不同品种猪PBD-119基因的克隆与差异表达研究
发布时间：2021-02-10 07:34
为获得猪β防御素-119（PBD-119）基因mRNA序列以及在不同品种猪体内组织表达量模式,该试验以民猪、大白猪和野杂猪为试验动物,采用RT-PCR方法扩增PBD-119基因mRNA并进行生物信息学分析,利用qRT-PCR的方法检测该基因在不同品种猪组织中的差异表达情况。RT-PCR扩增结果表明:在3个群体猪3种类型组织（肝脏,脾脏和血液）中均能扩增出特异性片段,测序结果显示片段长度为408bp,通过对PBD-119基因序列的比对分析,该基因在第263位碱基上存在多肽位点的改变（C263T）,并在第53氨基酸位点发生改变,由脯氨酸变为丝氨酸（P-S）,但并不影响二硫键结构;进化树分析表明,猪与人、倭黑猩猩和马的亲缘关系较近,与羊驼和双峰驼亲缘关系较远。qRT-PCR结果显示,PBD-119基因在3个品种猪的各组织中均有表达,且表达存在差异,以品种为研究对象比较相同组织的差异表达,PBD-119基因在肝脏中的表达为野杂猪>民猪>大白猪,在脾脏中表达为大白猪>民猪>野杂猪,而在血液中的表达为民猪>野杂猪>大白猪;以相同品种为目标,考察不同组织间PBD-...
【文章来源】：延边大学农学学报. 2020,42(02)
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
不同群体猪PBD?119基因RT-PCR扩增电泳图
由图1可知，琼脂糖凝胶电泳检测发现片段小于500bp，与预期结果大小一致。进一步通过胶回收、连接、转化及菌落PCR鉴定及阳性菌落测序。测序发现该目的条带全长408bp,Blast N比对发现，该片段与猪PBD-119基因预测mRNA序列完全一致（XM＿005654239.3），其中，包含完整CDS序列252bp，共编码83个氨基酸（图2),Cys残基组成3个分子内二硫键，其连接方式为Cys1-Cys5,Cys2-Cys4和Cys3-Cys6，表明该基因高度保守；同时通过PBD-119基因测序结果比对分析得出在第263位碱基上存在多肽位点的改变（C266T），并在第53位氨基酸上引起氨基酸的改变，由脯氨酸变为丝氨酸（P-S），但其并不影响二硫键结构。2.2 生物信息学分析
由表2中可知亮氨酸（Leu）和丝氨酸（Ser）含量最高（9.6%），不含苏氨酸、吡咯赖氨酸和硒半胱氨酸；该蛋白分子式为C42 4H670N1 22O115S9，分子量为9.6ku，理论等电点（PI）为9.38，其在哺乳动物网织红细胞中的半衰期为30h，水溶液在280nm处的消光系数为15 845，稳定系数为59.43，脂肪系数为76.39，推测该蛋白为不稳定的碱性脂溶性蛋白；利用NetPhos 3.1对PBD-119蛋白进行磷酸化分析发现（图3），该蛋白存在8个磷酸化位点（分值>0.5），分别为丝氨酸（Serine)6个，酪氨酸（Tyrosine)2个。2.2.2 PBD-119蛋白跨膜结构及信号肽预测
【参考文献】：
期刊论文
[1]乳铁蛋白对大河乌猪繁殖性能及母猪与仔猪铁营养、血细胞参数、免疫指标和猪β防御素基因表达的影响[J]. 车丽涛,李岑曦,徐娜娜,张春勇,刘水灵,安清聪,郭荣富. 动物营养学报. 2020(07)
[2]肝脏免疫学研究若干进展与挑战[J]. 杨东亮,刘嘉,吴珺,郑昕. 实用肝脏病杂志. 2019(05)
[3]猪源β-防御素2和3的研究进展[J]. 刘璨颖,陈志胜,林裕锋,计慧琴,王丙云,陈胜锋. 中国畜牧杂志. 2019(08)
[4]不同遗传背景猪TNF-α基因启动子区多态性与其血清含量的关联分析[J]. 李梦姝,孙福亮,柳俭强,曹阳,李兆华,金海国,张立春. 中国预防兽医学报. 2019(01)
[5]脱氢表雄酮对猪肝肾的亚慢性毒性作用[J]. 姜锦鹏,解文军,黄建飞. 安徽科技学院学报. 2018(03)
[6]抗菌肽抗细菌机理研究进展[J]. 单安山,田昊天,邵长轩,谭鹏,来振衡. 东北农业大学学报. 2018(03)
[7]自适应搜索的免疫粒子群算法全局收敛性分析[J]. 平环,包兰英,姜静清. 湖北民族学院学报(自然科学版). 2018(01)
[8]长白山野杂猪、民猪和大白猪血常规及免疫学指标比较分析[J]. 张立春,李兆华,孙福亮,曹阳,张全,丁德,金鑫,金海国,张树敏. 中国兽医学报. 2018(01)
[9]猪β-防御素cDNA在枯草芽孢杆菌中的高效表达[J]. 王娜,李钢,邹辉琴,温静,陈松,张皓然,苟兴华. 西南农业学报. 2017(08)
[10]猪氨肽酶N（APN）基因密码子偏好性分析[J]. 宗秋芳,戴开宇,刘颖,吴正常,吴圣龙,包文斌. 扬州大学学报(农业与生命科学版). 2016(02)
硕士论文
[1]猪β防御素-2定点突变基因的克隆表达及其活性分析[D]. 黄仙仙.河南农业大学 2012
本文编号：3027018
【文章来源】：延边大学农学学报. 2020,42(02)
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
不同群体猪PBD?119基因RT-PCR扩增电泳图
由图1可知，琼脂糖凝胶电泳检测发现片段小于500bp，与预期结果大小一致。进一步通过胶回收、连接、转化及菌落PCR鉴定及阳性菌落测序。测序发现该目的条带全长408bp,Blast N比对发现，该片段与猪PBD-119基因预测mRNA序列完全一致（XM＿005654239.3），其中，包含完整CDS序列252bp，共编码83个氨基酸（图2),Cys残基组成3个分子内二硫键，其连接方式为Cys1-Cys5,Cys2-Cys4和Cys3-Cys6，表明该基因高度保守；同时通过PBD-119基因测序结果比对分析得出在第263位碱基上存在多肽位点的改变（C266T），并在第53位氨基酸上引起氨基酸的改变，由脯氨酸变为丝氨酸（P-S），但其并不影响二硫键结构。2.2 生物信息学分析
由表2中可知亮氨酸（Leu）和丝氨酸（Ser）含量最高（9.6%），不含苏氨酸、吡咯赖氨酸和硒半胱氨酸；该蛋白分子式为C42 4H670N1 22O115S9，分子量为9.6ku，理论等电点（PI）为9.38，其在哺乳动物网织红细胞中的半衰期为30h，水溶液在280nm处的消光系数为15 845，稳定系数为59.43，脂肪系数为76.39，推测该蛋白为不稳定的碱性脂溶性蛋白；利用NetPhos 3.1对PBD-119蛋白进行磷酸化分析发现（图3），该蛋白存在8个磷酸化位点（分值>0.5），分别为丝氨酸（Serine)6个，酪氨酸（Tyrosine)2个。2.2.2 PBD-119蛋白跨膜结构及信号肽预测
【参考文献】：
期刊论文
[1]乳铁蛋白对大河乌猪繁殖性能及母猪与仔猪铁营养、血细胞参数、免疫指标和猪β防御素基因表达的影响[J]. 车丽涛,李岑曦,徐娜娜,张春勇,刘水灵,安清聪,郭荣富. 动物营养学报. 2020(07)
[2]肝脏免疫学研究若干进展与挑战[J]. 杨东亮,刘嘉,吴珺,郑昕. 实用肝脏病杂志. 2019(05)
[3]猪源β-防御素2和3的研究进展[J]. 刘璨颖,陈志胜,林裕锋,计慧琴,王丙云,陈胜锋. 中国畜牧杂志. 2019(08)
[4]不同遗传背景猪TNF-α基因启动子区多态性与其血清含量的关联分析[J]. 李梦姝,孙福亮,柳俭强,曹阳,李兆华,金海国,张立春. 中国预防兽医学报. 2019(01)
[5]脱氢表雄酮对猪肝肾的亚慢性毒性作用[J]. 姜锦鹏,解文军,黄建飞. 安徽科技学院学报. 2018(03)
[6]抗菌肽抗细菌机理研究进展[J]. 单安山,田昊天,邵长轩,谭鹏,来振衡. 东北农业大学学报. 2018(03)
[7]自适应搜索的免疫粒子群算法全局收敛性分析[J]. 平环,包兰英,姜静清. 湖北民族学院学报(自然科学版). 2018(01)
[8]长白山野杂猪、民猪和大白猪血常规及免疫学指标比较分析[J]. 张立春,李兆华,孙福亮,曹阳,张全,丁德,金鑫,金海国,张树敏. 中国兽医学报. 2018(01)
[9]猪β-防御素cDNA在枯草芽孢杆菌中的高效表达[J]. 王娜,李钢,邹辉琴,温静,陈松,张皓然,苟兴华. 西南农业学报. 2017(08)
[10]猪氨肽酶N（APN）基因密码子偏好性分析[J]. 宗秋芳,戴开宇,刘颖,吴正常,吴圣龙,包文斌. 扬州大学学报(农业与生命科学版). 2016(02)
硕士论文
[1]猪β防御素-2定点突变基因的克隆表达及其活性分析[D]. 黄仙仙.河南农业大学 2012
本文编号：3027018
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