紫花苜蓿Ⅲ型几丁质酶基因同源克隆与序列变异分析

发布时间：2021-09-07 12:31

　　型几丁质酶（chitinaseⅢ, ChiⅢ）是植物重要的防卫蛋白之一,可阻止病原菌的侵入和发展,抑制特定病害的发生,在植物抵抗病原菌的过程中具有重要作用。为了分离苜蓿ChiⅢ基因的基因组序列,进而分析其序列变异情况,本研究采用同源克隆法,从16个紫花苜蓿（Medicago sativa）品种的集群DNA中分离了9个属于a类的ChiⅢ基因（ChiⅢa）的部分基因组编码序列,分别与蒺藜苜蓿（Medicago truncatula）的9个ChiⅢa基因相对应,将其命名为chit3-1-1、chit3-1-2、chit3-1-4、chit3-1-5、chit3-1-6、chit3-1-9、chit3-1-10、chit3-1-11和chit3-1-12。序列变异分析显示:chit3-1-1、chit3-1-2、chit3-1-5、chit3-1-9、chit3-1-10、chit3-1-11和chit3-1-12这7个基因的单核苷酸多态性（SNP）位点间的平均距离分别为28 bp、27 bp、648 bp、55 bp、64 bp、130 bp和131 bp,差异较大。表明chit3-1-5序... 

【文章来源】：分子植物育种. 2020,18(15)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

简并引物对31F3/R52和32F1/32R4在苜蓿集群DNA中的扩增

由于苜蓿为自交不亲和的同源四倍体植物，因此同一品种内的不同单株在基因型上是异质的(桂枝等,2015)。对本研究中的ChiⅢa基因来说，由16个苜蓿品种混合后所得到的集群DNA就相当于是将ChiⅢa基因的不同等位基因相互混合，而其中每个等位基因所占的比率就相当于该等位基因出现的频率(桂枝等,2015)。因此，本研究中克隆测序的结果可用于分析其序列多态性。由于在9个新发现的苜蓿ChiⅢa基因中，chit3-1-1、chit3-1-2、chit3-1-5、chit3-1-9、chit3-1-10、chit3-1-11、chit3-1-12这7个基因有较多的转化子已被测序，因此可以对它们进行序列多态性分析。分析结果显示，chit3-1-1和chit3-1-2具有最多的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)候选位点和最小的SNP平均距离，chit3-1-9和chit3-1-10次之，chit3-1-11和chit3-1-12紧随其后，而chit3-1-5具有最少的SNP候选位点和最大的SNP平均距离(表1)。其中，chit3-1-5的SNP位点间平均距离为648 bp，表明其序列非常保守，其在进化中受到了强烈的选择压力，可能在功能上极其重要。chit3-1-11和chit3-1-12也具有较大的SNP位点间平均距离分别为130 bp和131 bp，表明其在进化中也受到了强烈的选择压力，可能在功能上比较重要。而chit3-1-1和chit3-1-2的SNP位点间平均距离分别为38 bp和27 bp，表明其受到了较小的选择压力，在进化上比较年轻，其功能可能相对不重要。

【参考文献】：
期刊论文
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硕士论文
[1]黄瓜—霜霉菌互作前期几种基因的表达分析[D]. 毛双双.西北农林科技大学 2014



本文编号：3389554