酒精性脂肪性肝炎差异表达基因的生物信息学分析

发布时间：2021-07-20 07:40

　　目的利用生物信息学方法筛选酒精性脂肪性肝炎（ASH）肝组织与正常肝组织间的差异表达基因,为探索ASH的关键基因和分子机制提供理论依据。方法从基因芯片公共数据库下载ASH基因芯片数据集GSE28619和GSE103580,共包括ASH患者肝组织标本28例,正常肝组织标本7例。使用R软件对芯片数据进行整合并筛选出差异表达基因。采用在线DAVID分析软件对差异表达基因进行基因本体论（GO）富集分析,应用R软件中Clusterprofiler包对差异基因进行KEGG信号途径分析,利用STRING及Cytoscape软件进一步构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并利用Cytoscape软件中的CytoHubba插件,综合12种拓扑分析方法筛选出前3个核心基因。结果共筛选出28个差异表达基因,GO富集分析发现,差异表达基因参与了皮质醇反应、Wnt蛋白活性、细胞对细胞外刺激的反应、转录因子活性、转录激活因子活性及RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区序列特异性结合等功能。KEGG通路分析发现,差异表达基因富集在唯一一个通路——白细胞介素-17（IL-17）信号通路上。PPI分析得到3个核心基因,分别为... 

【文章来源】：国际检验医学杂志. 2020,41(15)

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

核心基因的相互作用网络

通过STRING在线数据库评估28个差异表达基因间相互作用关系，再应用Cytoscape构建蛋白互作网络分析图，见图1。利用Cytoscape中插件CytoHubba筛选出核心基因为FOS、CCL20及NR4A2，见图2。对PPI网络中的节点进一步进行GO富集分析发现，差异表达基因的功能最主要富集在信号转导上。图2 核心基因的相互作用网络

【参考文献】：
期刊论文
[1]C-fos基因在麻醉中的功能分析及相关调控网络的构建[J]. 蒋铭,杨现会,王军,周彪,颜朋朋.  南昌大学学报(医学版). 2019(01)
[2]白细胞介素17通过促进巨噬细胞M1型极化调控小鼠非酒精性脂肪性肝病组织炎症反应的机制[J]. 杨毅,韩晨阳,官俏兵,阮水良.  中华肝脏病杂志. 2018 (12)



本文编号：3292414