ABO血型基因分型中靶向捕获二代测序技术的建立

发布时间：2021-03-30 11:31

　　目的建立以多重PCR捕获为基础的ABO血型基因二代测序（next-generation sequencing,NGS）分型技术,结合血清学鉴定技术,对ABO血型准确定型。方法开发用于ABO血型的多重PCR捕获的NGS技术,靶向捕获ABO基因全序列建立DNA文库,利用Illumina NGS平台对20例深圳市血液中心健康无偿献血者血液标本做ABO基因测序分型;同时用血型血清学方法、PCR-SSP基因分型方法、以及第6、7外显子Sanger测序对同一批标本做ABO血型鉴定,以验证这种NGS技术做ABO血型鉴定的准确性。结果 1)利用新建立的靶向捕获二代测序技术对20例健康无偿献血者血液标本ABO基因的测序分析:平均测序深度为4 667±893,特异性与均一性分别为92.59%和92.47%,测序深度>20覆盖度为98.25%,均得到了唯一的分型结果。2)新建立的靶向捕获二代测序技术对于20例标本做的ABO全基因测序分型所得结果与血清学鉴定方法和基因分型技术的结果相符。结论成功建立了ABO基因多重PCR靶向捕获NGS测序技术,可以满足ABO血型的鉴定要求。 

【文章来源】：中国输血杂志. 2020,33(09)

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

引物设计流程图

设计并合成靶向富集ABO基因所需的多重PCR引物共124对, 扩增子产物长度97—275 bp,覆盖ABO基因全长90.92%区域、91.82%碱基(22 575/24 830),包括ABO基因全部7个外显子和内含子区域。利用设计好的引物Panel,扩增ABO基因目的区域片段,建立DNA文库并做凝胶电泳质检:目标条带清晰(400 bp附近),说明DNA文库构建成功;同时扩增条带在150 bp附近虽然存在一定的二聚体,但是后期能够通过数据过滤将此测序数据去除,不会影响最终的分型结果(图2)。质检合格定量后在illumina平台上机测序,得到测序数据。2.2 靶向捕获的NGS测序分型结果及评价

表2 20例无偿献血者标本的ABO基因捕获NGS结果分析 Total Read ReadMappedGenome ReadMap Target Uniformity(%) Specificity(%) MeanDepth Depth>=20(%) Depth>=100(%) 1号标本 839 394 551 259 515 775 91.13 93.5 4 159 97.58 95.97 2号标本 756 056 514 972 480 445 90.32 93.24 3 874 98.39 95.97 3号标本 821 341 602 786 563 562 87.9 93.44 4 544 96.77 95.16 4号标本 714 116 479 549 446 526 88.71 93.06 3 601 97.58 94.35 5号标本 688 415 377 536 335 823 88.71 88.85 2 708 95.16 92.74 6号标本 1 000 000 808 417 769 570 95.16 95.16 6 206 97.58 97.58 7号标本 884 720 614 691 573 067 95.16 93.18 4 621 97.58 97.58 8号标本 909 274 624 574 559 294 95.16 89.48 4 510 97.58 97.58 9号标本 831 949 564 778 517 086 95.16 91.5 4 170 97.58 97.58 10号标本 887 624 628 350 600 372 95.16 95.5 4 841 97.58 97.58 11号标本 783 121 507 415 458 086 93.55 90.21 3 694 97.58 97.58 12号标本 805 657 514 039 479 946 86.29 93.32 3 870 95.16 91.94 13号标本 951 887 774 488 742 173 93.55 95.79 5 985 97.58 97.58 14号标本 847 078 647 624 612 509 94.35 94.54 4 939 97.58 97.58 15号标本 701 258 462 041 423 104 94.35 91.53 3 412 97.58 97.58 16号标本 691 806 456 740 424 314 92.74 92.84 3 421 97.58 97.58 17号标本 750 176 530 674 499 262 94.35 94.04 4 026 97.58 97.58 18号标本 778 248 575 402 543 338 94.35 94.38 4 381 97.58 97.58 19号标本 909 671 706 092 688 559 94.35 97.48 5 552 97.58 97.58 20号标本 787 988 600 414 569 992 92.74 94.89 4 596 98.39 97.58 平均 859 121 622 038 578 846 92.595 4 92.476 6 4 667.62 98.256 8 97.292.3 ABO血型血清学鉴定、PCR-SSP与第6、7外显子Sanger测序对靶向捕获的NGS测序技术的验证

【参考文献】：
期刊论文
[1]基因分型预测ABO亚型的局限性[J]. 赵桐茂.  临床输血与检验. 2018(02)



本文编号：3109435