多花黄精块茎发育和胁迫条件下qPCR内参基因的筛选与验证
发布时间：2021-07-12 21:18
为分析多花黄精块茎中甾体皂苷生物合成通路基因的表达,筛选出块茎不同发育期以及在胁迫条件下稳定表达的内参基因至关重要。根据业已建立的多花黄精转录组数据库和相关报道的植物内参基因,以不同发育期和茉莉酸甲酯（methyl jasmonate, MeJA）处理后的多花黄精块茎为实验材料,利用实时荧光定量PCR（qPCR）技术,对8个候选内参基因包括histone H2A（H2A2）,glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase（GAPDH）,ACTIN,β-tubulin,ubiquitin-conjugating enzyme E2 10（UBQ-E2-10）,elongation factor 1-alpha isoform（EF-1α2）,18S rRNA（18S）,α-tubulin 4进行系统的筛选;利用GeNorm,NormFinder,BestKeeper 3个统计学软件对内参基因的稳定性进行分析;通过分析甾体皂苷生物合成通路中4个基因的表达,对内参基因的可靠性进行验证。结果显示,以UBQ-E2-10作为内参基因时,4个甾体皂苷合成相关基因在不...
【文章来源】：中国中药杂志. 2020,45(24)北大核心CSCD
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
8个候选内参基因的qPCR溶解曲线
GeNorm通过计算各候选内参基因在不同组织中的表达稳定值(expression stability value, M)来衡量其表达稳定性。该软件以M=1.5为阈值,M越小,稳定性越高,越适合作为内参基因,当M>1.5时则说明其不适于作为内参基因。此外,GeNorm通过计算配对变异值(pairwise variation value, V)来确定最适宜的内参基因个数,以获得准确可靠的结果。该程序以0.15为阈值,当Vn/n+1<0.15时,则n个内参基因就可以满足校正目的基因表达量的要求。8个候选内参基因在多花黄精块茎不同发育期的M均小于1.5,排列次序为:ACTIN>β-tubulin>H2A2>GADPH>α-tubulin 4>18S rRNA>EF-1α2>UBQ-E2-10。以ACTIN最大,为0.456,EF-1α2和UBQ-E2-10最小,均为0.303(图3A);V2/3为0.119<0.15,表明最适合内参基因个数为2(图3B)。由此说明,EF-1α2和UBQ-E2-10为多花黄精块茎不同发育期的最合适内参基因。受MeJA胁迫处理后,8个内参基因在多花黄精块茎中的M均小于1.5,排列次序为:GADPH>β-tubulin>H2A2>EF-1α2>18S rRNA>ACTIN>α-tubulin 4>UBQ-E2-10。以GADPH最大,为0.82;α-tubulin 4和UBQ-E2-10最小,均为0.46(图3C);V2/3为0.125<0.15,表明最适合内参基因个数为2(图3D)。由此说明,α-tubulin 4,UBQ-E2-10为多花黄精MeJA胁迫处理的最合适内参基因。
受MeJA胁迫处理后,8个内参基因在多花黄精块茎中的M均小于1.5,排列次序为:GADPH>β-tubulin>H2A2>EF-1α2>18S rRNA>ACTIN>α-tubulin 4>UBQ-E2-10。以GADPH最大,为0.82;α-tubulin 4和UBQ-E2-10最小,均为0.46(图3C);V2/3为0.125<0.15,表明最适合内参基因个数为2(图3D)。由此说明,α-tubulin 4,UBQ-E2-10为多花黄精MeJA胁迫处理的最合适内参基因。2.3.2 NormFinder分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]多花黄精甾体皂苷生物合成途径分析及关键酶基因研究[J]. 单春苗,王晨凯,施圆圆,张声祥,赵历强,吴家文. 中国中药杂志. 2020(12)
[2]巴戟天实时荧光定量PCR内参基因的选择[J]. 叶友杰,谢德金,杨德明,黄霞,陈礼光,荣俊冬,郑郁善. 中草药. 2020(04)
[3]多花黄精根茎的转录组分析与甾体皂苷生物合成相关基因发掘[J]. 廖荣俊,杨阳,叶碧欢,李楠,陈友吾,翁永发,杜国坚,李海波. 中国中药杂志. 2020(07)
[4]栽培远志qRT-PCR内参基因筛选与P450s基因的时空表达分析[J]. 李娟,孔冉冉,梅月菊,张福生,田洪岭,秦雪梅,杜晨晖,马存根. 中草药. 2019(24)
[5]基于多花黄精转录组的多糖及薯蓣皂苷生物合成路径研究[J]. 祝明珠,俞年军,王秋丽,周安,顾晓,韩荣春,童小慧,彭代银. 中国中药杂志. 2020(01)
[6]黄精属植物化学成分及药理活性研究进展[J]. 张娇,王元忠,杨维泽,杨美权,张金渝. 中国中药杂志. 2019(10)
[7]千里光qRT-PCR分析中内参基因的选择[J]. 王丽平,梁瑾,谌琴琴,王强. 中国中药杂志. 2019(03)
[8]不同生长年限林下山参实时荧光定量PCR内参基因的筛选[J]. 荆礼,麻锐,刘星彤,苏航,潘黛安,王秀阁,张鹤,齐滨. 时珍国医国药. 2018(11)
[9]川续断根实时荧光定量PCR内参基因的筛选[J]. 晋海军,王海霞,刘绍红,张涛,向守艳. 分子植物育种. 2018(24)
[10]朱顶红实时荧光定量PCR中不同组织器官内参基因的筛选[J]. 刘晓婷,王顺利,薛璟祺,薛玉前,吕英民,张秀新. 园艺学报. 2018(05)
本文编号：3280678
【文章来源】：中国中药杂志. 2020,45(24)北大核心CSCD
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
8个候选内参基因的qPCR溶解曲线
GeNorm通过计算各候选内参基因在不同组织中的表达稳定值(expression stability value, M)来衡量其表达稳定性。该软件以M=1.5为阈值,M越小,稳定性越高,越适合作为内参基因,当M>1.5时则说明其不适于作为内参基因。此外,GeNorm通过计算配对变异值(pairwise variation value, V)来确定最适宜的内参基因个数,以获得准确可靠的结果。该程序以0.15为阈值,当Vn/n+1<0.15时,则n个内参基因就可以满足校正目的基因表达量的要求。8个候选内参基因在多花黄精块茎不同发育期的M均小于1.5,排列次序为:ACTIN>β-tubulin>H2A2>GADPH>α-tubulin 4>18S rRNA>EF-1α2>UBQ-E2-10。以ACTIN最大,为0.456,EF-1α2和UBQ-E2-10最小,均为0.303(图3A);V2/3为0.119<0.15,表明最适合内参基因个数为2(图3B)。由此说明,EF-1α2和UBQ-E2-10为多花黄精块茎不同发育期的最合适内参基因。受MeJA胁迫处理后,8个内参基因在多花黄精块茎中的M均小于1.5,排列次序为:GADPH>β-tubulin>H2A2>EF-1α2>18S rRNA>ACTIN>α-tubulin 4>UBQ-E2-10。以GADPH最大,为0.82;α-tubulin 4和UBQ-E2-10最小,均为0.46(图3C);V2/3为0.125<0.15,表明最适合内参基因个数为2(图3D)。由此说明,α-tubulin 4,UBQ-E2-10为多花黄精MeJA胁迫处理的最合适内参基因。
受MeJA胁迫处理后,8个内参基因在多花黄精块茎中的M均小于1.5,排列次序为:GADPH>β-tubulin>H2A2>EF-1α2>18S rRNA>ACTIN>α-tubulin 4>UBQ-E2-10。以GADPH最大,为0.82;α-tubulin 4和UBQ-E2-10最小,均为0.46(图3C);V2/3为0.125<0.15,表明最适合内参基因个数为2(图3D)。由此说明,α-tubulin 4,UBQ-E2-10为多花黄精MeJA胁迫处理的最合适内参基因。2.3.2 NormFinder分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]多花黄精甾体皂苷生物合成途径分析及关键酶基因研究[J]. 单春苗,王晨凯,施圆圆,张声祥,赵历强,吴家文. 中国中药杂志. 2020(12)
[2]巴戟天实时荧光定量PCR内参基因的选择[J]. 叶友杰,谢德金,杨德明,黄霞,陈礼光,荣俊冬,郑郁善. 中草药. 2020(04)
[3]多花黄精根茎的转录组分析与甾体皂苷生物合成相关基因发掘[J]. 廖荣俊,杨阳,叶碧欢,李楠,陈友吾,翁永发,杜国坚,李海波. 中国中药杂志. 2020(07)
[4]栽培远志qRT-PCR内参基因筛选与P450s基因的时空表达分析[J]. 李娟,孔冉冉,梅月菊,张福生,田洪岭,秦雪梅,杜晨晖,马存根. 中草药. 2019(24)
[5]基于多花黄精转录组的多糖及薯蓣皂苷生物合成路径研究[J]. 祝明珠,俞年军,王秋丽,周安,顾晓,韩荣春,童小慧,彭代银. 中国中药杂志. 2020(01)
[6]黄精属植物化学成分及药理活性研究进展[J]. 张娇,王元忠,杨维泽,杨美权,张金渝. 中国中药杂志. 2019(10)
[7]千里光qRT-PCR分析中内参基因的选择[J]. 王丽平,梁瑾,谌琴琴,王强. 中国中药杂志. 2019(03)
[8]不同生长年限林下山参实时荧光定量PCR内参基因的筛选[J]. 荆礼,麻锐,刘星彤,苏航,潘黛安,王秀阁,张鹤,齐滨. 时珍国医国药. 2018(11)
[9]川续断根实时荧光定量PCR内参基因的筛选[J]. 晋海军,王海霞,刘绍红,张涛,向守艳. 分子植物育种. 2018(24)
[10]朱顶红实时荧光定量PCR中不同组织器官内参基因的筛选[J]. 刘晓婷,王顺利,薛璟祺,薛玉前,吕英民,张秀新. 园艺学报. 2018(05)
本文编号：3280678
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