山羊DLK1基因分子克
发布时间：2021-04-17 20:23
本研究旨在克隆山羊DLK1基因,预测编码蛋白的结构与功能,同时研究该基因在山羊组织器官中的表达规律及其与肌内脂肪含量的相关性。以简州大耳羊为试验动物,采用RT-PCR克隆DLK1基因序列,结合生物信息学方法分析其生物学特性,荧光定量检测DLK1mRNA表达情况,并将表达量与肌内脂肪含量进行相关性分析。结果显示,克隆得到山羊DLK1长度为1 137bp,开放阅读框（ORF）长度为927bp（GenBank登录号:KP686197）,编码308个氨基酸,山羊核苷酸序列和氨基酸序列与牛的相似性最高（97%）,系统进化树分析表明山羊与牛亲缘关系最近;生物信息学预测显示,该蛋白属于不稳定酸性疏水蛋白;有8个磷酸化位点和1个N-糖基化位点;亚细胞定位于内质网（44.4%）、高尔基体（33.3%）和质膜（22.2%）,属于分泌跨膜蛋白;具有5个表皮生长因子结构域和2个表皮生长因子家族特有的保守结构域EGF-CA;预测二级结构由12.99%β-折叠和87.01%无规则卷曲组成的非常规蛋白。荧光定量PCR结果显示,DLK1基因在山羊不同组织中都存在表达,其在肾中表达水平最高,在脂肪组织中表达水平最低;D...
【文章来源】：畜牧兽医学报. 2016,47(03)北大核心CSCD
【文章页数】：10 页
【部分图文】：
图１ＤＬＫ１基因扩增结果Ｆｉｇ．１ＡｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆＤＬＫ１ｇｅｎｅｉｎｇｏａｔＭ．ＤＬ２０００ｍａｒｋｅｒ；１．ＤＬＫ１
表达研究２．２山羊ＤＬＫ１与其他物种同源比较通过ＮＣＢＩ进行同源性在线分析，将山羊ＤＬＫ１基因与ＧｅｎＢａｎｋ已经公布的物种牛（ＢＣ１２０４２９．１）、野猪（ＤＱ３０９４５８．１）、人（Ｕ１５９８１．１）、小家鼠（ＮＭ＿００１１９０７０４．１）以及大鼠（ＢＣ１６７７５２．１）等５个物种核苷酸序列以及氨基酸序列进行比对。结果显示（表２），山羊与牛的相似性最高。通过ＭＥＧＡ５．０和ｃｌｕｓｔａｌｘ１．８３构建核苷酸序列系统发育树（图３）。结果显示，山羊与牛聚为一支，符合物种进化规律。２．３ＤＬＫ１编码蛋白结构分析２．３．１理化性质分析山羊ＤＬＫ１蛋白分子式表２山羊ＤＬＫ１基因核苷酸和氨基酸序列与其他动物的一致性分析Ｔａｂｌｅ２ＣｏｍｐａｒｉｓｏｎｏｆｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅａｎｄａｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＤＬＫ１ｉｎｇｏａｔａｎｄｏｔｈｅｒｓｐｅｃｉｅｓ物种Ｓｐｅｃｉｅｓ核苷酸／％Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ氨基酸／％Ａｍｉｎｏａｃｉｄ牛Ｂｏｓｔａｕｒｕｓ９７９７野猪Ｓｕｓｓｃｒｏｆａ９１９０人Ｈｕｍａｎ８６８２小家鼠Ｍｕｓｍｕｓｃｕｌｕｓ８４８１大鼠Ｒａｔｔｕｓｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ８３６０图３采用ＭＥＧＡ５．０构建ＤＬＫ１基因系统进化树Ｆｉｇ．３ＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｏｆＤＬＫ１ｇｅｎｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄｂｙＭＥＧＡ５．０为Ｃ１４１２Ｈ２１９４Ｎ３９０Ｏ４４５Ｓ３９，相对分子质量３３．００ｋｕ，理论等电点（ｐＩ）４．６６，说明该蛋白为酸性蛋白质。
０８，疏水性平均值为０．０１４，说明该蛋白为疏水蛋白。含有２０种常见氨基酸残基中Ｃｙｓ（１１％）、Ｇｌｙ（１０．１％）、Ｌｅｕ（８．４％）频率较高，带负电荷的氨基残基（Ａｓｐ＋Ｇｌｕ＝３６）多于带正电荷的氨基酸残基（Ａｒｇ＋Ｌｙｓ＝１８）。２．３．２蛋白跨膜结构分析ＴＭＨＭＭ在线跨膜分析显示（图４），在２３０～２５２位存在一个跨膜螺旋，表明该蛋白为跨膜蛋白，同时预测１～２２９氨基酸残基位于膜外，２５３～３０８位于膜内。图４ＤＬＫ１跨膜蛋白分析Ｆｉｇ．４ＤＬＫ１ｐｒｏｔｅｉｎｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅｒｅｇｉｏｎａｎａｌｙｓｅｓ２．３．３ＤＬＫ１蛋白修饰结构的预测ＤＬＫ１蛋白修饰结构的预测显示，ＤＬＫ１蛋白存在８个磷酸化位点；分别在第１２０、１４３、２１０和２８０位氨基酸序列共４个丝氨酸（Ｓｅｒ）磷酸化位点，第９３和９５位共２个苏氨酸（Ｔｈｒ）磷酸化位点，第１１１和２６４位共２个酪氨酸（Ｔｙｒ）磷酸化位点。无Ｏ－糖基化位点。在第１００位对应天冬氨酰氨残基的酰胺氮原子存在一个Ｎ－糖基化修饰位点，其概率为０．６９。２．３．４亚细胞定位和蛋白结构域预测ＤＬＫ１蛋白亚细胞定位显示，该蛋白主要在内质网（４４．４％）、高尔基体（３３．３％）和质膜（２２．２％）中发挥生物学作用。蛋白质结构域（图５）预测表明，山羊ＤＬＫ１含有５个ＥＧＦ结构域，分别位于２５～５５、５６～８６、９１～１２５、１３０～１６８和１７３～２０６，跨膜结构４７１
【参考文献】：
期刊论文
[1]抗糖尿病药通过Cdk5抑制肥胖相关的PPARγ磷酸化[J]. 罗森. 中国病理生理杂志. 2010(12)
[2]猪DLK1基因序列特征、印记状况及组织表达分析[J]. 杨宗林,蒋曹德,李跃民. 西南大学学报(自然科学版). 2009(06)
[3]绵羊肌肉中FAS基因和HSL基因的发育性变化及其对肌内脂肪含量的影响（英文）[J]. 乔永,黄治国,李齐发,刘振山,郝称莉,石国庆,代蓉,谢庄. 遗传学报. 2007(10)
[4]绵羊肌肉H-FABP和PPARγ基因表达的发育性变化及其对肌内脂肪含量的影响（英文）[J]. 黄治国,熊俐,刘振山,乔永,刘守仁,任航行,谢庄,刘国庆,李学斌. 遗传学报. 2006(06)
硕士论文
[1]山羊印记基因H19、Dlk1、CLPG和毛囊发育相关基因Dkk1的研究[D]. 曹贵玲.山东农业大学 2008
本文编号：3144085
【文章来源】：畜牧兽医学报. 2016,47(03)北大核心CSCD
【文章页数】：10 页
【部分图文】：
图１ＤＬＫ１基因扩增结果Ｆｉｇ．１ＡｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆＤＬＫ１ｇｅｎｅｉｎｇｏａｔＭ．ＤＬ２０００ｍａｒｋｅｒ；１．ＤＬＫ１
表达研究２．２山羊ＤＬＫ１与其他物种同源比较通过ＮＣＢＩ进行同源性在线分析，将山羊ＤＬＫ１基因与ＧｅｎＢａｎｋ已经公布的物种牛（ＢＣ１２０４２９．１）、野猪（ＤＱ３０９４５８．１）、人（Ｕ１５９８１．１）、小家鼠（ＮＭ＿００１１９０７０４．１）以及大鼠（ＢＣ１６７７５２．１）等５个物种核苷酸序列以及氨基酸序列进行比对。结果显示（表２），山羊与牛的相似性最高。通过ＭＥＧＡ５．０和ｃｌｕｓｔａｌｘ１．８３构建核苷酸序列系统发育树（图３）。结果显示，山羊与牛聚为一支，符合物种进化规律。２．３ＤＬＫ１编码蛋白结构分析２．３．１理化性质分析山羊ＤＬＫ１蛋白分子式表２山羊ＤＬＫ１基因核苷酸和氨基酸序列与其他动物的一致性分析Ｔａｂｌｅ２ＣｏｍｐａｒｉｓｏｎｏｆｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅａｎｄａｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＤＬＫ１ｉｎｇｏａｔａｎｄｏｔｈｅｒｓｐｅｃｉｅｓ物种Ｓｐｅｃｉｅｓ核苷酸／％Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ氨基酸／％Ａｍｉｎｏａｃｉｄ牛Ｂｏｓｔａｕｒｕｓ９７９７野猪Ｓｕｓｓｃｒｏｆａ９１９０人Ｈｕｍａｎ８６８２小家鼠Ｍｕｓｍｕｓｃｕｌｕｓ８４８１大鼠Ｒａｔｔｕｓｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ８３６０图３采用ＭＥＧＡ５．０构建ＤＬＫ１基因系统进化树Ｆｉｇ．３ＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｏｆＤＬＫ１ｇｅｎｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄｂｙＭＥＧＡ５．０为Ｃ１４１２Ｈ２１９４Ｎ３９０Ｏ４４５Ｓ３９，相对分子质量３３．００ｋｕ，理论等电点（ｐＩ）４．６６，说明该蛋白为酸性蛋白质。
０８，疏水性平均值为０．０１４，说明该蛋白为疏水蛋白。含有２０种常见氨基酸残基中Ｃｙｓ（１１％）、Ｇｌｙ（１０．１％）、Ｌｅｕ（８．４％）频率较高，带负电荷的氨基残基（Ａｓｐ＋Ｇｌｕ＝３６）多于带正电荷的氨基酸残基（Ａｒｇ＋Ｌｙｓ＝１８）。２．３．２蛋白跨膜结构分析ＴＭＨＭＭ在线跨膜分析显示（图４），在２３０～２５２位存在一个跨膜螺旋，表明该蛋白为跨膜蛋白，同时预测１～２２９氨基酸残基位于膜外，２５３～３０８位于膜内。图４ＤＬＫ１跨膜蛋白分析Ｆｉｇ．４ＤＬＫ１ｐｒｏｔｅｉｎｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅｒｅｇｉｏｎａｎａｌｙｓｅｓ２．３．３ＤＬＫ１蛋白修饰结构的预测ＤＬＫ１蛋白修饰结构的预测显示，ＤＬＫ１蛋白存在８个磷酸化位点；分别在第１２０、１４３、２１０和２８０位氨基酸序列共４个丝氨酸（Ｓｅｒ）磷酸化位点，第９３和９５位共２个苏氨酸（Ｔｈｒ）磷酸化位点，第１１１和２６４位共２个酪氨酸（Ｔｙｒ）磷酸化位点。无Ｏ－糖基化位点。在第１００位对应天冬氨酰氨残基的酰胺氮原子存在一个Ｎ－糖基化修饰位点，其概率为０．６９。２．３．４亚细胞定位和蛋白结构域预测ＤＬＫ１蛋白亚细胞定位显示，该蛋白主要在内质网（４４．４％）、高尔基体（３３．３％）和质膜（２２．２％）中发挥生物学作用。蛋白质结构域（图５）预测表明，山羊ＤＬＫ１含有５个ＥＧＦ结构域，分别位于２５～５５、５６～８６、９１～１２５、１３０～１６８和１７３～２０６，跨膜结构４７１
【参考文献】：
期刊论文
[1]抗糖尿病药通过Cdk5抑制肥胖相关的PPARγ磷酸化[J]. 罗森. 中国病理生理杂志. 2010(12)
[2]猪DLK1基因序列特征、印记状况及组织表达分析[J]. 杨宗林,蒋曹德,李跃民. 西南大学学报(自然科学版). 2009(06)
[3]绵羊肌肉中FAS基因和HSL基因的发育性变化及其对肌内脂肪含量的影响（英文）[J]. 乔永,黄治国,李齐发,刘振山,郝称莉,石国庆,代蓉,谢庄. 遗传学报. 2007(10)
[4]绵羊肌肉H-FABP和PPARγ基因表达的发育性变化及其对肌内脂肪含量的影响（英文）[J]. 黄治国,熊俐,刘振山,乔永,刘守仁,任航行,谢庄,刘国庆,李学斌. 遗传学报. 2006(06)
硕士论文
[1]山羊印记基因H19、Dlk1、CLPG和毛囊发育相关基因Dkk1的研究[D]. 曹贵玲.山东农业大学 2008
本文编号：3144085
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3144085.html
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