基于线粒体序列和单拷贝核基因序列的细叶石斛亲缘地理学研究
发布时间：2021-09-22 05:26
细叶石斛（Dendrobium hancokiiRolfe）隶属于兰科（Orchidaceae）石斛属（Dendrobium）,是中国特有的珍稀物种,具有很高的药用和观赏价值。细叶石斛的形态特征具有明显的差异,特别是叶型,表现出大叶型和小叶型两种。近年来,因人们的乱采乱挖和生境的毁坏,细叶石斛的野生资源受到严重的破坏。因此开展细叶石斛的亲缘地理学研究不仅为石斛属物种的进化研究提供理论基础,而且可以对细叶石斛资源的利用和保护学研究提供科学依据。本研究,自2015年到2017年收集了代表细叶石斛自然分布的32个野生居群,分别来自中国中部-西北部区域（21个小叶型居群:分别来自重庆、湖北、湖南、河南、陕西、甘肃和四川等省）和中国西南部区域（11个大叶型居群:分别来自广西、贵州和云南省）。然后筛选出具有多态性的两条线粒体片段和一条单拷贝核基因片段分析细叶石斛的进化过程、动态历史、时空分布和系统发育关系。基于线粒体序列和单拷贝核基因序列的细叶石斛亲缘地理学研究结果如下:筛选了两条线粒体基因片段（ccb256和rpl5）和一条单拷贝核基因片段（LEAFY intron1）分别对细叶石斛32个野生居...
【文章来源】：南京师范大学江苏省 211工程院校
【文章页数】：70 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２．１细叶石斛居群的地理分布??Ｆｉｇ?２．１?Ｇｅｏｇｒａｐｈｉｃ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?３２?ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ?ｏｆ?Ｄ．?ｈａｎｃｏｃｋｉｉ??
缺失位点１３个，共定义３０种单倍型。单倍型序列多态性位点见表２．３。所有的??序列都以单倍型Ｈ１作为参照。细叶石斛居群ｍｔＤＮＡ的３０种单倍型的地理分布??见表２．４和图２．２。重庆黔江（ＱＪ）和云南石屏（ＳＰ）这两个居群的单倍型分布??最多，都有４种单倍型。小叶型的细叶石斛（Ｇｒｏｕｐｌ）主要分布于中国的中部（重??庆、湖南、湖北、河南）和西北部（陕西、甘肃、四川），共有］８种单倍型。??大叶型的细叶石斛（ＧｒｏｕＰ２）主要分布于贵州、广西和云南三省，有１２种??１７??
Ｆｉｇ?２．３?Ｎｅｔｗｏｒｋ?ｏｆ?Ｄ．?ｈａｎｃｏｃｋｉｉ?ｂａｓｅｄ?ｏｎ?３０?ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ??以澳洲石斛、竹枝石斛和密花石斛为外类群，用ＭＥＧＡ?５．０构建ＭＬ系统发??生树（图２．４ａ）。从ＭＬ树可以看出，外类群澳洲石斛、竹枝石斛和密花石斛被??严格分开，各节点的后验概率都超过了?５０％，各单倍型呈现单系或者并系的关系。??细叶石斛的３０种ｍｔＤＮＡ单倍型，分成了两大组，分别对应着小叶型的细叶石??斛和大叶型的细叶石斛。Ｈ８－ＨＩ８聚在－起，位于树的顶端，对应单倍型网络??阁中的Ｃｌａｄｅ?Ｂ；?Ｈ１９－Ｈ２４聚在一起，对应单倍型Ｍ络阁中的Ｃｌａｄｅ?Ｄ。ＭＬ系统??发育树的聚类情况与ｍｔＤＮＡ单倍型的Ｎｅｔｗｏｒｋ网络阁的分布情况大体是一致??的。??以澳洲石斛、竹枝石斛和密花石解为外类群，用Ｍｒｂａｙｅｓ法构建Ｂａｙｅｓｉａｎ??系统树（图２．４ｂ）。从Ｂａｙｅｓｉａｎ严格一致树可以看出，外类群澳洲石斛、竹枝??石斛和密花石斛被严格地分开。细叶石斛的３０种ｍｔＤＮＡ单倍型明显地分成了??两人组，分别对应着小叶型的细叶石斛和大叶型的细叶石斛，支持率为９５％。大??叶型的细叶石斛又明显地分成了两个分支
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于PCR的冬虫夏草检测方法研究[J]. 梁恒兴,王巍,段庆梓,张彪,尚柯,张玉. 中药材. 2018(03)
[2]基于ITS序列的银柴胡种质资源遗传多样性研究[J]. 孟祥善,代晓华,刘萍,米美多. 中药材. 2018(01)
[3]基于ITS序列对野生大型真菌进行分子鉴定及系统地位研究[J]. 李秋玲,吴智艳,乔洁,黄岩,侯晓强. 廊坊师范学院学报(自然科学版). 2017(04)
[4]细叶石斛离体快速繁殖研究[J]. 刘清,包英华,毛怡霏,黎幸欣,白音. 韶关学院学报. 2017(03)
[5]分子钟假说的基本原理及在古生物等学科中的应用[J]. 刘晓枫,张爱兵. 古生物学报. 2016(03)
[6]应用单拷贝核基因标记研究我国欧洲山杨自然居群的遗传多样性[J]. 杜淑辉,王兆山,保尔江·阿布都哈米提,邢世岩,张建国. 林业科学研究. 2016(01)
[7]新型联合片段:nrDNA ITS+nad 1-intron 2在枫斗类石斛鉴定中的意义[J]. 耿丽霞,郑瑞,任洁,牛志韬,孙宇龙,薛庆云,刘薇,丁小余. 药学学报. 2015(08)
[8]4种石斛属植物花朵挥发性成分分析[J]. 李崇晖,黄明忠,黄少华,尹俊梅. 热带亚热带植物学报. 2015(04)
[9]石斛属植物光合碳同化途径地理分异研究进展[J]. 任建武,白伟岚. 生物技术进展. 2015(01)
[10]珍稀细茎石斛LEAFY同源基因的克隆及在石斛药材鉴定中的意义[J]. 邢文瑞,侯北伟,管婧姣,罗晶,丁小余. 药学学报. 2013(04)
本文编号：3403220
【文章来源】：南京师范大学江苏省 211工程院校
【文章页数】：70 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２．１细叶石斛居群的地理分布??Ｆｉｇ?２．１?Ｇｅｏｇｒａｐｈｉｃ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?３２?ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ?ｏｆ?Ｄ．?ｈａｎｃｏｃｋｉｉ??
缺失位点１３个，共定义３０种单倍型。单倍型序列多态性位点见表２．３。所有的??序列都以单倍型Ｈ１作为参照。细叶石斛居群ｍｔＤＮＡ的３０种单倍型的地理分布??见表２．４和图２．２。重庆黔江（ＱＪ）和云南石屏（ＳＰ）这两个居群的单倍型分布??最多，都有４种单倍型。小叶型的细叶石斛（Ｇｒｏｕｐｌ）主要分布于中国的中部（重??庆、湖南、湖北、河南）和西北部（陕西、甘肃、四川），共有］８种单倍型。??大叶型的细叶石斛（ＧｒｏｕＰ２）主要分布于贵州、广西和云南三省，有１２种??１７??
Ｆｉｇ?２．３?Ｎｅｔｗｏｒｋ?ｏｆ?Ｄ．?ｈａｎｃｏｃｋｉｉ?ｂａｓｅｄ?ｏｎ?３０?ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ??以澳洲石斛、竹枝石斛和密花石斛为外类群，用ＭＥＧＡ?５．０构建ＭＬ系统发??生树（图２．４ａ）。从ＭＬ树可以看出，外类群澳洲石斛、竹枝石斛和密花石斛被??严格分开，各节点的后验概率都超过了?５０％，各单倍型呈现单系或者并系的关系。??细叶石斛的３０种ｍｔＤＮＡ单倍型，分成了两大组，分别对应着小叶型的细叶石??斛和大叶型的细叶石斛。Ｈ８－ＨＩ８聚在－起，位于树的顶端，对应单倍型网络??阁中的Ｃｌａｄｅ?Ｂ；?Ｈ１９－Ｈ２４聚在一起，对应单倍型Ｍ络阁中的Ｃｌａｄｅ?Ｄ。ＭＬ系统??发育树的聚类情况与ｍｔＤＮＡ单倍型的Ｎｅｔｗｏｒｋ网络阁的分布情况大体是一致??的。??以澳洲石斛、竹枝石斛和密花石解为外类群，用Ｍｒｂａｙｅｓ法构建Ｂａｙｅｓｉａｎ??系统树（图２．４ｂ）。从Ｂａｙｅｓｉａｎ严格一致树可以看出，外类群澳洲石斛、竹枝??石斛和密花石斛被严格地分开。细叶石斛的３０种ｍｔＤＮＡ单倍型明显地分成了??两人组，分别对应着小叶型的细叶石斛和大叶型的细叶石斛，支持率为９５％。大??叶型的细叶石斛又明显地分成了两个分支
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于PCR的冬虫夏草检测方法研究[J]. 梁恒兴,王巍,段庆梓,张彪,尚柯,张玉. 中药材. 2018(03)
[2]基于ITS序列的银柴胡种质资源遗传多样性研究[J]. 孟祥善,代晓华,刘萍,米美多. 中药材. 2018(01)
[3]基于ITS序列对野生大型真菌进行分子鉴定及系统地位研究[J]. 李秋玲,吴智艳,乔洁,黄岩,侯晓强. 廊坊师范学院学报(自然科学版). 2017(04)
[4]细叶石斛离体快速繁殖研究[J]. 刘清,包英华,毛怡霏,黎幸欣,白音. 韶关学院学报. 2017(03)
[5]分子钟假说的基本原理及在古生物等学科中的应用[J]. 刘晓枫,张爱兵. 古生物学报. 2016(03)
[6]应用单拷贝核基因标记研究我国欧洲山杨自然居群的遗传多样性[J]. 杜淑辉,王兆山,保尔江·阿布都哈米提,邢世岩,张建国. 林业科学研究. 2016(01)
[7]新型联合片段:nrDNA ITS+nad 1-intron 2在枫斗类石斛鉴定中的意义[J]. 耿丽霞,郑瑞,任洁,牛志韬,孙宇龙,薛庆云,刘薇,丁小余. 药学学报. 2015(08)
[8]4种石斛属植物花朵挥发性成分分析[J]. 李崇晖,黄明忠,黄少华,尹俊梅. 热带亚热带植物学报. 2015(04)
[9]石斛属植物光合碳同化途径地理分异研究进展[J]. 任建武,白伟岚. 生物技术进展. 2015(01)
[10]珍稀细茎石斛LEAFY同源基因的克隆及在石斛药材鉴定中的意义[J]. 邢文瑞,侯北伟,管婧姣,罗晶,丁小余. 药学学报. 2013(04)
本文编号：3403220
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