因分成12个模块。粉色模块（pink module）的特征值与结肠癌患者的总生存期具有较高的相关性（r=0. 68,P=0. 0001）。LINC01021高表达的结肠癌患者的总体存活率更低（P=... 

【文章来源】：锦州医科大学学报. 2020,41(03)

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

lncRNA-mR NA共表达网络

基于加权基因共表达网络分析将所有差异表达的基因分成12个模块，见图1A。为了推测这些基因的临床意义，将基因模块与结肠癌患者的临床信息相结合。肿瘤组织分期及患者生存资料作为选择功能模块的重要评估指标。结果显示粉色模块(pink module)的特征值与结肠癌患者的总生存期具有较高的相关性(r=0.68,P=0.0001)，见图1B。为了探索预后分子标志物，本研究选择粉色模块中的LncRNA进行下一步的生存分析。2.3 筛选与结肠癌患者总体生存率相关的Ln-cRNA

使用另外的独立数据集GSE20916对候选lncRNA在结肠癌中的表达水平进行验证，LINC01021在结肠癌中表达水平高于正常结肠组织，两组LINC01021表达水平比较，差异有统计学意义(t=9.549,P<0.01)，见图3A。此外，在数据集GSE41568中，LINC01021在转移结肠癌中的表达水平高于原位结肠癌，差异有统计学意义(t=4.927,P<0.01)，见图3B。使用LncACT-db2.0数据库预测LINC01021下游靶基因，共137个基因，见图4。为了进一步推测LINC01021的功能，对下游靶基因进行功能富集分析和信号通路富集分析，GO分析发现lncRNA-mRNA共表达网络中的mRNA主要参与细胞增殖负调控，调节细胞周期素依赖蛋白激酶活性，调节细胞周期等，KEGG分析发现lncRNA-mRNA共表达网络中的mRNA主要参与PI3K/AKT信号通路激活和CT-NNB1磷酸化级联反应等，结果见图5。图3 在各组织标本中LINC01021的表达水平

【参考文献】：
期刊论文
[1]Long noncoding RNA HOXA11-AS promotes gastric cancer cell proliferation and invasion via SRSF1 and functions as a biomarker in gastric cancer[J]. Yun Liu,Yu-Mei Zhang,Feng-Bo Ma,Su-Rong Pan,Bao-Zhen Liu.  World Journal of Gastroenterology. 2019(22)
[2]连翘提取物通过PI3K-AKT-mTOR信号通路逆转结肠癌氟尿嘧啶耐药细胞株的研究[J]. 俞燕丽,傅睿.  新中医. 2019(05)

硕士论文
[1]长链非编码RNA LINC01021在食管鳞癌中的表达及其对食管癌细胞生物学行为的影响[D]. 徐凤楼.河北医科大学 2018



本文编号：3010635