芝麻GRF基因家族全基因组鉴定分析

发布时间：2021-04-26 00:51

　　GRF （Growth regulating factor）是植物特有的转录因子家族,前期研究表明它们参与植物生长发育及抗逆胁迫过程的调控,与作物农艺性状密切相关。但有关基因组水平上的芝麻GRF基因家族研究未曾有报道。本研究利用生物信息学方法,在芝麻基因组中共鉴定出11条GRF基因家族成员,并更正了其中对SIN₁007585和SIN₁005885两条基因注释的错误。预测了其蛋白的分子量、等电点、亲水性总平均值等基本特征信息。发现每一条GRF家族基因只含有2或3个内含子,其转录产物m RNA都含有MicroRNA396a反向互补序列,表明小RNA是控制GRF功能的重要上游成分。进一步分析发现11条基因不均匀地分布于9条染色体上,无串联重复,基因组内有3对6个基因具有共线关系,共线基因数超过家族基因组数的50%,表现出全基因组复制的特征。还发现预期蛋白结构比较保守,与拟南芥GRF家族蛋白相似,其N端都含有1个QLQ和1个WRC结构域,C端具有多个保守基序,表明它们具有同样的功能和调控机制。再者,系统发育树分析显示GRF基因家族可以分为G1、G2、... 

【文章来源】：分子植物育种. 2020,18(22)北大核心CSCD

【文章页数】：11 页

【文章目录】：
1 结果与分析
    1.1 芝麻GRF家族基因的鉴定
    1.2 芝麻GRF家族基因的染色体分布、命名及理化特性
    1.3 芝麻GRF家族基因的系统发育
    1.4 芝麻GRF家族基因内含子结构和Micro R-NA396a互补序列
    1.5 芝麻GRF家族蛋白保守结构域和基序分析
    1.6 Si GRFs基因共线分析
    1.7 芝麻Si GRF家族基因表达模式
2 讨论
3 材料与方法
    3.1 网络生物信息数据资源
    3.2 网上生物信息学分析工具
    3.3 本地生物信息学分析工具
    3.4 下载整理数据
    3.5 芝麻GRF （Si GRF）家族成员的鉴定和命名
    3.6 Si GRF基因和蛋白序列的分布及生理生化和结构特征分析
    3.7 Si GRF家族蛋白的进化分析
    3.8 Si GRF家族的表达分析
作者贡献



本文编号：3160408