全基因组关联分析中基因—基因交互作用检测算法研究
发布时间：2021-03-30 18:03
全基因组关联分析（Genome-wide association studies,GWAS）是经过剖析大量生命体全基因组SNP位点上的基因型信息和相关疾病表型信息来揭露复杂疾病致病基因的有效途径。目前,GWAS采用的主要模式是疾病与单个SNP位点相关统计分析的方法,但是人类的复杂疾病往往是多基因交互作用（Gene-gene interactions）的结果。大量研究结果表明,乳腺癌、糖尿病和冠心病等人类常见疾病与多基因交互作用密切相关,而基于单个SNP位点的统计方法可能无法探测到所有的基因交互作用。探测基因交互作用有助于基因功能的识别,对于发现隐藏的药物靶标和人类复杂疾病的遗传机制尤为突出。随着基因分型技术的快速展开,常见疾病表型信息及相关个体的全基因组基因型信息呈爆发性增长,高维基因交互作用的探测在计算上面临着巨大的挑战。机器学习（Machine learning）是让机器模拟人类的认知过程来处理问题的办法,不用预设基因交互作用模型,而是让计算机算法通过大量数据进行学习,以此获得处理高维非线性交互作用的能力。通过近20年的研究和发展,许多机器学习模型被用于探测基因与基因之间的交互作用...
【文章来源】：湖南师范大学湖南省 211工程院校
【文章页数】：59 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－１人类男性体细胞染色体??１．３．２染色体与基因??
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【参考文献】：
期刊论文
[1]机器学习方法在基因交互作用探测中的研究进展[J]. 彭哲也,唐紫珺,谢民主. 遗传. 2018(03)
[2]群智能算法优化支持向量机参数综述[J]. 李素,袁志高,王聪,陈天恩,郭兆春. 智能系统学报. 2018(01)
[3]人工智能领域的机器学习算法研究综述[J]. 刘俊一. 数字通信世界. 2018(01)
[4]基于SVM的肿瘤特征基因提取与基因表达数据分析[J]. 谭云,于彬,王琦然,王学敏,李珊,邱文莹. 重庆理工大学学报(自然科学). 2016(06)
[5]基于关键节点子团的乳腺癌候选疾病模块挖掘算法[J]. 王一斌,程咏梅,张绍武. 东南大学学报(自然科学版). 2016(02)
[6]湿性年龄相关性黄斑变性的治疗进展[J]. 李铭,魏伟. 国际眼科杂志. 2015(02)
[7]应用多因子降维法分析基因-基因互作效应[J]. 杨帆,霍正浩,杨泽. 宁夏医科大学学报. 2012(04)
[8]全基因组关联研究中的交互作用研究现状[J]. 李放歌,王志鹏,户国,李辉. 遗传. 2011(09)
[9]宿主基因单核苷酸多态性与幽门螺杆菌相关胃癌[J]. 何彩云,袁媛. 遗传. 2011(02)
[10]枚举有符号基因组的可行交互移位算法[J]. 陈超,栾峻峰. 计算机工程与科学. 2010(09)
博士论文
[1]基于蛋白质相互作用网络的功能模块识别及功能预测研究[D]. 王晓敏.国防科学技术大学 2013
[2]浙江汉族人群单核苷酸多态性与胸主动脉瘤遗传易感性的研究[D]. 王岳.浙江大学 2012
[3]Nodal、GDF1基因多态性与中国汉族先天性心脏病的关联研究及基因间的交互作用研究[D]. 孙晓玮.兰州大学 2012
[4]机器学习及数据挖掘在生物信息学中的应用研究[D]. 杜伟.吉林大学 2011
[5]支持向量机方法及其应用研究[D]. 王书舟.哈尔滨工业大学 2009
[6]单体型组装问题参数化建模及算法研究[D]. 谢民主.中南大学 2008
[7]支持向量机算法及其应用研究[D]. 张国云.湖南大学 2006
硕士论文
[1]基于智能优化计算的双聚类算法研究[D]. 田小龙.西安电子科技大学 2014
[2]中国汉族人群散发性帕金森病易感基因的全基因组关联分析[D]. 胡雅坤.南昌大学 2012
[3]个体单体型组装问题MEC模型的算法研究与比较[D]. 陈姝伊.西安电子科技大学 2010
[4]惩罚logistic回归与多因子降维法交互作用分析及其应用[D]. 骆常好.山西医科大学 2009
本文编号：3109918
【文章来源】：湖南师范大学湖南省 211工程院校
【文章页数】：59 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－１人类男性体细胞染色体??１．３．２染色体与基因??
?中，在有Ｔ的地方加上一个碱基Ａ，在有碱基Ｃ的地方加上一个碱基Ｇ，直到??所有的碱基都有配对，ＤＮＡ的双螺旋结构如图１－２所示，碱基互补配对如图１－３??所示Ｒ??｜?＿?－…?以??＊０—？？？０?Ｑ?｛０）?ＤＫＡ?Ｎｅ?ｈ？ｌｌｘ??，Ｌ＜ｌＸ?？?Ｘ?ｒ?????－ｏ－Ｌｏ?叫??１〇ｃ＾ｊ?＊??ｑ?１?ｓｕｇａｒ－ｐｈｏｓｐｈａｔｅ?，／?．．邊■：??Ｉ?’?ｂａｃｋｂｏｎｅ＾?／Ｃ??／??－〇一Ｐ〇?又?＾：還暨ｃｓｒ，??－〇＿！？＝〇?ＨＨ２?／??ｔ?（＾ｘ?ｓ?＊？＝?Ｔ＂＂＾＼??’Ｔｖ０、？?。?５－??３－??ｏ??ｒｉｎｄ??图１＿２?ＤＮＡ的双螺旋结构??３’—－今今今％ｌ５．－??辱辱￥今＃＃令＿辱辱??５．?成…―??：Ｖ—ＡＣＣＧＡＴＡＴＣＧＧＡ—５’??５＇—ＴＧＧＣＴＡＴＡＧＣＣＴ—３＇??图１－３碱基互补配对??１．３．３单核苷酸多态性和基因型??单核苷酸多态性（Ｓｉｎｇｌｅ?Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ?Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，?ＳＮＰ）：当基因组序列中??的单个核苷酸（Ａ，?Ｔ，Ｃ或Ｇ）发生改变时引起的ＤＮＡ序列变异，每个人都有??许多单核苷酸多态性，这些多态性为每个人创造独特的ＤＮＡ序列［１４］。在一个群??６??
?中，在有Ｔ的地方加上一个碱基Ａ，在有碱基Ｃ的地方加上一个碱基Ｇ，直到??所有的碱基都有配对，ＤＮＡ的双螺旋结构如图１－２所示，碱基互补配对如图１－３??所示Ｒ??｜?＿?－…?以??＊０—？？？０?Ｑ?｛０）?ＤＫＡ?Ｎｅ?ｈ？ｌｌｘ??，Ｌ＜ｌＸ?？?Ｘ?ｒ?????－ｏ－Ｌｏ?叫??１〇ｃ＾ｊ?＊??ｑ?１?ｓｕｇａｒ－ｐｈｏｓｐｈａｔｅ?，／?．．邊■：??Ｉ?’?ｂａｃｋｂｏｎｅ＾?／Ｃ??／??－〇一Ｐ〇?又?＾：還暨ｃｓｒ，??－〇＿！？＝〇?ＨＨ２?／??ｔ?（＾ｘ?ｓ?＊？＝?Ｔ＂＂＾＼??’Ｔｖ０、？?。?５－??３－??ｏ??ｒｉｎｄ??图１＿２?ＤＮＡ的双螺旋结构??３’—－今今今％ｌ５．－??辱辱￥今＃＃令＿辱辱??５．?成…―??：Ｖ—ＡＣＣＧＡＴＡＴＣＧＧＡ—５’??５＇—ＴＧＧＣＴＡＴＡＧＣＣＴ—３＇??图１－３碱基互补配对??１．３．３单核苷酸多态性和基因型??单核苷酸多态性（Ｓｉｎｇｌｅ?Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ?Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，?ＳＮＰ）：当基因组序列中??的单个核苷酸（Ａ，?Ｔ，Ｃ或Ｇ）发生改变时引起的ＤＮＡ序列变异，每个人都有??许多单核苷酸多态性，这些多态性为每个人创造独特的ＤＮＡ序列［１４］。在一个群??６??
【参考文献】：
期刊论文
[1]机器学习方法在基因交互作用探测中的研究进展[J]. 彭哲也,唐紫珺,谢民主. 遗传. 2018(03)
[2]群智能算法优化支持向量机参数综述[J]. 李素,袁志高,王聪,陈天恩,郭兆春. 智能系统学报. 2018(01)
[3]人工智能领域的机器学习算法研究综述[J]. 刘俊一. 数字通信世界. 2018(01)
[4]基于SVM的肿瘤特征基因提取与基因表达数据分析[J]. 谭云,于彬,王琦然,王学敏,李珊,邱文莹. 重庆理工大学学报(自然科学). 2016(06)
[5]基于关键节点子团的乳腺癌候选疾病模块挖掘算法[J]. 王一斌,程咏梅,张绍武. 东南大学学报(自然科学版). 2016(02)
[6]湿性年龄相关性黄斑变性的治疗进展[J]. 李铭,魏伟. 国际眼科杂志. 2015(02)
[7]应用多因子降维法分析基因-基因互作效应[J]. 杨帆,霍正浩,杨泽. 宁夏医科大学学报. 2012(04)
[8]全基因组关联研究中的交互作用研究现状[J]. 李放歌,王志鹏,户国,李辉. 遗传. 2011(09)
[9]宿主基因单核苷酸多态性与幽门螺杆菌相关胃癌[J]. 何彩云,袁媛. 遗传. 2011(02)
[10]枚举有符号基因组的可行交互移位算法[J]. 陈超,栾峻峰. 计算机工程与科学. 2010(09)
博士论文
[1]基于蛋白质相互作用网络的功能模块识别及功能预测研究[D]. 王晓敏.国防科学技术大学 2013
[2]浙江汉族人群单核苷酸多态性与胸主动脉瘤遗传易感性的研究[D]. 王岳.浙江大学 2012
[3]Nodal、GDF1基因多态性与中国汉族先天性心脏病的关联研究及基因间的交互作用研究[D]. 孙晓玮.兰州大学 2012
[4]机器学习及数据挖掘在生物信息学中的应用研究[D]. 杜伟.吉林大学 2011
[5]支持向量机方法及其应用研究[D]. 王书舟.哈尔滨工业大学 2009
[6]单体型组装问题参数化建模及算法研究[D]. 谢民主.中南大学 2008
[7]支持向量机算法及其应用研究[D]. 张国云.湖南大学 2006
硕士论文
[1]基于智能优化计算的双聚类算法研究[D]. 田小龙.西安电子科技大学 2014
[2]中国汉族人群散发性帕金森病易感基因的全基因组关联分析[D]. 胡雅坤.南昌大学 2012
[3]个体单体型组装问题MEC模型的算法研究与比较[D]. 陈姝伊.西安电子科技大学 2010
[4]惩罚logistic回归与多因子降维法交互作用分析及其应用[D]. 骆常好.山西医科大学 2009
本文编号：3109918
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