两种尼罗罗非鱼GHR、IGF-Ⅰ基因启动子区及编码区多态性与生长性状的相关性分析
发布时间：2021-10-13 00:54
GH-IGF信号通路对鱼类的生长起到重要的调控作用。为探寻生长激素受体（growth hormone receptor, GHR）和类胰岛素生长因子Ⅰ（insulin-like growth factor-Ⅰ, IGF-Ⅰ）基因的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）分子标记与尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）优势生长性状的相关性,本研究利用Sanger测序技术从吉富品系（JF）和埃及品系（AJ）两种尼罗罗非鱼GHR1、GHR2和IGF-I基因启动子区和编码区共筛选出32个SNPs位点。以是否引起序列功能改变为条件进行SNPs的二次筛选,在JF群体中共保留9个SNPs位点,分布于GHR1基因（7个）和GHR2基因（2个）中;在AJ群体中共保留5个SNPs位点,分布于GHR1基因（4个）和GHR2基因（1个）中。通过一般线性模型（general linear model,GLM）及最小二乘分析（least-significant difference, LSD）对两种罗非鱼的子代群体进行SNPs与生长性状的相关性...
【文章来源】：农业生物技术学报. 2020,28(11)北大核心CSCD
【文章页数】：16 页
【部分图文】：
吉富罗非鱼3个生长相关因子序列结构及SNPs位点
由于GHR1和GHR2基因在部分群体中存在的SNPs位点数大于2个，因此可通过Haplo View 4.2软件对2个群体罗非鱼GHR1和GHR2基因SNPs位点进行连锁不平衡分析，分析结果见图3。跟据Wang等(2002)的四配子检验法，在JF群体GHR1基因的7个SNPs中确定了1个单倍块，由全部7个SNPs位点构成，其中N3、N4、N7、N8和N9彼此之间连锁性较高，N3与N7、N4与N8和N9、N11与N13三组位点之间完全连锁(r2=1,D=1),N3、N4、N7、N8、N9位点均可作为单倍块1的标签SNPs；在AJ群体GHR1基因中4个位点共同组成1个单倍块，其中N"4、N"5和N"7三个位点之间连锁性较高，且N"5与N"7之间完全连锁(r2=1,D=1),N"5和N"7均可作为该单倍块的标签SNPs;JF群体GHR2基因的2个位点未构成单倍块，且位点之间的连锁性较低。2.6 生长因子SNPs位点与生长性状的关联分析
在JF群体中保留了9个位点。其中，GHR1基因保留了7个位点，N3及N4会引起编码氨基酸由缬氨酸(Val)改变为异亮氨酸(Ile),N7会引起编码氨基酸由亮氨酸(Leu)改变为谷氨酰胺(Gln),N8会引起编码氨基酸由缬氨酸(Val)改变为甘氨酸(Gly),N9会引起编码氨基酸由苏氨酸(Thr)改变为赖氨酸(Lys),N11会引起编码氨基酸由苏氨酸(Thr)改变为丝氨酸(Ser),N13会引起编码氨基酸由甲硫氨酸(Met)改变为苏氨酸(Thr)；在GHR2基因中保留了2个位点，N17和N18共同引起基因启动子区减少了1个钙反应因子(calcium-responsive factor,Ca RF)的转录因子结合位点。在AJ群体中保留了5个位点。其中，GHR1基因保留了4个位点，N"2使转录因子结合位点由Vir D2结合蛋白(Vir D2-binding-protein,VBP)改变为单略因子2 (odd-skipped related 2,OSR2),N"4会引起编码氨基酸由丝氨酸(Ser)改变为丙氨酸(Ala),N"5会引起编码氨基酸由苏氨酸(Thr)改变为丝氨酸(Ser),N"7会引起编码氨基酸由甲硫氨酸(Met)改变为苏氨酸(Thr)；在GHR2基因中仅保留1个位点，N"10位点引起基因启动子区增加了1个热休克因子2 (heat shock factors 2,HSF2)的转录因子结合位点；在IGF-Ⅰ基因中并未发现引起了序列功能改变的SNPs位点，无位点被保留。
【参考文献】：
期刊论文
[1]两种弧菌感染大黄鱼免疫相关基因的SNP位点分析[J]. 孙明洁,张娜,徐善良,鲍宝龙,龚小玲. 上海海洋大学学报. 2019(05)
[2]大口黑鲈IGFBP1基因SNPs的筛选及与生长性状的关联分析[J]. 李锐,李胜杰,白俊杰,姜鹏. 基因组学与应用生物学. 2019(08)
[3]正反交奥尼罗非鱼形态性状差异及对体质量的影响[J]. 陈炳霖,肖炜,邹芝英,祝璟琳,李大宇,喻杰,杨弘,胡平各,马银花. 渔业科学进展. 2020(03)
[4]尼罗罗非鱼β2m基因SNP位点和单倍型与无乳链球菌抗性的关联分析[J]. 张栋,高风英,卢迈新,曹建萌,刘志刚,可小丽,王淼. 水生生物学报. 2018(05)
[5]中华绒螯蟹MSTN基因SNPs多态性及与生长性状的关联分析[J]. 陈义培,吴廉,陈晓雯,岳武成,黄姝,王军,王成辉. 水生生物学报. 2018(02)
[6]大口黑鲈载脂蛋白基因序列单核苷酸多态性及与生长性状相关分析[J]. 李胜杰,景燕娟,白俊杰,孙建国,吴建开,费志平. 农业生物技术学报. 2018(01)
[7]半滑舌鳎IGF1基因编码区的多态性与生长性状及表达的相关性分析[J]. 黄政举,何峰,温海深,李吉方,司玉凤,赵君丽,任源远,邢德,徐捷凯. 中国海洋大学学报(自然科学版). 2015(08)
[8]鱼类生长的神经内分泌调控[J]. 代向燕,张玮,卓子见,贺江燕,殷战. 中国科学:生命科学. 2014(12)
[9]建鲤ODC1基因型与增重的相关性分析[J]. 李红霞,李建林,唐永凯,俞菊华. 水生生物学报. 2014(03)
[10]埃及品系尼罗罗非鱼不同生长阶段形态性状与体重的相关性[J]. 肖炜,李大宇,邹芝英,祝璟琳,乐贻荣,韩珏,杨弘. 淡水渔业. 2014(02)
本文编号：3433641
【文章来源】：农业生物技术学报. 2020,28(11)北大核心CSCD
【文章页数】：16 页
【部分图文】：
吉富罗非鱼3个生长相关因子序列结构及SNPs位点
由于GHR1和GHR2基因在部分群体中存在的SNPs位点数大于2个，因此可通过Haplo View 4.2软件对2个群体罗非鱼GHR1和GHR2基因SNPs位点进行连锁不平衡分析，分析结果见图3。跟据Wang等(2002)的四配子检验法，在JF群体GHR1基因的7个SNPs中确定了1个单倍块，由全部7个SNPs位点构成，其中N3、N4、N7、N8和N9彼此之间连锁性较高，N3与N7、N4与N8和N9、N11与N13三组位点之间完全连锁(r2=1,D=1),N3、N4、N7、N8、N9位点均可作为单倍块1的标签SNPs；在AJ群体GHR1基因中4个位点共同组成1个单倍块，其中N"4、N"5和N"7三个位点之间连锁性较高，且N"5与N"7之间完全连锁(r2=1,D=1),N"5和N"7均可作为该单倍块的标签SNPs;JF群体GHR2基因的2个位点未构成单倍块，且位点之间的连锁性较低。2.6 生长因子SNPs位点与生长性状的关联分析
在JF群体中保留了9个位点。其中，GHR1基因保留了7个位点，N3及N4会引起编码氨基酸由缬氨酸(Val)改变为异亮氨酸(Ile),N7会引起编码氨基酸由亮氨酸(Leu)改变为谷氨酰胺(Gln),N8会引起编码氨基酸由缬氨酸(Val)改变为甘氨酸(Gly),N9会引起编码氨基酸由苏氨酸(Thr)改变为赖氨酸(Lys),N11会引起编码氨基酸由苏氨酸(Thr)改变为丝氨酸(Ser),N13会引起编码氨基酸由甲硫氨酸(Met)改变为苏氨酸(Thr)；在GHR2基因中保留了2个位点，N17和N18共同引起基因启动子区减少了1个钙反应因子(calcium-responsive factor,Ca RF)的转录因子结合位点。在AJ群体中保留了5个位点。其中，GHR1基因保留了4个位点，N"2使转录因子结合位点由Vir D2结合蛋白(Vir D2-binding-protein,VBP)改变为单略因子2 (odd-skipped related 2,OSR2),N"4会引起编码氨基酸由丝氨酸(Ser)改变为丙氨酸(Ala),N"5会引起编码氨基酸由苏氨酸(Thr)改变为丝氨酸(Ser),N"7会引起编码氨基酸由甲硫氨酸(Met)改变为苏氨酸(Thr)；在GHR2基因中仅保留1个位点，N"10位点引起基因启动子区增加了1个热休克因子2 (heat shock factors 2,HSF2)的转录因子结合位点；在IGF-Ⅰ基因中并未发现引起了序列功能改变的SNPs位点，无位点被保留。
【参考文献】：
期刊论文
[1]两种弧菌感染大黄鱼免疫相关基因的SNP位点分析[J]. 孙明洁,张娜,徐善良,鲍宝龙,龚小玲. 上海海洋大学学报. 2019(05)
[2]大口黑鲈IGFBP1基因SNPs的筛选及与生长性状的关联分析[J]. 李锐,李胜杰,白俊杰,姜鹏. 基因组学与应用生物学. 2019(08)
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[4]尼罗罗非鱼β2m基因SNP位点和单倍型与无乳链球菌抗性的关联分析[J]. 张栋,高风英,卢迈新,曹建萌,刘志刚,可小丽,王淼. 水生生物学报. 2018(05)
[5]中华绒螯蟹MSTN基因SNPs多态性及与生长性状的关联分析[J]. 陈义培,吴廉,陈晓雯,岳武成,黄姝,王军,王成辉. 水生生物学报. 2018(02)
[6]大口黑鲈载脂蛋白基因序列单核苷酸多态性及与生长性状相关分析[J]. 李胜杰,景燕娟,白俊杰,孙建国,吴建开,费志平. 农业生物技术学报. 2018(01)
[7]半滑舌鳎IGF1基因编码区的多态性与生长性状及表达的相关性分析[J]. 黄政举,何峰,温海深,李吉方,司玉凤,赵君丽,任源远,邢德,徐捷凯. 中国海洋大学学报(自然科学版). 2015(08)
[8]鱼类生长的神经内分泌调控[J]. 代向燕,张玮,卓子见,贺江燕,殷战. 中国科学:生命科学. 2014(12)
[9]建鲤ODC1基因型与增重的相关性分析[J]. 李红霞,李建林,唐永凯,俞菊华. 水生生物学报. 2014(03)
[10]埃及品系尼罗罗非鱼不同生长阶段形态性状与体重的相关性[J]. 肖炜,李大宇,邹芝英,祝璟琳,乐贻荣,韩珏,杨弘. 淡水渔业. 2014(02)
本文编号：3433641
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