基于高通量测序的肝细胞癌mRNA的差异表达及初步分析

发布时间：2021-04-26 01:17

　　目的:利用高通量测序技术对HBV相关肝细胞癌组织以及配对癌旁组织的mRNA进行测序分析,筛选差异表达mRNA,并利用生物信息学手段分析差异表达mRNA,揭示肝细胞癌发生发展过程中可能的关键调控通路以及关键差异表达的mRNA,为下一步的研究打下基础。方法:1.肝细胞癌差异表达mRNA分析。对HBV相关肝细胞癌以及配对癌旁组织进行高通量测序（各3例）,计算mRNA表达量,筛选差异表达mRNA,构建肝细胞癌mRNA差异表达谱。2.应用生物信息学手段对差异表达的mRNA进行分析。对差异表达的mRNA进行GO功能富集分析﹑KEGG信号通路富集分析以及KO分析等,揭示差异mRNA可能存在差异的功能以及差异表达mRNA主要参与的代谢途径和信号通路;结合富集分析的结果,筛选关键调控通路以及关键差异表达的mRNA。3.扩大样本量验证。对HBV相关肝细胞癌组织及其配对癌旁组织各8例,利用实时荧光定量PCR技术以及免疫组化技术对关键调控通路上的显著差异mRNA在基因和蛋白水平上的表达进行验证,为下一步研究打下基础。结果:1.经过高通量测序分析共筛选到2386个差异mRNA。其中癌旁组相对肝细胞癌组织组有11... 

【文章来源】：广西医科大学广西壮族自治区

【文章页数】：88 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
个人简历
摘要
ABSTRACT
前言
技术路线
材料方法
结果
    1.样本RNA的浓度、纯度及完整性
    2.测序数据质量分析
    3.数据过滤
    4.碱基质量分布
    5.碱基含量分布
    6.Reads平均质量分布
    7.比对参考基因组分析
    8.基因覆盖均一度
    9.PCA分析
    10.差异基因表达分析
    11.聚类分析
    12.差异表达基因功能富集分析
    13.实时荧光定量PCR结果
    14.免疫组化结果
讨论
结论
创新性
参考文献
综述
    参考文献
致谢
攻读学位期间发表的学术论文


【参考文献】：
期刊论文
[1]下调Claspin抑制肝癌增殖的研究[J]. 李娟,孙冉冉,孙继红,朱威威,宋瑞鹏,余祖江.  中华实验外科杂志. 2018 (09)
[2]Interaction of 14-3-3σ with KCMF1 suppresses the proliferation and colony formation of human colon cancer stem cells[J]. Jian Zou,Lin Mi,Xiao-Feng Yu,Jie Dong.  World Journal of Gastroenterology. 2013(24)
[3]基因芯片技术在植物基因克隆中的应用研究进展[J]. 孙兵,闫彩霞,张廷婷,郑奕雄,毕玉平,陈高,单世华.  基因组学与应用生物学. 2009(01)
[4]The crystal structure of the non-liganded 14-3-3σ protein: insights into determinants of isoform specific ligand binding and dimerization[J]. Anne BENZINGER,Grzegorz M. POPOWICZ,Joma K. JOY,Sudipta MAJUMDAR,Tad A. HOLAK,Heiko HERMEKING.  Cell Research. 2005(04)
[5]The role of epigenetic inactivation of 14-3-3σ in human cancer[J]. Dmitri LODYGIN,Heiko HERMEKING.  Cell Research. 2005(04)

博士论文
[1]结肠癌相关差异性通路内关键基因筛选和SFN基因功能研究[D]. 高峰.山东大学 2018

硕士论文
[1]14-3-3σ在UVB诱导的人表皮细胞辐射损伤中的作用及其机制的初步探讨[D]. 黄海波.南方医科大学 2016



本文编号：3160450