RNA-Seq分析MaYVV诱导黄脉症状形成的寄主基因及其功能研究
发布时间：2021-02-17 13:44
赛葵黄脉病毒（Malvastrum yellow vein virus,MaYVV）属于双生病毒科（Geminiviridae）菜豆金色花叶病毒属（Begomovirus）的成员,该病毒首次于2003年在云南省红河地区表现黄脉症状的赛葵上分离,在我国云南、四川等地赛葵、胜红蓟等杂草上广泛发生。MaYVV为单组份双生病毒,并伴随有β卫星分子（Malvastrum yellow vein betasatellite,MaYVB）。MaYVV与MaYVB共同侵染本氏烟（Nicotiana benthamiana）可引起黄脉、曲叶的症状,但其症状形成机理仍不清楚。为鉴定与寄主黄脉症状形成相关的寄主基因,本研究对MaYVV/MaYVB侵染的本氏烟和未接种对照植株进行转录组测序（RNA-Seq）,分析病毒侵染后寄主内源基因的差异表达。对差异表达基因进行GO富集分析发现,病毒侵染后,本氏烟体内差异表达基因显著富集到136个terms,主要在tRNA代谢、光系统II析氧复合体等过程显著富集;KEGG通路富集分析发现,病毒侵染后,卟啉与叶绿素代谢、光合作用等通路发生显著改变,从而推断卟啉与叶绿素代谢和光...
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：73 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
MaYVV/MaYVB侵染本氏烟症状表型A：MaYVV/MaYVB侵染本氏烟；B：阴性对照
第二章 MaYVV/MaYVB 侵染本氏烟的比较转录组学分aYVV/MaYVB 的 PCR 检测集 3.1 中 MaYVV/MaYVB 接种或阴性对照本氏烟各A+β_1、NbY47A+β_2、NbY47A+β_3，NbCK1、NbCK法[9]提取植物组织总 DNA，设计引物 MaYVV-F/R，MaY植物体 MaYVV/MaYVB，其中 NbY47A+β_1、NbY47A+β均扩增到目的条带大小的片段。（图 2.2）。
(24.8%)(25.78%)(24.7%)(22.09%)(23.33%Uniquely mapped10090615(72.99%)10186414(71.96%)11881191(73.12%)9766217(74.73%)1114894(73.72%Reads map to '+'5048730(36.52%)5096010 (36%)5945164(36.59%)4881174(37.35%)557671(36.88%Reads map to '-'5041885(36.47%)5090404(35.96%)5936027(36.53%)4885043(37.38%)557223(36.85%Non-splice reads8658536(62.63%)8737123(61.72%)10242853(63.04%)8469483(64.81%)957659(63.33%Splice reads1432079(10.36%)1449291(10.24%)1638338(10.08%)1296734(9.92%)157234(10.4%：(1) Total reads：测序序列经过测序数据过滤后的数量统计(Clean data)。(2) Total mapped：能定位到基因组上的测序序列的数量的统计；一般情况下，如果不存在污染并且参考基因组选择合情况下，这部分数据的百分比大于 70%。(3) Multiple mapped：在参考序列上有多个比对位置的测序序列的数量统计；这部分数据的百分比一般会小于 10%。(4) Uniquely mapped：在参考序列上有唯一比对位置的测序序列的数量统计。(5) Reads map to '+'，Reads map to '-'：测序序列比对到基因组上正链和负链的统计。(6) Splice reads：(2)中，分段比对到两个外显子上的测序序列(也称为 Junction reads)的统计，Non-splice reads 为整段到外显子的测序序列的统计，Splice reads 的百分比取决于测序片段的长度。
【参考文献】：
期刊论文
[1]病毒-植物互作对介体昆虫生物学特性的影响[J]. 关桂静,赵恒燕,王洪苏,刘金香. 生物技术通报. 2017(04)
[2]番茄抗性相关基因SlHin1的克隆、表达与抗病毒功能[J]. 彭浩然,潘琪,魏周玲,蒲运丹,张永至,吴根土,青玲,孙现超. 中国农业科学. 2017(07)
[3]转录组测序及其在药用植物上的应用[J]. 赵振宇,王仕玉,郭凤根,尹冬梅,朱旭海,杜玉霞. 基因组学与应用生物学. 2017(02)
[4]转录组测序技术在筛选免疫相关基因中的应用[J]. 廖青,周群丽,唐艳华,黄锋,许道军. 中国畜牧兽医文摘. 2017(02)
[5]烟草重要基因篇:12.烟草叶色相关基因[J]. 陈明丽,龚达平. 中国烟草科学. 2015(06)
[6]转录组测序技术在生物测序中的应用研究进展[J]. 贾昌路,张瑶,朱玲,张锐. 分子植物育种. 2015(10)
[7]TRV介导的大豆基因瞬时沉默体系的建立[J]. 刘晓彬,刘娜,李福宽,吴立柱,张洁,王冬梅. 中国农业科学. 2015(12)
[8]大豆转录组测序研究进展综述[J]. 刘佳伟,姚丹,赵东海,石放放. 安徽农学通报. 2015(08)
[9]植物抗病毒基因工程研究进展[J]. 牙库甫江·阿西木,阿斯古丽·伊斯马伊力,王韵婧,刘玉乐. 生物工程学报. 2015(06)
[10]植物抗病毒侵染的分子机制[J]. 侯静,刘青青,徐明良. 作物学报. 2012(05)
博士论文
[1]广西杂草双生病毒的分子鉴定[D]. 黄家风.浙江大学 2005
[2]双生病毒DNAβ分子βC1基因的功能研究[D]. 崔晓峰.浙江大学 2004
硕士论文
[1]赛葵黄脉病毒和云南赛葵黄脉病毒的群体遗传变异研究[D]. 任江平.西南大学 2017
[2]基于RNA-Seq技术分析小麦矮缩病毒侵染后小麦的基因表达差异[D]. 王亮.中国农业科学院 2015
[3]MYVYNV和MYVV两种双生病毒病害复合体的检测及伴随卫星DNA的分子变异[D]. 李茵.西南大学 2014
[4]百合无症病毒在百合叶绿体中的检测[D]. 孙冰轮.大连理工大学 2014
[5]水稻镁离子螯合酶D亚基超表达及其功能研究[D]. 刘易楠.华中农业大学 2012
[6]我国三种寄主上双生病毒的分子鉴定及序列分析[D]. 阮涛.西南大学 2012
[7]烟草RDR1基因下调对转基因烟草中RNA介导病毒抗性的影响[D]. 景茂峰.山东农业大学 2011
[8]TRV介导的马铃薯基因瞬时沉默体系建立及部分抗病相关基因功能初步鉴定[D]. 周婷.华中农业大学 2010
[9]两种双生病毒卫星DNA的遗传结构和种群变异[D]. 任芳.西南大学 2010
[10]云南双生病毒种群地理分布特征及其对病害发生危害的影响[D]. 张仲凯.中国农业科学院 2010
本文编号：3038070
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：73 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
MaYVV/MaYVB侵染本氏烟症状表型A：MaYVV/MaYVB侵染本氏烟；B：阴性对照
第二章 MaYVV/MaYVB 侵染本氏烟的比较转录组学分aYVV/MaYVB 的 PCR 检测集 3.1 中 MaYVV/MaYVB 接种或阴性对照本氏烟各A+β_1、NbY47A+β_2、NbY47A+β_3，NbCK1、NbCK法[9]提取植物组织总 DNA，设计引物 MaYVV-F/R，MaY植物体 MaYVV/MaYVB，其中 NbY47A+β_1、NbY47A+β均扩增到目的条带大小的片段。（图 2.2）。
(24.8%)(25.78%)(24.7%)(22.09%)(23.33%Uniquely mapped10090615(72.99%)10186414(71.96%)11881191(73.12%)9766217(74.73%)1114894(73.72%Reads map to '+'5048730(36.52%)5096010 (36%)5945164(36.59%)4881174(37.35%)557671(36.88%Reads map to '-'5041885(36.47%)5090404(35.96%)5936027(36.53%)4885043(37.38%)557223(36.85%Non-splice reads8658536(62.63%)8737123(61.72%)10242853(63.04%)8469483(64.81%)957659(63.33%Splice reads1432079(10.36%)1449291(10.24%)1638338(10.08%)1296734(9.92%)157234(10.4%：(1) Total reads：测序序列经过测序数据过滤后的数量统计(Clean data)。(2) Total mapped：能定位到基因组上的测序序列的数量的统计；一般情况下，如果不存在污染并且参考基因组选择合情况下，这部分数据的百分比大于 70%。(3) Multiple mapped：在参考序列上有多个比对位置的测序序列的数量统计；这部分数据的百分比一般会小于 10%。(4) Uniquely mapped：在参考序列上有唯一比对位置的测序序列的数量统计。(5) Reads map to '+'，Reads map to '-'：测序序列比对到基因组上正链和负链的统计。(6) Splice reads：(2)中，分段比对到两个外显子上的测序序列(也称为 Junction reads)的统计，Non-splice reads 为整段到外显子的测序序列的统计，Splice reads 的百分比取决于测序片段的长度。
【参考文献】：
期刊论文
[1]病毒-植物互作对介体昆虫生物学特性的影响[J]. 关桂静,赵恒燕,王洪苏,刘金香. 生物技术通报. 2017(04)
[2]番茄抗性相关基因SlHin1的克隆、表达与抗病毒功能[J]. 彭浩然,潘琪,魏周玲,蒲运丹,张永至,吴根土,青玲,孙现超. 中国农业科学. 2017(07)
[3]转录组测序及其在药用植物上的应用[J]. 赵振宇,王仕玉,郭凤根,尹冬梅,朱旭海,杜玉霞. 基因组学与应用生物学. 2017(02)
[4]转录组测序技术在筛选免疫相关基因中的应用[J]. 廖青,周群丽,唐艳华,黄锋,许道军. 中国畜牧兽医文摘. 2017(02)
[5]烟草重要基因篇:12.烟草叶色相关基因[J]. 陈明丽,龚达平. 中国烟草科学. 2015(06)
[6]转录组测序技术在生物测序中的应用研究进展[J]. 贾昌路,张瑶,朱玲,张锐. 分子植物育种. 2015(10)
[7]TRV介导的大豆基因瞬时沉默体系的建立[J]. 刘晓彬,刘娜,李福宽,吴立柱,张洁,王冬梅. 中国农业科学. 2015(12)
[8]大豆转录组测序研究进展综述[J]. 刘佳伟,姚丹,赵东海,石放放. 安徽农学通报. 2015(08)
[9]植物抗病毒基因工程研究进展[J]. 牙库甫江·阿西木,阿斯古丽·伊斯马伊力,王韵婧,刘玉乐. 生物工程学报. 2015(06)
[10]植物抗病毒侵染的分子机制[J]. 侯静,刘青青,徐明良. 作物学报. 2012(05)
博士论文
[1]广西杂草双生病毒的分子鉴定[D]. 黄家风.浙江大学 2005
[2]双生病毒DNAβ分子βC1基因的功能研究[D]. 崔晓峰.浙江大学 2004
硕士论文
[1]赛葵黄脉病毒和云南赛葵黄脉病毒的群体遗传变异研究[D]. 任江平.西南大学 2017
[2]基于RNA-Seq技术分析小麦矮缩病毒侵染后小麦的基因表达差异[D]. 王亮.中国农业科学院 2015
[3]MYVYNV和MYVV两种双生病毒病害复合体的检测及伴随卫星DNA的分子变异[D]. 李茵.西南大学 2014
[4]百合无症病毒在百合叶绿体中的检测[D]. 孙冰轮.大连理工大学 2014
[5]水稻镁离子螯合酶D亚基超表达及其功能研究[D]. 刘易楠.华中农业大学 2012
[6]我国三种寄主上双生病毒的分子鉴定及序列分析[D]. 阮涛.西南大学 2012
[7]烟草RDR1基因下调对转基因烟草中RNA介导病毒抗性的影响[D]. 景茂峰.山东农业大学 2011
[8]TRV介导的马铃薯基因瞬时沉默体系建立及部分抗病相关基因功能初步鉴定[D]. 周婷.华中农业大学 2010
[9]两种双生病毒卫星DNA的遗传结构和种群变异[D]. 任芳.西南大学 2010
[10]云南双生病毒种群地理分布特征及其对病害发生危害的影响[D]. 张仲凯.中国农业科学院 2010
本文编号：3038070
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