青风藤转录组分析及青藤碱生物合成通路相关基因的挖掘
发布时间：2021-10-16 21:56
青风藤（Sinomenium acutum）又有枫风藤、青藤、滇防己等之称,它是一种传统中药,也被认为是一味重要的名族药,用青风藤来治疗类风湿性关节炎以及其他相似疾病已经延续了一千多年。近年来,药企和公司大量收购青风藤,青风藤野生资源的损坏程度极为严重,其种群数量急剧下降。本研究旨在一步步推测出青藤碱生物合成的完整通路,并对通路中可能起到关键调控作用的基因进行挖掘与验证,为后期通过基因工程实现青风藤青藤碱的合成生物学及产业化应用奠定坚实的基础。主要研究结果如下:1、运用分子生物学系统分类把全国各地收集的共63份野生青风藤植株分为了15种cp-DNA单倍型（C1-C15）,2018年挑选三年生15个cpDNA单倍型青风藤植株（根和茎均取）,进行转录组测序,建立了青风藤转录组池库。结果显示:测序共获得108.95Gb Clean Data,每个样品的Clean Data都达到6 Gb以上,满足分析要求,Q30碱基比≥92.98%;共拼接得到363104个转录本,其中包括281923个Unigene;根据转录组测序得到的异喹啉生物碱KEGG通路图,发现青风藤内一共注释到247个基因在这条通路...
【文章来源】：湖南农业大学湖南省
【文章页数】：80 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
生物信息分析流程
图 2-1 生物信息分析流程Fig. 2-1 Bioinformation analysis process2.3 结果与分析2.3.1 总 DNA 电泳检测结果电泳检测 DNA 质量，结果如图 2-2，可见电泳条带为单一、清晰的亮带，说明 DNA浓度较高能满足后续实验要求，可以满足后续 PCR 扩增反应的要求。
湖南农业大学硕士学位论文20图2-3Nr统计图Fig.2-3Nrstatistics注：为Nr库比对上的物种分布图。Note:ThespeciesdistributionmaponNrdatabasecomparison.2.3.7GO分类图2-4GO分类图Fig.2-4GOclassificationdiagram注：横坐标为GO三个大类的下一层级的GOterm，纵坐标为注释到该term下(包括该term的子term)的基因个数。Note:theabscissaistheGOtermofthenextlevelinthethreecategoriesofGO,andtheordinateisthenumberofgenesannotatedtothisterm(includingsub-termsofthisterm).GO数据库包含三种基本分类，即：生物学过程（BiologicalProcess），细胞组分（CellularComponent）和分子功能（MolecularFunction）。对基因进行GO注释，对注释成功的基因根据GO三个大类的下一层级类别进行归类统计。在青风藤中，注释
【参考文献】：
期刊论文
[1]传统药用植物转录组研究进展[J]. 李慧,马德志,姜明,刘溪,陈晓婷,刘振艳. 中医药信息. 2018(06)
[2]青风藤药用成分、药理作用及栽培繁育研究进展[J]. 曾茜垚,杨华. 湖南生态科学学报. 2018(01)
[3]青藤碱抗炎镇痛药效作用及其机制研究[J]. 李鑫,魏艳霞,谢志忻,林也,蔡雄,仇萍. 中药材. 2017(10)
[4]博落回中苄基异喹啉类生物碱生物合成与代谢工程研究概况[J]. 刘金凤,黄鹏,唐昭山,曾建国. 中国现代中药. 2017(10)
[5]转录组测序及其在药用植物上的应用[J]. 赵振宇,王仕玉,郭凤根,尹冬梅,朱旭海,杜玉霞. 基因组学与应用生物学. 2017(02)
[6]青藤碱抑制类风湿关节炎滑膜细胞增殖与诱导凋亡的研究[J]. 张群燕,赵智明,姚茹冰,郭郡浩,蔡辉. 中华中医药学刊. 2017(01)
[7]苄基异喹啉类生物碱生物合成与代谢工程研究进展[J]. 刘金凤,黄鹏,卿志星,柳亦松,唐其,曾建国. 基因组学与应用生物学. 2016(08)
[8]青藤碱药理作用研究进展[J]. 秦峰,蔡辉. 现代中药研究与实践. 2016(04)
[9]转录组测序技术在生物测序中的应用研究进展[J]. 贾昌路,张瑶,朱玲,张锐. 分子植物育种. 2015(10)
[10]中药青风藤种质资源研究进展[J]. 杨华,熊兴耀,仇萍. 生物技术世界. 2015(09)
博士论文
[1]基于同位素标记L-酪氨酸研究博落回中血根碱生源合成途径[D]. 刘秀斌.湖南农业大学 2017
硕士论文
[1]博落回属植物中苄基异喹啉类生物碱代谢组学研究[D]. 陈应庄.湖南师范大学 2008
[2]风湿性关节炎药物青藤碱的结构修饰[D]. 王菲.天津大学 2007
本文编号：3440562
【文章来源】：湖南农业大学湖南省
【文章页数】：80 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
生物信息分析流程
图 2-1 生物信息分析流程Fig. 2-1 Bioinformation analysis process2.3 结果与分析2.3.1 总 DNA 电泳检测结果电泳检测 DNA 质量，结果如图 2-2，可见电泳条带为单一、清晰的亮带，说明 DNA浓度较高能满足后续实验要求，可以满足后续 PCR 扩增反应的要求。
湖南农业大学硕士学位论文20图2-3Nr统计图Fig.2-3Nrstatistics注：为Nr库比对上的物种分布图。Note:ThespeciesdistributionmaponNrdatabasecomparison.2.3.7GO分类图2-4GO分类图Fig.2-4GOclassificationdiagram注：横坐标为GO三个大类的下一层级的GOterm，纵坐标为注释到该term下(包括该term的子term)的基因个数。Note:theabscissaistheGOtermofthenextlevelinthethreecategoriesofGO,andtheordinateisthenumberofgenesannotatedtothisterm(includingsub-termsofthisterm).GO数据库包含三种基本分类，即：生物学过程（BiologicalProcess），细胞组分（CellularComponent）和分子功能（MolecularFunction）。对基因进行GO注释，对注释成功的基因根据GO三个大类的下一层级类别进行归类统计。在青风藤中，注释
【参考文献】：
期刊论文
[1]传统药用植物转录组研究进展[J]. 李慧,马德志,姜明,刘溪,陈晓婷,刘振艳. 中医药信息. 2018(06)
[2]青风藤药用成分、药理作用及栽培繁育研究进展[J]. 曾茜垚,杨华. 湖南生态科学学报. 2018(01)
[3]青藤碱抗炎镇痛药效作用及其机制研究[J]. 李鑫,魏艳霞,谢志忻,林也,蔡雄,仇萍. 中药材. 2017(10)
[4]博落回中苄基异喹啉类生物碱生物合成与代谢工程研究概况[J]. 刘金凤,黄鹏,唐昭山,曾建国. 中国现代中药. 2017(10)
[5]转录组测序及其在药用植物上的应用[J]. 赵振宇,王仕玉,郭凤根,尹冬梅,朱旭海,杜玉霞. 基因组学与应用生物学. 2017(02)
[6]青藤碱抑制类风湿关节炎滑膜细胞增殖与诱导凋亡的研究[J]. 张群燕,赵智明,姚茹冰,郭郡浩,蔡辉. 中华中医药学刊. 2017(01)
[7]苄基异喹啉类生物碱生物合成与代谢工程研究进展[J]. 刘金凤,黄鹏,卿志星,柳亦松,唐其,曾建国. 基因组学与应用生物学. 2016(08)
[8]青藤碱药理作用研究进展[J]. 秦峰,蔡辉. 现代中药研究与实践. 2016(04)
[9]转录组测序技术在生物测序中的应用研究进展[J]. 贾昌路,张瑶,朱玲,张锐. 分子植物育种. 2015(10)
[10]中药青风藤种质资源研究进展[J]. 杨华,熊兴耀,仇萍. 生物技术世界. 2015(09)
博士论文
[1]基于同位素标记L-酪氨酸研究博落回中血根碱生源合成途径[D]. 刘秀斌.湖南农业大学 2017
硕士论文
[1]博落回属植物中苄基异喹啉类生物碱代谢组学研究[D]. 陈应庄.湖南师范大学 2008
[2]风湿性关节炎药物青藤碱的结构修饰[D]. 王菲.天津大学 2007
本文编号：3440562
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