云南地区HCV基因型流行特征及耐药突变基因检测方法的初步建立

发布时间：2021-09-28 08:57

　　丙型肝炎是由丙型肝炎病毒（HCV）引起的一种主要经血液传播的疾病,丙型肝炎病毒呈全球性流行,据统计,全球约有1.85亿人为HCV感染者。我国属HCV高感染区,丙型肝炎报告数在病毒性肝炎中也呈上升趋势。HCV的基因型分布复杂,呈明显的地域差异性。目前HCV已发现8种基因型80多种亚型,我国以1b、2a型最常见。目前,针对HCV的直接抗病毒药物（DAA）已经应用于临床,该药具有强效抑制病毒复制,快速降低HCV病毒载量,提高了丙型肝炎治疗的持续病毒应答（SVR）。然而,随着DAA药物的广泛使用,加上HCV病毒复制时的高错配率和RNA聚合酶低保真性等特性致使HCV在DAA药物的压力下产生了耐药基因的突变,进而影响了丙肝治疗效果。HCV相关耐药基因突变又与HCV不同基因型和亚型直接相关。因此,阐明HCV基因型和亚型的分布以及耐药突变基因特征对丙肝的临床治疗具有重要的指导意义。此外,针对HCV DAA耐药突变的检测目前主要通过一代测序（Sanger）的方法,该方法具有灵敏度低、信息量小等不足也制约了HCV耐药位点的监测。基于此,本论文研究了云南地区HCV基因型和亚型流行特征,建立了基于新一代测序技... 

【文章来源】：昆明理工大学云南省

【文章页数】：115 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

丙型肝炎病毒的结构和功能

昆明理工大学硕士学位论文 如下图所示（基因型和亚型由不同颜色表示：1a-红色，1b-蓝色，2a / b / c-绿色，3a-紫色，4a / d-黄色，5-浅蓝色，6-棕色。在 DAA 失败患者体内检测到的氨基酸取代标有下划线，与体外数据信息无关）。

昆明理工大学硕士学位论文14从而深入挖掘测序数据的生物学意义。本测序方法更简单，系统无光学系统，无照相系统，使用无标记的核苷酸及酶进行测序，本底干扰低，通过对H+的检测，可以改善碱基判读准确性；更快速，标准测序时间仅为2~3h，24h之内可完成6~8轮实验，测序通量达到Sanger测序方法的数千倍以上；更灵活，通量为10M，100M和1G测序芯片可以任意选择。IonTorrentPGM测序平台的主要测序流程包括：模板的制备、文库的构建、油包水PCR及模板富集、半导体芯片测序及测序结果的分析，具体流程如下图。图1.3IonTorrent测序流程图Fig1.3OverviewofIonTorrentsequencingtechnology1.8研究的目的和意义丙型肝炎病毒是慢性肝病，严重可发展为肝硬化和肝细胞癌。全世界约1.8亿人感染了丙型肝炎。根据HCV核酸序列的异质性，HCV可分为8个基因型和80多个基因亚型。不同的地区HCV基因型的分布情况不同。中国丙型肝炎流行的突出特点是普遍区域低流行，部分地区流行率较高，呈散点状不均匀分布。HCV在中国分布的基因型主要为G1、G2、G3、G6，其中以G1b亚型为主，G2a、G3a、G3b、G6a亚型次之。云南省地理位置特殊，人口流动复杂，是东南亚地区重要的贩毒通道，这就为HCV的流行创造了条件。但是，云南和昆明地区HCV基因型流行情况的研究却少有报道，基于此，为了研究云南和昆明地区HCV的

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3411612