卵巢癌转移相关的拷贝数变异及基因研究

发布时间：2021-06-14 10:54

　　目的:卵巢癌是妇科所有恶性肿瘤中预后最差的,通常在晚期被发现其已经出现转移。拷贝数变异（Copy number variations,CNVs）常常导致致癌因子的改变。本研究使用Affymetrix CytoScan?HD芯片检测转移性卵巢癌组织全基因组的CNVs以及杂合性缺失（Loss of heterozygosity,LOH）,并筛选卵巢癌转移相关的基因,进一步分析参与卵巢癌转移过程的信号转导通路。方法:采用Affymetrix CytoScan?HD芯片分析得到所有样本全基因组的CNVs和LOH,筛选6例样本共有CNVs以及LOH片段,并与2例正常卵巢上皮组织对比,筛选差异性的片段以及基因。1.利用DAVID在线工具对候选CNVs以及LOH片段所包含的基因进行基因本体（gene ontology,GO）和信号通路显著性富集分析,全面了解候选基因在转移性卵巢癌中的作用。2.利用STRING数据库分析构建这些差异基因的相互作用通路网络,并通过Kaplan-Meier plotter在线对候选基因进行生存分析。3.利用PASTAA预测调控这些靶标基因的转录因子（Transcripti... 

【文章来源】：福建医科大学福建省

【文章页数】：54 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

部分基因组琼脂糖凝胶电泳图

12Scaner产生的芯片原始数据cel文件转换成CYCHP文件，导出8个样本CNVs及LOH结果图（图1-2）、每个样本log2Ratio（图1-3）。然后应用Nexus软件分析得到相应的图表。图1-2样本3的每个染色体的CNV、LOH图，上行为1-12号染色体，下行为13-22号以及X染色体。CNV用蓝色（扩增）与红色（缺失）表示，LOH用紫色表示。图1-3：样本4的log2Ratio总图：横轴为染色体号数。正常拷贝数为2，20=1，以2为底1的对数log21=0，因此正常拷贝数为2的基因位点都在0基线上下1个标准差范围内波动。3.转移性卵巢癌中共同候选片段的筛选筛选可能与转移性卵巢癌相关的共同CNVs片段：（1）选择至少有3个以上样本发生的共同CNVs，这样与卵巢癌的转移性特性相关可能较大；

12Scaner产生的芯片原始数据cel文件转换成CYCHP文件，导出8个样本CNVs及LOH结果图（图1-2）、每个样本log2Ratio（图1-3）。然后应用Nexus软件分析得到相应的图表。图1-2样本3的每个染色体的CNV、LOH图，上行为1-12号染色体，下行为13-22号以及X染色体。CNV用蓝色（扩增）与红色（缺失）表示，LOH用紫色表示。图1-3：样本4的log2Ratio总图：横轴为染色体号数。正常拷贝数为2，20=1，以2为底1的对数log21=0，因此正常拷贝数为2的基因位点都在0基线上下1个标准差范围内波动。3.转移性卵巢癌中共同候选片段的筛选筛选可能与转移性卵巢癌相关的共同CNVs片段：（1）选择至少有3个以上样本发生的共同CNVs，这样与卵巢癌的转移性特性相关可能较大；

【参考文献】：
期刊论文
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[2]紫杉醇联合顺铂化疗对人卵巢浆液性囊腺癌组织occludin和ZO-1表达以及线粒体超微结构的影响[J]. 谭树芬,杨宏英,李凡,魏向群,李树清.  中国病理生理杂志. 2013(08)
[3]生物信息学研究方法探讨[J]. 张云鹏.  黑龙江科技信息. 2012(30)
[4]组织微阵列技术研究进展[J]. 马永权,张雪峰,蒋会勇.  沈阳部队医药. 2009(04)
[5]功能基因组学研究概述[J]. 庄金秋,杨丽梅,贾杏林.  中国生物工程杂志. 2005(S1)
[6]高转移卵巢上皮性癌基因表达谱中差异表达基因与染色体拷贝数变异的相关性[J]. 应莉莎,许沈华,苏丹,牟瀚舟,顾琳慧,朱赤红,刘祥麟.  中华妇产科杂志. 2009 (02)



本文编号：3229684