辣椒炭疽zf-C2H2基因家族的生物信息学分析

发布时间：2021-04-10 10:14

　　C2H2型锌指（zinc finger, zf）蛋白具有识别与结合特异性DNA片段等功能,参与基因表达的调控。编码zf-C2H2蛋白的基因以基因家族的形式存在。本研究通过比对已开发的辣椒炭疽基因组数据查找到19个zf-C2H2基因家族成员,对其理化性质、亚细胞定位、系统进化、蛋白质的二级结构、蛋白质的三级结构、保守基序进行分析。通过理化性质分析,发现辣椒炭疽zf-C2H2蛋白多为碱性蛋白,氨基酸数目在386-985aa,蛋白质等电点在6.05-10.04,分子量在42002.8-109661.9KD,亚细胞定位表明zf-C2H2蛋白全部定位于细胞核中。根据系统进化关系可分为7个亚族,第4亚族和第7亚族基因的数量为2,其余的为3。通过对辣椒炭疽zf-C2H2蛋白的二级和三级结构分析,发现zf-C2H2蛋白主要以无规卷曲为主,各个成员的二级结构组成的排列顺序为无规卷曲>α-螺旋>延伸链>β-折叠。根据保守基序分析,发现辣椒炭疽zf-C2H2蛋白的序列共含有8个保守基序,其中motif1在19条序列中都存在。研究结果为后续辣椒炭疽zf-C2H2蛋白的深入分析提供一定的科学依... 

【文章来源】：农业技术与装备. 2020,(07)

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【部分图文】：

辣椒炭疽zf-C2H2蛋白与链霉菌zf-C2H2构建进化树

锌指蛋白（如zf-C2H2）转录因子在自然界中分布广泛，且在基因调控网络中扮演重要角色。C2H2型锌指蛋白是最常见的锌指蛋白之一,对真核生物的生长发育及逆境胁迫的耐受能力都有着重要作用[10]。杨明磊等人[11]在分析烟草C2H2锌指蛋白转录因子家族成员时指出，C2H2锌指蛋白转录因子家族编码的转录因子具有多种生物学功能，其不仅与DNA、RNA相互作用，还与蛋白质相互作用。目前国内外对植物中尤其是拟南芥中的zf-C2H2蛋白分析较多，而对细菌内存在的zf-C2H2蛋白研究较少。炭疽菌等细菌通过寄生作物而导致作物品质、产量大幅下降。辣椒具有重要的药用及食用价值，研究炭疽菌对其侵染寄生机制有助于辣椒种质创新与育种改良。本研究采用生物信息学方法对辣椒炭疽zf-C2H2基因家族进行了鉴定及分析，旨在为炭疽菌中锌指蛋白参与的基因调控与寄生机制提供一定的科学依据。图3 辣椒炭疽zf-C2H2基因家族蛋白三级结构

辣椒炭疽zf-C2H2基因家族蛋白三级结构

【参考文献】：
期刊论文
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[2]番茄C2H2型锌指蛋白的鉴定及生物信息学分析[J]. 胡军华,王大伟,杨明磊,王新,朱海,朱佩,刘贯山.  江苏农业科学. 2018(12)
[3]海南橡胶树炭疽菌Colletotrichum siamense和C. fructicola的鉴定及系统发育分析[J]. 林春花,杨欢,赵晓宇,潘潇涵,刘文波,缪卫国,郑服丛.  热带作物学报. 2018(01)
[4]烟草C2H2锌指蛋白转录因子家族成员的鉴定与表达分析[J]. 杨明磊,晁江涛,王大伟,胡军华,吴华,龚达平,刘贯山.  遗传. 2016(04)
[5]砀山酥梨炭疽病发生特征与防治技术[J]. 高正辉,张金云,伊兴凯,黄永丰,蒋书良.  安徽农业科学. 2010(19)
[6]AP2功能基因在植物花发育中的重要作用[J]. 闻可心,刘雪梅.  生物技术通报. 2010(02)
[7]两种橡胶炭疽病菌生物学特性的比较[J]. 张春霞,李加智,何明霞,蔡志英.  西南农业学报. 2008(03)



本文编号：3129456