全基因组关联研究和独立样本验证发现IRF3为狼疮的易感基因

发布时间：2021-07-12 07:46

　　目的:系统性红斑狼疮（systemic lupus erythematosus,SLE）是一种复杂的自身免疫性疾病。目前全基因组关联研究（genome-wide association studies,GWAS）发现的SLE易感基因只能解释其遗传性的一小部分,提示还有许多的易感基因有待发现。本研究拟通过对现存的SLE GWAS数据进行进一步深入分析,发现新的SLE的易感基因/位点,进一步揭示SLE的生物学机制,为SLE的治疗提供药物研究靶点。方法:实验包括两个阶段:发现阶段和验证阶段。发现阶段运用已发表的全基因组关联分析数据,包括欧洲队列（4943例SLE病例和8483例正常对照）和亚洲队列（包括2485例病例和3947例对照）的SLE GWAS数据,利用千人基因组数据库对这些样本进行基因型推算（Imputation）,以推断未直接分型的遗传标记位点基因型信息。通过质量控制和总结关联研究结果,筛选出三个与SLE可能相关联的候选SNPs随后进行验证。验证阶段首先在在香港队列（1255例病例和951例对照）中展开,检测候选SNPs的基因型。通过分析该队列中候选位点与疾病的相关性,与发现阶段... 

【文章来源】：福建医科大学福建省

【文章页数】：61 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

TaqMan实验原理

21图4TaqMan基因分型实验结果示例5.数据分析5.1基因型推算（Imputation）将亚洲队列和欧洲队列，参照千人基因组数据库用IMPUTE2进行基因型推算（Imputation）以补充缺失的SNP分型，若infoscore>0.9，则推测该SNP为缺失的点。脚本示例如下：impute2-use_prephased_g-Ne20000-iter30-align_by_maf_g-os0123-seed1000000-int145000001150000001-mgenetic_map_chr2_combined_b37.txt-h1000GP_Phase3_chr2.hap.gz-l1000GP_Phase3_chr2.legend.gz-known_haps_gphased_QC5_chr2.haps-ochunk30

285.基因的功能注释5.1BLUEPRINT和eQTL数据库根据BLUEPRINT数据库，在与rs7251可能相关的几个基因中，IRF3基因是最可能相关的（http://blueprint-dev.bioinfo.cnio.es/WP10/qtls/）。全血eQTL数据库说明rs7251是一个非同义变异位点，该变异将导致位于IRF3基因第427位的氨基酸编码由丝氨酸转变为苏氨酸。5.2GTEx和NCBI数据库GTEx数据库显示，rs7251在甲状腺、动脉、脑等组织中调控IRF3的表达（详见图5）。IRF3在脾、宫颈、甲状腺等组织中高表达（详见图6）。NCBI数据库显示IRF3在脾、淋巴结、阑尾等组织中高表达（详见图7）。图5rs7251在各组织中调控IRF3的情况（GTEx数据库）


本文编号：3279498