食管鳞状细胞癌甲基化分子诊断模型的建立及驱动基因多组学数据整合分析

发布时间：2021-02-08 02:56

　　背景与目的:DNA甲基化是目前研究最广泛的表观遗传修饰,在多种疾病过程中扮演十分重要的角色。异常DNA甲基化通常发生于恶性肿瘤早期阶段且在多种生物样本中具有较高的稳定性,因此它们可以作为潜在的早期诊断的生物标志物。食管鳞状细胞癌（Esophageal squamous cell carcinoma,ESCC）是我国常见的消化系统恶性肿瘤,缺乏有效的早期诊断方法,导致许多患者诊断时己处于疾病中晚期或已发生转移。本研究对91例食管鳞癌患者癌和癌旁配对样本的全基因组DNA甲基化谱进行综合分析,以期阐明甲基化改变在食管鳞癌异常分子网络调控中的重要作用,鉴别具有应用潜力的甲基化诊断标志物,为鉴别与食管鳞癌发生发展相关的表观遗传改变以及潜在的表观靶向药物奠定了基础。方法:本研究运用Illumina450K甲基化芯片方法,分别对91例食管鳞癌患者的配对样本进行全基因组DNA甲基化水平的检测,进行癌和癌旁样本甲基化谱的比较分析;整合相应患者的转录组数据,进行DNA甲基化和对应基因表达水平的关联分析,阐明不同区域异常甲基化改变在食管鳞癌关键分子通路中的调控作用;联合随机森林和LASSO方法在食管鳞癌异常... 

【文章来源】：北京协和医学院北京市 211工程院校 985工程院校

【文章页数】：95 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１－２数据分析流程??首先，基于９１对食管鱗癌和癌旁样本的４５０Ｋ甲基化芯片数据，进行配对?

相关区域、增强子区域、ＤＮＡ酶Ｉ超敏位点（ＤＮａｓｅｌｈｙｐｅｒｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙｓｉｔｅ）和基??因相关功能区域的比例。总的差异甲基化位点在不同染色体之间的分布存在明显??的差异（图１－４），例如其在８号染色体的分布比例是背景分布的１．３２倍，而在??２２号染色体的比例显著低于背景分布。另外，高甲基化位点在１８号染色体存在??显著富集，而低甲基化位点同样在８号染色体的占比高于背景比例；我们还发现??高甲基化和低甲基化位点在９、１７和２２号染色体中的比例显著低于背景分布（图??Ｉ－３Ｃ?和图?Ｉ－６Ａ）。??Ａ??丨??图１－４总的差异甲基化位点在各个染色体的统计分布和风险比??Ａ．

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本文编号：3023262