基于TCGA和HADb数据库筛选自噬相关基因在舌癌中的差异表达及对预后的影响

发布时间：2021-07-06 04:39

　　目的:探讨自噬相关基因（ATG）在舌癌发病机制中的作用,以建立一个基于ATG表达谱的舌癌患者预后预测模型。方法:基于TCGA和HADb数据库,采用Wilcox检验方法确定舌癌中差异表达的ATG,COX回归分析ATG与舌癌患者总生存率的相关性; GO、KEGG分析揭示舌癌中与自噬基因相关的信号通路和生物学过程;评价ATG与舌癌患者临床性状之间的关系。结果:舌癌组织和癌旁组织的ATG具有差异性表达,5个差异基因（VEGFA、ATG9B、WDR45、BAK1、VAMP3）与舌癌患者的总生存率显著相关,可预测患者预后生存; GO、KEGG分析显示多条关键自噬相关通路显著富集,如细胞凋亡、P53信号通路、自噬功能、表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂耐药等; ATG9B、VEGFA、WDR45等ATG与患者不同临床病理特征具有显著相关性。结论:VEGFA、ATG9B、WDR45、BAK1、VAMP3等差异自噬基因可预测舌癌的预后。 

【文章来源】：口腔生物医学. 2020,11(04)

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

ATG在舌癌样本中的差异表达

GO富集分析显示线粒体组织的正向调控、自噬功能、凋亡线粒体改变、蛋白质膜定位等与自噬相关的通路显著富集(P<0.05，错误发现率<0.05)。KEGG富集分析显示细胞凋亡、P53信号通路、自噬、线粒体自噬、坏死、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)酪氨酸激酶抑制剂抵抗等与自噬相关的通路显著富集(P<0.05，错误发现率<0.05，图2)。2.3 预后相关的ATG

COX回归分析结果显示:VEGFA、TP53INP2、ATG9B、WDR45、BAK1、ITGA3、ATI、VAMP3、MAP1LC3A等9个ATG与舌癌患者预后显著相关，通过COX函数进行优化，最终得到VEGFA(P=0.035)、ATG9B(P=0.012)、WDR45(P=0.010)、BAK1(P=0.048)、VAMP3(P=0.020)等5个ATG(图3A)。根据风险值的中位值将所有样本分为高低风险两组，可得出不同风险组与生存率存在显著相关性(P=1.014×10-4，图3B);随着风险值的增加患者死亡数量增加(图3C);不同ATG在高低风险组具有不同程度的差异表达，ATG9B、WDR45表达量随着风险值增加而逐渐降低，VEGFA的表达量随着风险值增加而增加(图3D)，提示ATG9B、WDR45可能是预后相关的低风险基因，VEGFA可能为高风险基因。2.4 与生存相关的独立预后分析


本文编号：3267541