基于转录组测序的西瓜果肉硬度相关基因表达分析

发布时间：2024-07-01 22:46

　　以脆肉型‘京欣3号’西瓜和硬肉型‘甜王’西瓜为样品,评价果肉硬度表型差异,并利用转录组测序技术检测2个品种间差异表达基因。结果发现‘,甜王’西瓜品种果肉硬度是‘京欣3号’西瓜的1.9倍,表型与‘京欣3号’西瓜具有显著性差异。转录组测序结果显示,与‘京欣3号’西瓜相比‘,甜王’西瓜样品有5 342个基因差异表达,其中2 360个基因上调表达,2 982个基因下调表达。差异基因主要注释在碳水化合物代谢、信号转导、脂质代谢等途径,其中与果肉硬度变化的候选基因主要包括果胶酯酶、果胶裂合酶、聚半乳糖醛酸酶、纤维素酶、纤维素合酶、β-半乳糖苷酶、β-葡萄糖苷酶、酸性几丁质酶、几丁质酶、木葡聚糖内转葡糖基酶/水解酶和脂氧合酶基因。钙调蛋白、乙烯反应转录因子、乙烯不敏感样蛋白、WRKY转录因子、MYC2转录因子、过氧化氢酶、呼吸爆发氧化酶和脱落酸受体PYR1参与果肉细胞活动信号转导,可能与果肉硬度相关。

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【部分图文】：

图2西瓜样本间相关性分析

通过对不同西瓜样本的表达基因进行比较，筛选出差异表达基因。将FC（差异倍数）≥2且Padjust<0.05作为筛选标准，差异表达基因的数目统计如表2所示，2组间共有5342个基因差异表达，其中2360个基因上调表达，2982个基因下调表达。差异基因火山图（图4）可以简明地....

图7差异表达基因的分层聚类分析

脂氧合酶参与植物脂肪酸氧化，与植物的抗病和抗伤害反应密切相关。钙调蛋白可以调节细胞内钙离子的浓度，介导细胞活动。乙烯响应转录因子是植物中广泛存在的转录因子,对植物的生长发育、次生代谢过程和植物的抗胁迫能力具有重要的调控作用[24]。Gao等[19]对‘PI186490’和‘San....

图1西瓜果肉贮藏期内硬度变化

图1显示，‘京欣3号’西瓜和‘甜王’西瓜在贮藏期期间硬度变化情况。‘京欣3号’西瓜和‘甜王’西瓜具有相同的母本，属于近缘品种，‘京欣3号’西瓜果肉松脆，而‘甜王’西瓜果肉较硬。测定结果显示‘甜王’西瓜果肉硬度显著高于‘京欣3号’西瓜，是‘京欣3号’西瓜果肉硬度的1.9倍；在贮藏期....

图3西瓜样本PCA分析

图2西瓜样本间相关性分析2.5差异表达基因的GO功能富集

本文编号：3999299