乳腺癌差异表达基因NUF2的筛选及其功能验证

发布时间：2021-11-12 23:42

　　目的:筛选乳腺癌中差异表达基因,分析其与乳腺癌预后的相关性,研究其对乳腺癌细胞增殖和凋亡的影响。方法:利用GEO和TCGA数据库中的乳腺癌相关微阵列数据集进行生物信息学分析,得到乳腺癌中的差异表达基因（DEGs）;通过GO和KEGG分析研究DEGs富集的生物学功能（BP）和信号通路。通过PPI网络分析以及文献挖掘,选择NUF2作为研究对象;通过公共数据库及临床标本分析NUF2在乳腺癌组织中的表达及其与乳腺癌临床病理特征和预后的相关性;GSEA分析预测NUF2在乳腺癌中可能参与的信号通路。乳腺癌细胞MCF-7和MDA-MB-231中转染NUF2 siRNA,RT-qPCR和Western blot验证干扰效率;克隆形成实验和CCK-8实验检测乳腺癌细胞增殖能力的变化;流式细胞术检测乳腺癌细胞凋亡率的变化。结果:1.以正常乳腺组织为对照,在GSE45827,GSE42568,GSE65194和TCGA四个数据集中共筛选到190个表达趋势一致的DEGs,其中65个DEGs表达上调,125个DEGs表达下调。2.GO BP富集分析提示上调的DEGs主要富集于细胞分裂、有丝分裂核分裂和有丝分裂细... 

【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：71 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图３．１筛选乳腺癌微阵列数据集中的ＤＥＧｓｏＡ－Ｂ．在ＧＳＥ４５８２７，ＧＳＥ４２５６８，??

为标准剔除了?４１个ＤＥＧｓ，剩余１４９个ＤＥＧｓ?（５７个上调和９２个下调的ＤＥＧｓ）??用于构建ＰＰＩ网络，ＰＰＩ网络共显示１４９个节点和９３０条连线，表明１４９个节点蛋??白之间存在９３０次相互作用（图３．３Ａ）。将此ＰＰＩ网络导入Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ软件，使用??ＭＣＯＤＥ插件，筛选到两个功能模块。模块１包含３５个节点和５７３条连线（图３．３Ｂ）。??模块２包含２１个节点和１０４条连线（图３．３Ｃ）。基于Ｓｃｏｒｅ值，即蛋白相互作用??的密切程度，选择模块１用于进一步分析。??以ＴＣＧＡ数据库中ＤＥＧｓ的ｌｏｇ｜ＦＣ｜值为标准，对模块１中的３５个ＤＥＧｓ进行??排序，并选择排名前１０的ＤＥＧｓ进行后续分析。１０个ＤＥＧｓ在乳腺癌组织中的表??达水平均显著升高，是正常乳腺姐织的１０倍（ｌ〇ｇ｜ＦＣ｜彡３．４２）以上，但文献挖掘??发现，ＵＢＥ２Ｃ，?ＡＳＰＭ，ＢＩＲＣ５，?ＴＯＰ２Ａ，ＫＩＦ２０Ａ，ＣＥＰ５５，?ＴＰＸ２，?ＮＥＫ２?和?ＡＮＬＮ??都已被证明与乳腺癌发生发展或预后相关

使用Ｏｎｃｏｍｉｎｅ?（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｏｎｃｏｍｉｎｅ．ｏｒｇ／）数据库分析乳腺癌组织中ＮＵＦ２??ｍＲＮＡ的表达［３Ｑ】，结果在三个不同的数据集中均发现乳腺癌组织中ＮＵＦ２?ｍＲＮＡ??的表达水平显著高于正常乳腺组织（／Ｋ０．００１）（图３．４Ａ，Ｂ和Ｃ）。为了进一步验??证，本研究通过ＲＴ－ｑＰＣＲ检测４２对乳腺癌病灶组织及癌旁组织中ＮＵＦ２?ｍＲＮＡ??的表迖。与数据库分析的结果一致，乳腺癌病灶组织中ＮＵＦ２?ｍＲＮＡ的表达显着??高于癌旁组织（ｐ＜０．００１）（图３．４Ｄ）。??ＩＪ???Ｂ?３．５?—ｒ??１０?ｐ＜?０．００１?？?卜?ｐ＜?０．００１??。Ｊ?Ｊ?Ｆｏｌｄ?ｃｈａｎｇｅ?＝?９．２４５??苦?３?０?Ｆｏｌｄ?ｃｈａｎｇｅ?＝?１．３７０??ｆ?Ｉ?Ｅｉ?ｉ：５??ｓ?ｖ，?－ｉ．５?＾?？＝??＿?？琴??１１１?Ｂ?Ｈ?一?Ｂ??＾?ｉ?－７．〇?＿?????导？，〇?＿＿?—??Ｂｒｅａｓｔ?Ｉｎｖａｓｉｖｅ?Ｂｒｅａｓｔ?Ｃａｒｃｉｎｏｍａ?Ｂｒｅａｓｔ?Ｉｎｖａｓｉｖｅ?Ｄｕｃｔａｌ?Ｂｒｅａｓｔ???（ｎ＊６１）??（ｎ?■?７６）?（ｎ?■?１４４）?Ｃａｒｃｉｎｏｍａ?（ｎ?面?１５?Ｖ

【参考文献】：
期刊论文
[1]Effect of NDC80 in human hepatocellular carcinoma[J]. Lin-Ling Ju,Lin Chen,Jun-Hong Li,Yi-Fan Wang,Ru-Jian Lu,Zhao-Lian Bian,Jian-Guo Shao.  World Journal of Gastroenterology. 2017(20)



本文编号：3491872