利用WGCNA鉴定谷子内源脱落酸响应禾生指梗霉胁迫的共表达基因

发布时间：2021-02-24 20:04

　　【目的】脱落酸（ABA）作为一类逆境激素,在植物生长发育、生物胁迫和非生物胁迫中发挥着重要作用。脱落酸受体蛋白PYR/PYL/PCAR及SNF1相关的蛋白激酶（SnRK2）是介导脱落酸信号转导的重要调控因子。本研究通过预测脱落酸及其信号转导途径中关键基因在谷子白发病致病菌禾生指梗霉（Sclerospora graminicola）中的调控作用,为谷子内源脱落酸响应禾生指梗霉侵染的互作研究提供参考。【方法】通过对禾生指梗霉侵染的晋谷21号谷子进行转录组测序和脱落酸含量测定,基于谷子全基因组对脱落酸信号转导通路上的PYL和SnRK2家族基因进行鉴定、分析,利用测定的转录组构建加权基因共表达网络（WGCNA）,并与禾生指梗霉侵染引起的寄主内源脱落酸含量进行关联,预测脱落酸及其下游信号转导基因PYL和SnRK2在谷子与禾生指梗霉互作调控中的关键核心基因;利用qRT-PCR技术对候选基因进行验证。【结果】谷子中存在禾本科中较为保守的PYL和SnRK2家族基因各11个,且在PYL和SnRK2家族基因的启动子上均预测到脱落酸响应元件。在禾生指梗霉侵染后,寄主内源脱落酸在第一、第二时期大量积累,含量显... 

【文章来源】：中国农业科学. 2020,53(16)北大核心

【文章页数】：14 页

【文章目录】：
0 引言
1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 谷子PYL和Sn RK2家族全基因筛选
    1.3 谷子PYL和SnRK2蛋白理化性质和基因定位分析
    1.4 谷子PYL和Sn RK2的系统进化分析
    1.5 谷子PYL和Sn RK2的顺式作用元件分析
    1.6 脱落酸含量的测定
    1.7 共表达网络的构建和模块鉴定
    1.8 脱落酸及其下游信号转导关键模块鉴定和功能分析
    1.9 谷子PYL和SnRK2在禾生指梗霉胁迫下的表达模式分析
    1.1 0 实时荧光定量PCR（qRT-PCR）
2 结果
    2.1 谷子PYL和Sn RK2的筛选
    2.2 谷子PYL和Sn RK2的系统进化分析
    2.3 顺式作用元件预测
    2.4 脱落酸含量的测定
    2.5 谷子脱落酸共表达网络鉴定
    2.6 谷子脱落酸共表达网络鉴定
    2.7 模块的功能富集
    2.8 表达模式分析
    2.9 实时荧光定量PCR
3 讨论
4 结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]新中国成立70年来植物激素研究进展[J]. 黎家,李传友.  中国科学:生命科学. 2019(10)
[2]细菌漆酶的生物信息学分析[J]. 艾嘉,刘坤,张蕾,吴明旭,陈硕,朱德辉,韩毅强,高亚梅.  基因组学与应用生物学. 2019(03)
[3]植物ABA受体及其介导的信号转导通路[J]. 易文凯,王佳,杨辉,田云,卢向阳.  植物学报. 2012(05)
[4]植物基因启动子研究进展[J]. 张春晓,王文棋,蒋湘宁,陈雪梅.  遗传学报. 2004(12)

博士论文
[1]水稻ABA受体OsPYLs基因家族的鉴定和功能研究[D]. 田晓杰.中国科学院大学(中国科学院东北地理与农业生态研究所) 2017
[2]中国谷子产业发展问题研究[D]. 张雪峰.东北农业大学 2013
[3]烟草WD40蛋白TTG2对生长发育和抗病性的调控作用[D]. 李宝燕.南京农业大学 2012
[4]植物黄酮类化合物槲皮素与转录因子AtMYB44诱导和调控植物防卫反应的研究[D]. 贾振华.南京农业大学 2010



本文编号：3049880