利用生物信息学分析构建肝癌的免疫基因预后风险模型

发布时间：2021-08-19 08:38

　　背景和目的:在全球范围内,肝癌已经成为最常见的恶性肿瘤之一。而中国的肝癌的发病人数居于世界肝癌患病人数的前列。通过以往的研究得知,与肝癌发生发展的因素很多,主要包括慢性肝炎病毒的感染、长期大量饮酒和食用了受到黄曲霉毒素污染的食物等。然而,我们中国主要以慢性乙型肝炎病毒感染为主。今年来,肿瘤的免疫广泛收到关注,并且,免疫治疗在多种癌症治疗中获得了不错的疗效。目前晚期肝癌的治疗手段有限,而肝脏作为一种特殊的免疫器官,因而,我们希望找到潜在的、有效的肝癌的免疫治疗模式。因此我们为了进一步深入的探索肝癌的免疫基因组,有助于发现与改善肝癌患者预后的免疫基因。而TCGA项目提供了大量HCC样本表达谱数据,结合与之匹配的临床信息,可以全面的进行HCC相关的免疫基因组学研究。方法:基于TCGA数据库,我们下载并且整合了具有完整临床信息的263名HCC患者的RNA数据和与之匹配的随访信息。通过limma包计算并确定了HCC差异表达的基因,结合在线免疫数据库IMMPORT筛选了与HCC的IRGs。随后进一步通过进行GO和KEGG功能富集分析,探索HCC的免疫相关基因的生物学功能。结合临床随访信息,通过单因... 

【文章来源】：青岛大学山东省

【文章页数】：49 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

差异表达的免疫相关基因和TF

青岛大学硕士论文102IRGs的GO功能富集分析和KEGG功能富集分析通过GO功能富集分析表明，生物过程，细胞成分和分子功能中最常见的生物学功能是“炎症途径”，“炎症反应调节”，“分泌颗粒”和“受体活性调节”（图2A和表格5）。对于京都基因与基因组百科全书（KEGG）途径，“细胞因子”与“细胞因子受体”的相互作用最常见的功能富集作用。（图2B和补表格6）图2差异表达的免疫相关基因的基因功能富集。（A）差异表达的免疫相关基因GO富集分析，X轴显示GO功能富集的显著性，Y轴显示不同GO功能富集通路。（B）差异表达的免疫相关基因KEGG富集分析，X轴显示KEGG功能富集的显著性，Y轴显示不同KEGG功能富集通路。

青岛大学硕士论文123确定与预后相关的免疫相关基因为了改善患者的预后，我们致力于发现与肝癌预后相关的潜在的生物分子标志物。通过仔细的筛查，我们最终确定了69个与肝癌预后显著相关的免疫相关基因（前十个如表格9）。我们对预后相关的免疫相关基因进行基因本体论（GO）功能富集分析，发现与前面的结果相似，这些与肝癌预后相关的免疫基因主要参与炎症反应的调节和体液免疫反应（图3A和表格7）。而细胞因子-细胞因子受体相互作用主要参与KEEG通路（图3B和表格8）。图3与预后相关的免疫相关基因的基因功能富集。（A）差异表达的免疫相关基因GO富集分析，X轴显示GO功能富集的显著性，Y轴显示不同GO功能富集通路。（B）差异表达的免疫相关基因KEGG富集分析，X轴显示KEGG功能富集的显著性，Y轴显示不同KEGG功能富集通路。

【参考文献】：
期刊论文
[1]Inhibition of allogeneic T-cell response by Kupffer cells expressing indoleamine 2,3-dioxygenase[J]. Mao-Lin Yan,Yao-Dong Wang,Yi-Feng Tian,Zhi-De Lai, Lv-Nan Yan,Department of Hepatobiliary Surgery,Fujian Provincial Hospital,Fuzhou 350001,Fujian Province,China.  World Journal of Gastroenterology. 2010(05)



本文编号：3351083