TCGA数据库372例胃癌组织CXCL10基因表达及临床意义

发布时间：2021-10-21 17:31

　　目的胃癌是导致癌症死亡的主要原因之一,是东亚部分地区最常见的胃肠道恶性肿瘤。随着医疗水平的提升,胃癌患者5年生存率有所提高,但至今仍无法做到痊愈根治。本研究对癌症和肿瘤基因图谱（Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库中胃癌和癌旁组织的基因测序数据进行挖掘,寻找胃癌治疗的新靶点。方法从TCGA数据库中获取372例胃癌和32例癌旁组织的RNA测序数据,按照logFC>1且P<0.05的标准筛选差异表达基因,通过WGCNA分析并关联胃癌患者的临床表型数据找出标志性基因。结果通过edgeR包和DESeq2包数据分析得到1 355个上调基因和1 774个下调基因。WGCNA分析差异基因得出11个模块,分别与患者临床数据进行相关性分析发现"black"模块与患者的生命状态呈正相关。将"black"模块中的基因进行蛋白质互作分析得到CXCL10基因节点度最高,经生存分析得出CXCL10基因与总生存率存在相关性,P<0.01。结论 CXCL10基因可能在胃癌的早期诊断和临床治疗中有重要的意义。 

【文章来源】：中华肿瘤防治杂志. 2020,27(13)北大核心

【文章页数】：8 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 数据获取与处理
    1.2 差异表达基因的筛选
    1.3 胃癌组织基因加权基因共表达网络分析及关联表型数据
    1.4 关键基因的确定
    1.5 GO功能注释和KEGG通路分析
    1.6 关键基因的生存分析和验证
    1.7 统计学方法
2 结果
    2.1 差异表达基因
    2.2 WGCNA分析结果
    2.3 关联临床表型数据
    2.4 PPI网络的构建结果
    2.5 关键基因的GO功能富集和KEGG通路分析
    2.6 关键基因生存分析和GEPIA验证关键基因表达情况
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3449428