MDM2基因rs937283位点与癌症发病风险的关联研究
发布时间：2021-08-30 22:29
背景:鼠双微粒体基因（murine double mimute2,MDM2）在人体肿瘤的发生和发展中起重大作用。MDM2蛋白是MDM2基因的产物,该产物是P53重要的负性调节因子,MDM2-P53通路是调节细胞周期稳定、保持基因组稳定以及细胞凋亡的重要机制,MDM2基因过表达会使P53的活性丧失,大多数人患癌均是由于P53的缺失。P53通过预防或修复潜在的致癌损伤或消除已经开始致癌进展的细胞来抑制肿瘤的发生,P53调控转录的能力在肿瘤的形成中起着重要作用。从进化的角度来看,人体内的P53水平是否能够保持平衡与其肿瘤抑制能力具有很大的关系,而P53的蛋白水平能够通过介导E3泛素连接酶MDM2蛋白来调控,MDM2基因通过P53途径来调节人体内的P53水平或非P53依赖途径等多种方式调节细胞的异常增殖和凋亡。因此,MDM2基因是癌症发生的一个重要的候选基因,先前的研究发现其启动子区rs937283位点是一个能调控MDM2基因表达水平的单核苷酸多态性位点（single nucleotide polymorphism,SNP）,与个体对癌症的易感性有关。鉴于此,本研究探索了MDM2基因启动子区r...
【文章来源】：武汉理工大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：66 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
基因组DNA琼脂糖凝胶电泳图
20表2-3MDM2基因rs937283位点引物序列设计引物引物序列（5’-3’）退火温度产物长度酶，酶切温度酶切片段长度正义链5’-GCGACCCCTCTGACCGA-3’60℃175bpAvaⅡ37℃A等位基因:175bp反义链5’-CCTCAAGACTCCCCAGTTTC-3’G等位基因：107bp+68bp2.4.3PCR产物的琼脂糖凝胶电泳结果图2-2PCR产物的琼脂糖凝胶电泳图我们对设计出来的MDM2基因rs937283位点的引物进行了PCR扩增，并对产物进行琼脂糖凝胶电泳实验，根据电泳结果，我们可以看到，引物的条带单一并且明亮没有杂带，我们设计的产物实际长度是175bp，在凝胶电泳图中显示接近200bp，实验结果验证了引物设计的正确性。2.4.4PCR产物酶切分型我们采用PCR-RFLP分型技术进行了酶切分型，对扩增成功的产物进行了酶切实验，按着要求将酶切体系配置完成后加入到PCR产物中，然后放在水浴锅中进行孵育，隔日进行跑胶获取分型数据。
21图2-3PCR产物酶切分型根据PCR酶切片段长度：A等位基因长度在175bp，G等位基因长度在107bp和68bp，所以琼脂糖凝胶电泳图中的AA基因型有一条明亮的带，条带的长度为175bp；基因型AG有三条电泳条带，条带的长度分别为68bp、107bp、175bp；基因型GG有两条电泳条带，条带的长度分别为68bp和107bp，从而可以根据产物酶切分型图读出三种基因型GG、AG、AA，然后对酶切分型结果进行整理，统计出三种基因型的数量，为后续的生物统计学分析做出工作。2.4.5分型基因的生物学分析统计方法根据琼脂糖凝胶电泳对应的酶切片段长度读出基因型，统计出正常组和癌症组的基因型（GG、AG、AA）数量，然后计算出两组对应的等位基因数量，将基因型和等位基因的数量汇总整理成数据表。建立六种基因模型（Gvs.A;GGvs.AA;AGvs.AA;GGvs.AG;GG+AGvs.AA;GGvs.AG+AA），用生物分析软件STATA14.0进行逻辑回归分析，根据逻辑回归分析中的突变位点致病风险（oddratio,OR）值、95%置信区间（Confidenceinterval,CI）和显著性差异的P值判断MDM2基因rs937283位点与癌症是否显著相关，若OR值大于等于1，则该位点具有致病风险，说明该位点会增加癌症的发病风险；若OR值小于1，则没有致病风险。逻辑回归分析的P值若小于0.05，说明正常对照组与癌症组具有极显著差异，具有生物学统计意义；若P值大于0.05，说明两组之间没有极显著差异。若异质性检验中的P值小于0.1，使用随机效应模型计算组合OR值；若P值大于等于0.1，使用固定效应分析模型。
本文编号：3373619
【文章来源】：武汉理工大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：66 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
基因组DNA琼脂糖凝胶电泳图
20表2-3MDM2基因rs937283位点引物序列设计引物引物序列（5’-3’）退火温度产物长度酶，酶切温度酶切片段长度正义链5’-GCGACCCCTCTGACCGA-3’60℃175bpAvaⅡ37℃A等位基因:175bp反义链5’-CCTCAAGACTCCCCAGTTTC-3’G等位基因：107bp+68bp2.4.3PCR产物的琼脂糖凝胶电泳结果图2-2PCR产物的琼脂糖凝胶电泳图我们对设计出来的MDM2基因rs937283位点的引物进行了PCR扩增，并对产物进行琼脂糖凝胶电泳实验，根据电泳结果，我们可以看到，引物的条带单一并且明亮没有杂带，我们设计的产物实际长度是175bp，在凝胶电泳图中显示接近200bp，实验结果验证了引物设计的正确性。2.4.4PCR产物酶切分型我们采用PCR-RFLP分型技术进行了酶切分型，对扩增成功的产物进行了酶切实验，按着要求将酶切体系配置完成后加入到PCR产物中，然后放在水浴锅中进行孵育，隔日进行跑胶获取分型数据。
21图2-3PCR产物酶切分型根据PCR酶切片段长度：A等位基因长度在175bp，G等位基因长度在107bp和68bp，所以琼脂糖凝胶电泳图中的AA基因型有一条明亮的带，条带的长度为175bp；基因型AG有三条电泳条带，条带的长度分别为68bp、107bp、175bp；基因型GG有两条电泳条带，条带的长度分别为68bp和107bp，从而可以根据产物酶切分型图读出三种基因型GG、AG、AA，然后对酶切分型结果进行整理，统计出三种基因型的数量，为后续的生物统计学分析做出工作。2.4.5分型基因的生物学分析统计方法根据琼脂糖凝胶电泳对应的酶切片段长度读出基因型，统计出正常组和癌症组的基因型（GG、AG、AA）数量，然后计算出两组对应的等位基因数量，将基因型和等位基因的数量汇总整理成数据表。建立六种基因模型（Gvs.A;GGvs.AA;AGvs.AA;GGvs.AG;GG+AGvs.AA;GGvs.AG+AA），用生物分析软件STATA14.0进行逻辑回归分析，根据逻辑回归分析中的突变位点致病风险（oddratio,OR）值、95%置信区间（Confidenceinterval,CI）和显著性差异的P值判断MDM2基因rs937283位点与癌症是否显著相关，若OR值大于等于1，则该位点具有致病风险，说明该位点会增加癌症的发病风险；若OR值小于1，则没有致病风险。逻辑回归分析的P值若小于0.05，说明正常对照组与癌症组具有极显著差异，具有生物学统计意义；若P值大于0.05，说明两组之间没有极显著差异。若异质性检验中的P值小于0.1，使用随机效应模型计算组合OR值；若P值大于等于0.1，使用固定效应分析模型。
本文编号：3373619
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