重测序策略挖掘多浪羊多胎基因及候选基因与产羔数的分析
发布时间：2021-07-16 15:25
多浪羊是南疆特色地方品种,本研究以新疆喀什疏附其木布拉克多浪羊繁殖合作社多浪羊群体作为研究对象,采用第二代测序手段对多浪羊全基因组重测序,运用生物信息统计学分析手段,得到与多浪羊繁殖性能相关的基因。对其中两个与繁殖最为相关的基因进行验证,分析其与多浪羊产羔数的相关性,旨在挖掘多浪羊繁殖性状相关的候选基因并验证,为新疆地区特色品种多浪羊设计开发特有分子标记,基于高密度分子标记的辅助选择奠定基础。以下为研究结果:（1）利用Illumina高通量测序平台对多浪羊多羔和单羔群体分别混池测序,在多羔群体中共找到13.8 M个SNP位点,单羔群体中共找到13.6 M个SNP位点,其中10.4M的SNPs为两池共有。采用Fst检验的显著窗口与滑动的窗口计算,杂合度显著窗口计算分析受选择区域,以及全基因组关联分析FDR校正P值筛选显著位点,结合ENSEMBLE数据库进行基因注释,David在线平台进行富集分析,总共得到6个基因与多浪羊繁殖性状相关,分别是NCOA1、INHBA、ING5、BMPR-IB、ARNT、KLHL1。（2）以NCOA1和INHBA基因为候选基因,采集168份多浪羊母羊血液,设计...
【文章来源】：石河子大学新疆维吾尔自治区 211工程院校
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
Illumina公司测序流程图
庑虿呗酝诰蚨嗬搜蚨嗵セ?蚣昂蜓』?蛴氩?崾?姆治?13图2 核受体结构示意图DBD：DNA结合结构域；LBD：配体结合结构域；NLS：核定位信号胎。Fig.2 Dlagram of nulear receptor comstructionDBD:DNA binding domaln;LBD:Ligand binding domaing;NLS:Nucleus Localization sequence.4.3 核受体辅调节因子辅调节因子可在核受体参与基因的转录时，增强或者抑制调节，这种相互作用是转录过程更为精确、复杂和特异。根据其作用的不同，分为辅激活因子与辅抑制因子。NCOA1（SRC-1）是一类可以与激素结合的类固醇受体相互作用的辅调节因子，与SRC-2（NCOA2）、SRC-3（NCOA3）同属p160蛋白超家族。这一类辅激活因子的中心互作部位由相同的模块构成：LXXLL（核受体盒）[64]。辅激活因子主要不同的辅激活因子都共同具有乙酰基转移酶活性 ，可以特定刺激乙酰化组蛋白并启动转录。除了乙酰基转移酶之外，在核受体辅激活因子中还含有TRAP/DRIP复合物、RNA辅激活因子SNA、基本转录原件TBP、TAF，ATP联染色重建复合物SWU/SWF、蛋白质甲基化酶CARM-1、泛素连接酶等[65]。核受体辅抑制因子在结构机制上都与辅激活因子原理相近，核受体通过CoRNR盒介导与辅抑制因子相互作用
图3 ER依赖性基因表达图解模型Fig.3 Graphical model of ER dependent gene expression究结果说明，在辅激活单倍介导配体的过程中，许多的辅激，但是对不同的辅激活蛋白需求不同，在转录过程中，会存和过剩的情况。以有两种不同的受体的表达，逆转了受体转录的相互干扰域是可移动的，可自由激活结构域，从而提高该基因的表在反式激活中起独立作用，大多数经验证的多为AF-2依赖辅激活蛋白NCOA家族的某些配子的AF-2在依赖性蛋白与蛋。AF-2根据配子结构不同而产生螺旋、折叠等不同的变化作用来影响转录。除此之外，为了使辅激活酶蛋白有效产生需要与其他在表面暴露的结构域相互作用。很多研究证明，其他辅激活蛋白受体之间可以互相作用，在激活受体的过剩和选择性激活[71]。动物的核受体中环磷酸腺苷3’，5’-磷酸)、转录激活因子(STAT-1)、信号转导等不同功能需要不同
【参考文献】：
期刊论文
[1]ING5在乳腺癌中的表达及意义[J]. 刘兆红,齐凤杰. 医学与哲学（B）. 2015(09)
[2]山羊产羔数全基因组关联分析[J]. 兰蓉,朱兰,姚新荣,王鹏,邵庆勇,洪琼花. 畜牧兽医学报. 2015(04)
[3]NCOA1基因多态性与豫南黑猪繁殖性能相关分析[J]. 任广志,郭吉利,郜军伟,范兴兴,李改英,李新建. 东北农业大学学报. 2013(09)
[4]全基因组关联分析在畜禽中的研究进展[J]. 王继英,王海霞,迟瑞宾,郭建凤,武英. 中国农业科学. 2013(04)
[5]巴美肉羊INHA和INHBA基因多态性与产羔数关系研究[J]. 索峰,刘永斌,特日格勒,祁云霞,何小龙,韩有胜,张莉,李虎山,荣威恒. 华北农学报. 2012(03)
[6]鸡核受体辅激活蛋白基因（NCOA1）SNPs分析及mRNA的表达[J]. 黎寿丰,赵振华,黄华云,李春苗,张静,薛龙岗. 农业生物技术学报. 2011(05)
[7]缺氧诱导因子及其抑制因子在不同妊娠阶段绒毛及胎盘组织中的表达及意义[J]. 栾南南,乔宠,栾奡,尚涛,王永来. 中国实用妇科与产科杂志. 2011(06)
[8]个体基因杂合度对山西白猪体重和体尺性状的影响[J]. 杨晓奋. 山西农业大学学报(自然科学版). 2011(03)
[9]NCOA1基因多态性与邵伯鸡母系产蛋性状的相关性分析[J]. 黎寿丰,赵振华,黄华云,张静,丁余荣. 云南农业大学学报(自然科学版). 2011(02)
[10]DNA测序技术的发展历史与最新进展[J]. 解增言,林俊华,谭军,舒坤贤. 生物技术通报. 2010(08)
博士论文
[1]牛和猪基因组选择信号研究[D]. 陈敏惠.中国农业大学 2016
[2]中国地方绵羊群体结构分析及基因组选择痕迹挖掘[D]. 王慧华.中国农业科学院 2015
[3]绵羊肉用性状全基因组关联分析[D]. 张莉.中国农业科学院 2013
硕士论文
[1]绵羊全基因组连锁不平衡分析和选择信号检测[D]. 王光凯.中国农业科学院 2014
[2]邵伯鸡母系（S2）ESR和NCOA1基因多态性与产蛋性能关联分析及其表达规律研究[D]. 武子寅.扬州大学 2013
[3]猪NCOA1基因和ADAMTS1基因多态性及其与繁殖性状相关性分析[D]. 郜军伟.河南农业大学 2012
[4]NCOA1基因与猪产仔性状的相关及序列分析[D]. 李永辉.湖南农业大学 2005
本文编号：3287271
【文章来源】：石河子大学新疆维吾尔自治区 211工程院校
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
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庑虿呗酝诰蚨嗬搜蚨嗵セ?蚣昂蜓』?蛴氩?崾?姆治?13图2 核受体结构示意图DBD：DNA结合结构域；LBD：配体结合结构域；NLS：核定位信号胎。Fig.2 Dlagram of nulear receptor comstructionDBD:DNA binding domaln;LBD:Ligand binding domaing;NLS:Nucleus Localization sequence.4.3 核受体辅调节因子辅调节因子可在核受体参与基因的转录时，增强或者抑制调节，这种相互作用是转录过程更为精确、复杂和特异。根据其作用的不同，分为辅激活因子与辅抑制因子。NCOA1（SRC-1）是一类可以与激素结合的类固醇受体相互作用的辅调节因子，与SRC-2（NCOA2）、SRC-3（NCOA3）同属p160蛋白超家族。这一类辅激活因子的中心互作部位由相同的模块构成：LXXLL（核受体盒）[64]。辅激活因子主要不同的辅激活因子都共同具有乙酰基转移酶活性 ，可以特定刺激乙酰化组蛋白并启动转录。除了乙酰基转移酶之外，在核受体辅激活因子中还含有TRAP/DRIP复合物、RNA辅激活因子SNA、基本转录原件TBP、TAF，ATP联染色重建复合物SWU/SWF、蛋白质甲基化酶CARM-1、泛素连接酶等[65]。核受体辅抑制因子在结构机制上都与辅激活因子原理相近，核受体通过CoRNR盒介导与辅抑制因子相互作用
图3 ER依赖性基因表达图解模型Fig.3 Graphical model of ER dependent gene expression究结果说明，在辅激活单倍介导配体的过程中，许多的辅激，但是对不同的辅激活蛋白需求不同，在转录过程中，会存和过剩的情况。以有两种不同的受体的表达，逆转了受体转录的相互干扰域是可移动的，可自由激活结构域，从而提高该基因的表在反式激活中起独立作用，大多数经验证的多为AF-2依赖辅激活蛋白NCOA家族的某些配子的AF-2在依赖性蛋白与蛋。AF-2根据配子结构不同而产生螺旋、折叠等不同的变化作用来影响转录。除此之外，为了使辅激活酶蛋白有效产生需要与其他在表面暴露的结构域相互作用。很多研究证明，其他辅激活蛋白受体之间可以互相作用，在激活受体的过剩和选择性激活[71]。动物的核受体中环磷酸腺苷3’，5’-磷酸)、转录激活因子(STAT-1)、信号转导等不同功能需要不同
【参考文献】：
期刊论文
[1]ING5在乳腺癌中的表达及意义[J]. 刘兆红,齐凤杰. 医学与哲学（B）. 2015(09)
[2]山羊产羔数全基因组关联分析[J]. 兰蓉,朱兰,姚新荣,王鹏,邵庆勇,洪琼花. 畜牧兽医学报. 2015(04)
[3]NCOA1基因多态性与豫南黑猪繁殖性能相关分析[J]. 任广志,郭吉利,郜军伟,范兴兴,李改英,李新建. 东北农业大学学报. 2013(09)
[4]全基因组关联分析在畜禽中的研究进展[J]. 王继英,王海霞,迟瑞宾,郭建凤,武英. 中国农业科学. 2013(04)
[5]巴美肉羊INHA和INHBA基因多态性与产羔数关系研究[J]. 索峰,刘永斌,特日格勒,祁云霞,何小龙,韩有胜,张莉,李虎山,荣威恒. 华北农学报. 2012(03)
[6]鸡核受体辅激活蛋白基因（NCOA1）SNPs分析及mRNA的表达[J]. 黎寿丰,赵振华,黄华云,李春苗,张静,薛龙岗. 农业生物技术学报. 2011(05)
[7]缺氧诱导因子及其抑制因子在不同妊娠阶段绒毛及胎盘组织中的表达及意义[J]. 栾南南,乔宠,栾奡,尚涛,王永来. 中国实用妇科与产科杂志. 2011(06)
[8]个体基因杂合度对山西白猪体重和体尺性状的影响[J]. 杨晓奋. 山西农业大学学报(自然科学版). 2011(03)
[9]NCOA1基因多态性与邵伯鸡母系产蛋性状的相关性分析[J]. 黎寿丰,赵振华,黄华云,张静,丁余荣. 云南农业大学学报(自然科学版). 2011(02)
[10]DNA测序技术的发展历史与最新进展[J]. 解增言,林俊华,谭军,舒坤贤. 生物技术通报. 2010(08)
博士论文
[1]牛和猪基因组选择信号研究[D]. 陈敏惠.中国农业大学 2016
[2]中国地方绵羊群体结构分析及基因组选择痕迹挖掘[D]. 王慧华.中国农业科学院 2015
[3]绵羊肉用性状全基因组关联分析[D]. 张莉.中国农业科学院 2013
硕士论文
[1]绵羊全基因组连锁不平衡分析和选择信号检测[D]. 王光凯.中国农业科学院 2014
[2]邵伯鸡母系（S2）ESR和NCOA1基因多态性与产蛋性能关联分析及其表达规律研究[D]. 武子寅.扬州大学 2013
[3]猪NCOA1基因和ADAMTS1基因多态性及其与繁殖性状相关性分析[D]. 郜军伟.河南农业大学 2012
[4]NCOA1基因与猪产仔性状的相关及序列分析[D]. 李永辉.湖南农业大学 2005
本文编号：3287271
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