慢性阻塞性肺疾病肺泡巨噬细胞差异表达基因的生物信息学分析

发布时间：2021-11-26 12:06

　　目的通过生物信息学技术分析慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者肺泡巨噬细胞（AM）差异表达基因（DEG）及其在COPD发病中的可能作用。方法下载基因表达数据集（GEO）数据库中COPD患者AM研究芯片和测序数据,应用R软件中limma和Degseq2包获取差异表达基因,并通过基因本体（GO）富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析、蛋白质相互作用分析（PPI）及关键基因（hub基因）分析,预测DEG可能参与的分子生物学机制。结果通过整合3个数据集,共获得AM的43个DEG,功能预测发现43个DEG主要与趋化因子、细胞因子、补体、细胞色素P450等相关,其主要涉及显著低表达的CXC趋化因子配体9（CXCL9）、 CXCL11等及显著高表达的细胞色素P450家族1亚家族B成员1（CYP1B1）。结论COPD患者AM的DEG与免疫和炎症的分子机制相关,可能参与COPD慢性炎症的发病机制。 

【文章来源】：细胞与分子免疫学杂志. 2020,36(11)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

差异基因蛋白质相互作用网络分析

hub基因分析

差异基因KEGG富集分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]肺泡巨噬细胞TLR4/MyD88信号通路参与并介导了机械通气所致的肺损伤[J]. 黄翠源,潘灵辉,林飞,钱卫,李玮.  细胞与分子免疫学杂志. 2015(02)



本文编号：3520113