家蚕中鳞翅目特异蛋白的鉴定及水平转移4,5-多巴双加氧酶基因的功能刻画

发布时间：2021-04-24 18:40

　　世系特异基因（Lineage-specific genes,LSGs）是一类特定的分类学限制蛋白编码基因,它们和数据库中任何其它蛋白质或肽段编码基因没有显著的序列相似性。LSGs也称为孤儿基因或ORFans（孤儿开放式阅读框）。随着越来越多的物种基因组被测序,LSGs在病毒、微生物、低等海洋生物、植物、昆虫和灵长类动物中都得到了研究。同时,也证实了LSGs是迄今为止测序的所有基因组的重要组成部分。除了丰富性外,LSGs对世系特异的性状和适应性也有重要作用。另外,新基因的产生和世系特异的适应性也存在很大相关性,而早期对于新基因的研究都集中在非编码DNA序列中进化出的新蛋白基因,很大程度上忽略了LSGs的进化研究。先前一些个别昆虫物种特异性基因的研究也表明了上述观点。而鳞翅目昆虫作为世界上最广泛存在的昆虫目之一,它们拥有庞大的家族成员,并且分布在除南极洲外的世界各地的其他各大洲,这些特征与它们的适应性进化是密不可分的。但是针对鳞翅目昆虫的系统性的特异基因的研究还没有见报道。本研究运用生物信息学的方法第一次系统的鉴定了家蚕中鳞翅目特异的蛋白,并对其序列基本特征、染色体分布、表达模式以及个别基... 

【文章来源】：重庆大学重庆市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：129 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
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缩略词表
1 绪论
    1.1 前言
    1.2 世系特异基因
        1.2.1 世系特异基因的定义及其发现
        1.2.2 世系特异基因的鉴定
        1.2.3 世系特异基因的功能
        1.2.4 世系特异基因的起源
        1.2.5 昆虫世系特异基因的研究概况
    1.3 水平基因转移
        1.3.1 水平基因转移的发现和发展
        1.3.2 功能性水平基因转移
    1.4 4 ,5-多巴双加氧酶的研究概况
    1.5 研究目的与意义
    1.6 研究内容与技术路线
        1.6.1 研究内容
        1.6.2 技术路线
2 鳞翅目特异蛋白的鉴定
    2.1 材料与方法
        2.1.1 数据收集和软件
        2.1.2 实验材料
        2.1.3 主要试剂
        2.1.4 分析、实验方法与步骤
    2.2 结果与分析
        2.2.1 鳞翅目特异蛋白的鉴定
        2.2.2 鳞翅目特异蛋白在家蚕染色体上分布
        2.2.3 家蚕中鳞翅目特异蛋白的特征分析
        2.2.4 家蚕中鳞翅目特异蛋白的功能注释
        2.2.5 鳞翅目特异基因在家蚕中的时期表达模式
        2.2.6 家蚕中鳞翅目特异蛋白的系统发生分析
    2.3 总结与讨论
3 家蚕BmDODA1基因的克隆及序列分析
    3.1 材料与方法
        3.1.1 实验材料
        3.1.2 数据库和基因序列来源
        3.1.3 序列分析软件
        3.1.4 主要试剂及配制
        3.1.5 主要实验仪器
        3.1.6 方法与步骤
    3.2 结果与分析
        3.2.1 家蚕BmDODA的共线性分析
        3.2.2 家蚕BmDODA1候选基因的鉴定
        3.2.3 BmDODA1全长cDNA序列的克隆
        3.2.4 BmDODA1的生物信息学分析
    3.3 总结与讨论
4 家蚕BmDODA1的表达和纯化
    4.1 材料与方法
        4.1.1 实验材料
        4.1.2 载体和菌株
        4.1.3 主要试剂及配制
        4.1.4 主要实验仪器
        4.1.5 方法与步骤
    4.2 结果与分析
        4.2.1 家蚕BmDODA1重组表达载体的构建
        4.2.2 BmDODA1的表达形式鉴定及条件优化
        4.2.3 BmDODA1的蛋白纯化
        4.2.4 BmDODA1抗体的制备和检测
    4.3 总结与讨论
5 家蚕中BmDODA1的表达模式及功能研究
    5.1 材料与方法
        5.1.1 实验材料
        5.1.2 主要试剂及配制
        5.1.3 主要实验仪器
        5.1.4 方法与步骤
    5.2 结果与分析
        5.2.1 家蚕BmDODA1基因时空表达模式
        5.2.2 酶活性检测
        5.2.3 酶活产物鉴定
    5.3 总结与讨论
6 结论与展望
致谢
参考文献
附录
    A 作者在攻读博士学位期间发表的论文
    B 作者在攻读博士学位期间参加的研究课题
    C 第二章节所用序列索引号
    D 原核表达载体结构示意图



本文编号：3157869