基于转录组测序的粘虫和柞蚕重要生理功能基因的鉴定

发布时间：2021-08-28 20:20

　　高通量测序技术的出现为从整体水平上了解一个物种或特殊组织器官的基因转录情况成为可能,并且目前已经成为研究缺乏基因组信息物种mRNA的主流技术;同时,也为这些物种的功能基因的快速鉴定提供了一条途径。本论文完成了粘虫（Mythimna separate）成虫头部的de novo转录组测序,揭示了粘虫成虫头部的基因表达情况,鉴定了粘虫的生物钟基因、黑色素合成途径相关基因、嗅觉相关的非受体蛋白基因家族。同时,基于转录组测序数据,鉴定了参与柞蚕（Antheraea pernyi）蜕皮激素合成途径的相关基因。粘虫是一种分布广泛、迁飞能力强的重要农业害虫。然而,关于粘虫迁飞的生理上和行为上应激反应的分子调控机制的知识仍所知甚少。本论文进行了粘虫成虫头部的转录组测序。测序共产生了63499个转录本,进一步组装成了46459个unigene（N50为1153 bp）,其中有22334个在数据库中具有注释信息。我们发现,在成虫头部的转录组数据中,参与信号转导机制的基因最为丰富,总计有937个信号转导相关基因被注释到22个信号通路中。基于获得的转录组数据,我们鉴定了粘虫的生物钟相关基因、黑色素合成途径相关基... 

【文章来源】：沈阳农业大学辽宁省

【文章页数】：99 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

粘虫及其对玉米、小麦的破坏Fig.1-1Mythimnaseparataanditsdamagetocropsandmaizecorning

有 4 次大范围的迁飞活动。迁飞与生殖行为的调控机制也有了一定的进展，包括明的神经肽（AT 和 AST）和保幼激素酯酶（JHE）以及体（Vg 和 VgR）、性信息素合成激活肽及其受体（PBA的发生与调控中起重要作用（张蕾 2006；江幸福和罗我们对粘虫迁飞的生理调节和行为反应的调控机制方面粘虫成虫的头部为材料进行了转录组测序分析，并鉴定应的重要生理功能基因，为进一步的功能研究提供基因raea pernyi）属鳞翅目大蚕蛾科，以蛹滞育，这也是柞的以胚胎滞育的典型特征之一。特色昆虫，茧（蛹）的年产量近 8 万吨，占世界产量的柞蚕还被用作昆虫食品（幼虫、蛹、蛾）。

沈阳农业大学硕士学位论文ene 的功能注释虫头部转录组的功能注释中，我们利用 Blastx 工具在 NCBI 中对 46,459列进行了检索，其中 E 值设置为 10-5。使用这种方法，在 Nr 数据库的总共有 19,973 条 unigene 序列有功能注释（在所有序列中占 42.99%），t 数据库中有 12,703 条（27.34%）有匹配，在 Pfam 数据库中具有 13,46体上，至少有 22,334（48.07%）条 unigene 在至少一个数据库中具有功能 Nr 数据库后，我们发现家蚕是具有最高的匹配率（46.3%）的物种，黑二（30.0%）（图 2-2）。

【参考文献】：
期刊论文
[1]生物钟:基因和环境决定的行为——2017年诺贝尔生理学或医学奖简介[J]. 俞强.  自然杂志. 2017(06)
[2]光周期和温度对生物钟基因cwo在棉铃虫幼虫节律表达的影响[J]. 刘孝明,张松斗,马木提·赛丽蔓,邹驰,李贞,张青文,刘小侠.  应用昆虫学报. 2016(05)
[3]昆虫钟基因研究进展[J]. 任爽,魏慧敏,郝友进,陈斌.  昆虫学报. 2016(03)
[4]家蚕昼夜节律生物钟基因的生物信息学分析[J]. 王文栋,束梅影,张达艳,徐世清.  四川动物. 2016(02)
[5]粘虫转录组中SSR位点的信息分析[J]. 胡艳华,李敏,张虎芳,李生才,王青,赵惠玲.  山西农业大学学报(自然科学版). 2015(05)
[6]高通量转录组测序技术及其在鳞翅目昆虫上的应用[J]. 杨帆,黄立华,张爱兵.  昆虫学报. 2014(08)
[7]我国粘虫研究现状及发展趋势[J]. 江幸福,张蕾,程云霞,罗礼智.  应用昆虫学报. 2014(04)
[8]基于新一代测序技术的昆虫转录组学研究进展[J]. 张棋麟,袁明龙.  昆虫学报. 2013(12)
[9]温度与光照节律对家蚕成虫生物钟基因Cry1和Cry2表达的影响[J]. 张达燕,梁辉,司马杨虎,徐世清.  蚕业科学. 2013(03)
[10]2012年黏虫暴发特点分析与监测预警建议[J]. 曾娟,姜玉英,刘杰.  植物保护. 2013(02)

博士论文
[1]粘虫迁飞型转为居留型的关键时期和调控基础[D]. 张蕾.中国农业科学院 2006

硕士论文
[1]柞蚕与家蚕前胸腺的比较转录组分析[D]. 郑茜茜.沈阳农业大学 2017



本文编号：3369180