痛风相关基因SNP位点分子诊断方法的建立与比较评价

发布时间：2021-02-25 11:09

　　目的:建立痛风相关基因单核苷酸多态性（SNP）位点的基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF）分子诊断方法,完成48个SNP位点的分型检测并验证其在西北地区痛风人群的遗传易感相关性。对MALDI-TOF基因分型的结果进行评价与对比,完成MALDI-TOF与PCR-HRM的方法学评价。方法:通过软件设计48个SNP位点的特异性扩增引物以及单碱基延伸引物,建立基于MALDI-TOF技术的分子诊断方法,对400份痛风样本的48个SNP位点进行检测,使用统计软件对病例组和对照组的基因型及等位基因频率进行分析。将MALDI-TOF分型结果与PCR-HRM分型结果进行对比,以Sanger测序结果为“金标准”评价两个方法的差异性及检测性能。结果:（1）所建立的MALDI-TOF检测体系完成了对400份样本的48个SN P位点的检测,总体成功率为99.73%（19148/19200）,有7个位点的52个基因型检测失败。21个基因中有12个基因的19个SNP位点等位基因携带者痛风发病风险增加;其中11个基因的19个SNP位点等位基因携带者痛风发病风险降低。（2）MALDI-TOF方法检测结果... 

【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：128 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

MALDI-TOF原理图[51]

兰州大学硕士学位论文痛风相关基因SNP位点分子诊断方法的建立与比较评价8图1-2MALDI-TOF基因分型实验流程图该方法具有快速、高通量、自动化程度高等优点，已在众多基因相关研究中广泛使用，其准确性和低成本在大样本研究中具有优势，研究显示该方法单位点成本为1.11~1.3美元，而RELP分型方法为1.21美元，Taqman方法为0.93美元，但是当增加多重反应时，其低成本优势便显现出来，4重反应即4个位点时，其成本为0.28~0.33美元，当增加至7重反应时，成本低至0.15~0.18美元[45,46]。本研究即建立基于MALDI-TOF技术的痛风相关基因SNP位点分子诊断方法，并对其检测性能和适用性做出比较评价。

兰州大学硕士学位论文痛风相关基因SNP位点分子诊断方法的建立与比较评价13图2-1基因组DNA提取操作流程图2.5引物设计质谱设计引物使用Sequenom公司GenotypingTools软件和MassarrayAssayDesign软件设计待测48个位点的PCR扩增引物及单碱基延伸引物，通常需要查询目的SNP位点上下游250bp的序列信息。质谱方法的扩增引物应符合以下要求：①引物长度18~30bp，包括一个10bp的通用标签序列：ACGTTGGATG，PCR产物80~200bp，最佳大小为90bp；②Tm值55~65℃，退火温度60℃左右；③GC含量40~70%；④要特别注意避免引物二聚体和非特异性扩增的存在。延伸引物一般长度为17~24bp，Tm值位于45~100℃。48个位点MALDI方法的引物以及单碱基延伸引物序列如下表2-4。

【参考文献】：
期刊论文
[1]高分辨率熔解曲线技术及应用新进展[J]. 王姣,尤崇革.  兰州大学学报(医学版). 2016(05)
[2]高分辨熔解技术常用荧光染料的SNP基因分型能力比较[J]. 尤崇革,李晓军,郜莉娜,李菲菲.  临床检验杂志. 2011(08)

硕士论文
[1]基于HRM技术建立胃癌和RA关联基因SNP位点分子诊断方法[D]. 杨美娟.兰州大学 2019
[2]SLC2A9、SLC22A12、SLC17A1和GCKR基因多态性分子诊断技术的建立与应用[D]. 张小珍.兰州大学 2018
[3]ABCG2基因多态性PCR-HRM分子诊断技术的建立与应用[D]. 王姣.兰州大学 2018
[4]痛风关联基因多态性分子诊断技术的建立及应用[D]. 闫雯.兰州大学 2018



本文编号：3050879