基于生物信息学筛选三阴性乳腺癌关键基因和通路

发布时间：2021-08-14 06:39

　　目的采用生物信息学分析,筛选与三阴性乳腺癌（triple-negative breast cancer, TNBC）发生发展相关的关键基因和通路。方法选取GEO （Gene Expression Omnibus）数据库中TNBC基因芯片数据集GSE76124及正常乳腺组织数据集GSE112825,应用R软件筛选差异表达基因。使用DAVID数据库对上述差异表达基因进行GO （Gene Ontology）功能分析及KEGG （Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome）通路分析。应用STRING在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络,并筛选TNBC的hub genes、枢纽模块和seed genes。结果分析芯片数据,筛选得到1091个差异表达基因,GO和KEGG分析结果显示,差异表达基因与芳香类物质生物合成、杂环生物合成等过程有关,并富集在cancer通路、PI3K/AKT通路上。通过构建PPI网络筛选得到了10个hub genes、2个枢纽模块和19个seed gene... 

【文章来源】：承德医学院学报. 2020,37(05)

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

正常乳腺组织基因芯片数据集GSE112825的质量控制

差异基因的可视化

在DAVID在线数据库对1091个差异表达基因进行GO功能分析和KEGG通路分析。GO分析结果显示：差异表达基因参与的BP包括芳香类物质生物合成(aromatic compound biosynthetic process)、杂环生物合成过程(heterocycle biosynthetic process)、氮化合物代谢调控(regulation of nitrogen compound metabolic process)等(图3A);CC主要为细胞外区域(extracellular region)、细胞外区域部分(extracellular region part)、胞浆(cytosol)等(图3B);MF主要包括受体结合(receptor binding)、糖胺聚糖结合(glycosaminoglycan binding)、趋化因子受体结合(chemokine receptor binding)等(图3C)。KEGG结果显示差异表达基因在cancer通路、PI3K/AKT通路中富集(图3D)。2.4 PPI构建及可视化

【参考文献】：
期刊论文
[1]2018全球癌症统计报告解读[J]. 王宁,刘硕,杨雷,张希,袁延楠,李慧超,季加孚.  肿瘤综合治疗电子杂志. 2019(01)
[2]Cell cycle regulation and anticancer drug discovery[J]. Jingwen Bai,Yaochen Li,Guojun Zhang.  Cancer Biology & Medicine. 2017(04)



本文编号：3341976