基于大菱鲆皮肤组织转录组的抗逆基因克
发布时间：2021-06-10 12:37
大菱鲆（Scophthalmus maximus）是原产于大西洋东北部、欧洲沿海的一种冷水性鱼类。1992年由雷霁霖院士引进我国,目前已成为我国北方沿海重要的工厂化养殖鱼类。然而北方沿海夏季气温、水温都比较高,大菱鲆发病率、产卵量和死亡率较高,损害养殖效益,不利于大菱鲆工厂化养殖的进一步发展。本课题组从2007年开始对大菱鲆的耐温性状进行遗传改良,选育生长性能优良的耐高温新品系,目前已取得了可喜的进展,选育后代耐温性明显提高。为加快育种进程,挖掘与高温应答相关的功能基因,解析大菱鲆应答高温胁迫的分子机制,本研究通过分析高温胁迫条件下的皮肤组织转录组测序数据,筛选出数个与高温胁迫相关的抗逆基因,利用基因克隆、组织表达分析和原核表达等方法进行解析。以期在全基因组范围内了解大菱鲆应答高温胁迫的分子机制,为全面认识大菱鲆抗逆的分子机理奠定基础,并为大菱鲆耐高温遗传育种新标记的开发提供新的理论基础和研究方向。1.分析大菱鲆高温皮肤转录组数据库,对原始数据进行过滤,剔除了低质量数据后将clean reads进行混合拼接,得到217609条Unigene作为参考序列用于后续分析;采用Nr,Nt,Sw...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
注释结果venn图
图 2-2 GO 功能分类Figure 2-2 Catelogy of GO横坐标为 GO 三个大类的下一层级的 GOterm，纵坐标为注释到该 term 下(包括该 term的子 term)的基因个数。将 KOG 注释成功的基因按 KOG 的 group 进行分类，共可分为 26 组，分类结果如图 2-3。由图中结果可以看出，基因聚集最多的功能依次是“信号转导机制”、“一般功能预测”和“翻译后修饰，蛋白质周转，分子伴侣”；聚类最少的是“细胞机动性”、“未命名蛋白”和“细胞壁/膜/包膜生物发生”。
图 2-2 GO 功能分类Figure 2-2 Catelogy of GO横坐标为 GO 三个大类的下一层级的 GOterm，纵坐标为注释到该 term 下(包括该 term的子 term)的基因个数。将 KOG 注释成功的基因按 KOG 的 group 进行分类，共可分为 26 组，分类结果如图 2-3。由图中结果可以看出，基因聚集最多的功能依次是“信号转导机制”、“一般功能预测”和“翻译后修饰，蛋白质周转，分子伴侣”；聚类最少的是“细胞机动性”、“未命名蛋白”和“细胞壁/膜/包膜生物发生”。
【参考文献】：
期刊论文
[1]牙鲆（Paralichthys olivaceus）Hsp90 mRNA在温度刺激和鳗弧菌感染下的表达特征[J]. 生安志,鞠辉明,李贵阳,李杰,莫照兰. 渔业科学进展. 2016(05)
[2]内质网蛋白27（ERp27）在小鼠卵母细胞的定位及在精卵融合中的作用[J]. 王锦凤,肖露,王若琳,钱卫平,周亮. 生殖医学杂志. 2016(09)
[3]人类蛋白质二硫键异构酶家族研究进展[J]. 黄子芮,潘黎明,盛梦婷,李俊明. 现代医药卫生. 2016(02)
[4]碳酸盐碱度胁迫下瓦式雅罗鱼血浆游离氨基酸水平的变化[J]. 常玉梅,何强,孙言春,梁利群,孙效文. 中国水产科学. 2016(01)
[5]蛋白质二硫键异构酶A3——疾病治疗的新靶点[J]. 胡玥,陶丽媛,吕宾. 中国病理生理杂志. 2015(06)
[6]日本血吸虫PDIA3的原核表达和多抗血清制备[J]. 刘群,段明明,苑纯秀,李丹丹,葛程,马丽贞,冯新港. 中国动物传染病学报. 2015(01)
[7]循环水养殖条件下水温对大菱鲆氨氮排泄、转氨酶及免疫因子的影响[J]. 王晓晨,孙国祥,李勇,周邦维,赵宁宁,柳阳,于凯松. 渔业现代化. 2014(06)
[8]大鲵铁蛋白重链FTH基因的克隆、鉴定及表达分析[J]. 杨辉,李锋刚,蓝青景,胡伟,刘小林,王立新. 水生生物学报. 2014(01)
[9]拟穴青蟹（Scylla paramamosain）蛋白二硫键异构酶基因的分子克隆与表达分析[J]. 曾祥兰,刘元婧,曾慧,黄辉洋,叶海辉,王桂忠. 海洋与湖沼. 2013(06)
[10]松江鲈鱼皮肤的显微和亚显微结构[J]. 蒋鑫,潘连德,马召腾. 动物学杂志. 2012(04)
硕士论文
[1]二硫键异构酶ERp72在静脉血栓形成中的作用及其机制的初步研究[D]. 陈凤梧.苏州大学 2016
[2]金定鸭FTH1基因的克隆及功能初步鉴定[D]. 童一宇.扬州大学 2014
[3]温度对南方鲇幼鱼皮肤呼吸代谢的影响[D]. 鲜雪梅.重庆师范大学 2011
[4]高温逆境下大菱鲆体表生理生化特性研究[D]. 黄智慧.中国海洋大学 2010
[5]盐度、pH和捕捞胁迫对施氏鲟（Acipenser schrenckii）生理生化影响的初步研究[D]. 童燕.华东师范大学 2007
[6]拥挤胁迫对鲤生长和生理指标的影响[D]. 于淼.华中农业大学 2005
本文编号：3222384
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
注释结果venn图
图 2-2 GO 功能分类Figure 2-2 Catelogy of GO横坐标为 GO 三个大类的下一层级的 GOterm，纵坐标为注释到该 term 下(包括该 term的子 term)的基因个数。将 KOG 注释成功的基因按 KOG 的 group 进行分类，共可分为 26 组，分类结果如图 2-3。由图中结果可以看出，基因聚集最多的功能依次是“信号转导机制”、“一般功能预测”和“翻译后修饰，蛋白质周转，分子伴侣”；聚类最少的是“细胞机动性”、“未命名蛋白”和“细胞壁/膜/包膜生物发生”。
图 2-2 GO 功能分类Figure 2-2 Catelogy of GO横坐标为 GO 三个大类的下一层级的 GOterm，纵坐标为注释到该 term 下(包括该 term的子 term)的基因个数。将 KOG 注释成功的基因按 KOG 的 group 进行分类，共可分为 26 组，分类结果如图 2-3。由图中结果可以看出，基因聚集最多的功能依次是“信号转导机制”、“一般功能预测”和“翻译后修饰，蛋白质周转，分子伴侣”；聚类最少的是“细胞机动性”、“未命名蛋白”和“细胞壁/膜/包膜生物发生”。
【参考文献】：
期刊论文
[1]牙鲆（Paralichthys olivaceus）Hsp90 mRNA在温度刺激和鳗弧菌感染下的表达特征[J]. 生安志,鞠辉明,李贵阳,李杰,莫照兰. 渔业科学进展. 2016(05)
[2]内质网蛋白27（ERp27）在小鼠卵母细胞的定位及在精卵融合中的作用[J]. 王锦凤,肖露,王若琳,钱卫平,周亮. 生殖医学杂志. 2016(09)
[3]人类蛋白质二硫键异构酶家族研究进展[J]. 黄子芮,潘黎明,盛梦婷,李俊明. 现代医药卫生. 2016(02)
[4]碳酸盐碱度胁迫下瓦式雅罗鱼血浆游离氨基酸水平的变化[J]. 常玉梅,何强,孙言春,梁利群,孙效文. 中国水产科学. 2016(01)
[5]蛋白质二硫键异构酶A3——疾病治疗的新靶点[J]. 胡玥,陶丽媛,吕宾. 中国病理生理杂志. 2015(06)
[6]日本血吸虫PDIA3的原核表达和多抗血清制备[J]. 刘群,段明明,苑纯秀,李丹丹,葛程,马丽贞,冯新港. 中国动物传染病学报. 2015(01)
[7]循环水养殖条件下水温对大菱鲆氨氮排泄、转氨酶及免疫因子的影响[J]. 王晓晨,孙国祥,李勇,周邦维,赵宁宁,柳阳,于凯松. 渔业现代化. 2014(06)
[8]大鲵铁蛋白重链FTH基因的克隆、鉴定及表达分析[J]. 杨辉,李锋刚,蓝青景,胡伟,刘小林,王立新. 水生生物学报. 2014(01)
[9]拟穴青蟹（Scylla paramamosain）蛋白二硫键异构酶基因的分子克隆与表达分析[J]. 曾祥兰,刘元婧,曾慧,黄辉洋,叶海辉,王桂忠. 海洋与湖沼. 2013(06)
[10]松江鲈鱼皮肤的显微和亚显微结构[J]. 蒋鑫,潘连德,马召腾. 动物学杂志. 2012(04)
硕士论文
[1]二硫键异构酶ERp72在静脉血栓形成中的作用及其机制的初步研究[D]. 陈凤梧.苏州大学 2016
[2]金定鸭FTH1基因的克隆及功能初步鉴定[D]. 童一宇.扬州大学 2014
[3]温度对南方鲇幼鱼皮肤呼吸代谢的影响[D]. 鲜雪梅.重庆师范大学 2011
[4]高温逆境下大菱鲆体表生理生化特性研究[D]. 黄智慧.中国海洋大学 2010
[5]盐度、pH和捕捞胁迫对施氏鲟（Acipenser schrenckii）生理生化影响的初步研究[D]. 童燕.华东师范大学 2007
[6]拥挤胁迫对鲤生长和生理指标的影响[D]. 于淼.华中农业大学 2005
本文编号：3222384
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3222384.html
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