基于生物信息学途径预测MELK基因在肺腺癌及肺鳞癌中的功能机制及临床意义

发布时间：2021-07-13 04:44

　　【目的】通过生物信息学方法,预测肺腺癌及肺鳞癌中高表达的母体胚胎亮氨酸拉链激酶（MELK）在疾病发生发展中的功能机制及临床意义。【方法】从基因表达数据（GEO）获取芯片数据集GSE7670,结合肿瘤基因组图谱（TCGA）肺腺癌及肺鳞癌数据库进行差异分析,筛选差异激酶（P <0.05）。对这些激酶进行GO生物学功能富集分析及KEGG信号通路分析。通过String数据库绘制蛋白相互作用网络,并利用Cytoscape的MCODE插件找到关键节点蛋白,挑选出MELK激酶。通过Oncomine数据库分析MELK表达,从TCGA数据库获取临床信息,分析MELK表达与肺腺癌及肺鳞癌临床病理特征及预后的关系。采用GeneMANIA预测MELK功能,进而用GEPIA2验证相关共表达基因。【结果】共筛选出159个与细胞增殖、凋亡及各信号通路密切相关的差异激酶。蛋白质相互作用网络分析发现21个关键基因。MELK在男性、年龄较小、高分期的肺腺癌及肺鳞癌中表达较高。在肺腺癌中,MELK高表达与较短的总生存期（OS）及无进展生存期（PFS）显著相关,而在肺鳞癌中则无显著差异。MELK可能参与G2/M期转化,... 

【文章来源】：中山大学学报(医学科学版). 2020,41(06)北大核心CSCD

【文章页数】：11 页

【部分图文】：

GSE7670芯片中肺腺癌和癌旁组织差异表达基因火山图

我们通过GeneMANIA预测可能与MELK具有相同功能且相互作用的基因，并且预测了MELK的潜在功能（图6）。在功能上提示MELK可能促进G2/M细胞周期的转化，推测MELK可能与细胞增殖相关。因而，进一步检测MELK与增殖相关基因的共表达（图7），结果表明，在LUAD中，MELK均与MKI67、PCNA、CCNB1、MCM2和TOP2A表达呈明显正相关（P<0.05，相关系数R分别为：0.75,0.65,0.81,0.7,0.66）；在LUSC中，MELK也与其呈显著正相关（P<0.05，相关系数R分别为：0.36,0.46,0.36,0.37,0.38），但相关性较LUAD较低。图3 159个激酶中关键蛋白的蛋白质相互作用网络

159个激酶中关键蛋白的蛋白质相互作用网络


本文编号：3281372