马氏珠母贝生长相关基因筛选与功能验证
发布时间：2021-12-30 02:50
本研究以马氏珠母贝杂交家系（B与C）和近交家系（A与D）为实验材料进行RNA-seq测序,结合已有生长性状QTLs数据,筛选生长相关基因,进行候选基因锌脂蛋白1（PmOSR1）,β-微管蛋白4B（PmTubB-4B）,G蛋白偶联受体84（PmGPCR-84）与核受体亚家族5（PmNR5A2）特性分析,对PmOSR1,Pmβ-4B与PmEGFR基因进行SNP标记以及生长指标关联分析,筛选优异基因型,具体结果如下:1、本研究利用BGISEQ-500平台共检测8个样品,每个家系2个平行样,平均每个样品获得6.6Gb数据,以[log2 Ratio（BP/SP）]>1 and FDR<=0.001来筛选显著差异基因,杂交家系B与近交家系A,D相比有79个显著性差异基因,42个上调,37个下调;杂交家系C与近交家系A,D相比有68个基因,其中49个上调,19个下调;2、结合生长性状QTLs数据与转录组数据,筛选4个生长候选基因（PmOSR1,PmTubB-4B,PmGPCR-84与PmNR5A2）,利用cDNA末端快速扩增技术获得候选基因全长,其中,PmOSR1全...
【文章来源】：广东海洋大学广东省
【文章页数】：99 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
RNA-Seq测序Fig.2-1RNA-Seqsequencing
.3.1 家系材料甲基化结构分析每个家系 16 个个体，以闭壳肌为实验材料，测量 4 个家系的生长指标，中亲优势值（MHP），结果显示杂交家系 B、C 的生长性状显著高于近交家、D（P<0.05）。表 2-4 家系的生长性状比较Table 2-4 Growth traits among the four families of pearl oyster Pinctada fucata martensi家系 壳长（mm） 壳高（mm） 壳宽（mm） 壳重（g） 总重（g）A59.84 3.2a60.78 2.7a19.42 1.4ab16.46 1.7a 23.38 4.4aB64.56 2.7ab66.34 3.9b22.14 1.5a17.77 1.9b 28.15 3.6bC67.32 3.5b69.82 4.4b22.88 1.7a19.78 2.3b 31.42 4.7bD56.92 2.3c57.82 3.4a18.68 1.2b15.57 1.2a 21.34 3.3aMPH% 12.9 14.9 18.2 17.2 33.2: 同列数据后具有相同字母的均值差异不显著(P>0.05)ote: Mean values with the same letter within a column are not significant different (P>0.05)利用 20 对引物对 4 个家系进行甲基化分析，凝胶结构显示如图 2-2，全甲位点﹑半甲基化位点﹑非甲基化位点﹑组织甲基化结果如图 2-3，杂交家系甲基化位点﹑半甲基化位点和组织甲基化显著低于近交家系，非甲基化位点高于近交家系。
图 2-3 4 个家系间甲基化数据比较ig2-3 The data of DNAmethylation among the four families of pearl oyster Pinctada fucmartensii: A、D：近交家系，B、C：杂交家系；同列数据相同字母的均值差异不显著(P>0.05)。te: A、D is inbred family, B、C is hybrid family; Mean values with the same letter within a column are notnificant different (P>0.05).甲基化结构显示近交家系与杂交家系存在显著差异，可用于后续转录组分个家系选择 2 个个体提取总 RNA 用于建库。.3.2 测序结果.3.2.1 转录组测序结果统计通过 BGISEQ-500 平台测 8 个个体，每个样品平均产出 6.65Gb 数据，各 Q20 均大于 95%，Q30 均大于 87%，样品对比基因组的平均比对率为 73.86%对基因集的平均比对率为 46.65%，各样品的质控结果和基因组比对率见表 表 2-5 转录组映射结果Table 2-5 Transcriptome mapping statistics analysisSampleTotal rawTotal CleanTotalCleanCleanReadsCleanReadsCleanReadsTotalMappingUniqMap
【参考文献】：
期刊论文
[1]SNP芯片联合质谱筛检胃癌相关基因3′UTR区SNPs的病例-对照研究[J]. 韩仁杰,吴传城,刘宝英,郭赛熊,陈昱. 癌变·畸变·突变. 2018(05)
[2]马氏珠母贝（Pinctada fucata martensii）近交家系与其杂交子代DNA甲基化差异分析[J]. 杨晶淼,蔡炜裕,罗少杰,王庆恒,焦钰,黄荣莲,邓岳文. 基因组学与应用生物学. 2018(05)
[3]马氏珠母贝生长性状相关QTL在两个群体中的验证[J]. 韦国建,管云雁,刘文广,林坚士,何毛贤. 海洋通报. 2017(05)
[4]马氏珠母贝生长性状QTL鉴定及基因型选择效应分析[J]. 韦国建,李耀国,林坚士,何毛贤. 热带海洋学报. 2017(02)
[5]合浦珠母贝matrilin-1基因的克隆和表达分析[J]. 王珍珍,黄桂菊,范嗣刚,刘宝锁,张博,苏家齐,喻达辉. 南方水产科学. 2017(01)
[6]长牡蛎转化生长因子受体基因多态性与生长性状和糖原含量的相关性分析[J]. 陈钰,李琪,于红,孔令锋. 中国海洋大学学报(自然科学版). 2017(03)
[7]马氏珠母贝生长激素诱导跨膜蛋白基因GHITM克隆与表达分析[J]. 罗少杰,陈伟耀,杨创业,王庆恒,焦钰,邓岳文. 基因组学与应用生物学. 2016(08)
[8]马氏珠母贝Sox11基因的克隆及时序表达模式分析[J]. 于非非,王梅芳,桂建芳,周莉,余祥勇. 水生生物学报. 2016(01)
[9]马氏珠母贝肌肉生长抑制素基因eSNP多态性与生长性状的关联分析[J]. 黄文,李琴,林坚士,何毛贤. 海洋通报. 2016(01)
[10]马氏珠母贝两个与生长性状相关QTL的验证[J]. 韦国建,刘文广,林坚士,何毛贤. 海洋科学. 2015(11)
博士论文
[1]牡蛎生长与高温耐受性状的遗传解析[D]. 王金鹏.中国科学院研究生院(海洋研究所) 2016
[2]长牡蛎生长相关性状QTL定位与连锁不平衡研究[D]. 郭香.中国海洋大学 2013
[3]TGF-β超家族成员dvrl基因在胚胎发育早期原肠胚运动中的功能和机制研究[D]. 杜婷婷.上海交通大学 2013
[4]美洲牡蛎（Crassostrea virginica）抗病相关基因标记的筛选及应用[D]. 贺艳.中国海洋大学 2012
[5]基于微卫星和SNP标记的皱纹盘鲍遗传连锁图谱及其应用[D]. 张振.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2010
[6]人核受体nr5a2（hblf）转基因小鼠的建立及其分析[D]. 王水良.第二军医大学 2003
硕士论文
[1]马氏珠母贝类胡萝卜素代谢相关基因的筛选及SNP分析[D]. 雷超.广东海洋大学 2018
[2]合浦珠母贝IGFBP5、IGF2BP1及matrilin-1基因的克隆和表达分析[D]. 王珍珍.上海海洋大学 2016
[3]马氏珠母贝外套膜不同区域差异矿化基因的克隆及功能研究[D]. 刘晓丽.广东海洋大学 2015
[4]马氏珠母贝珍珠层基质蛋白基因的克隆与功能研究[D]. 董冰冰.广东海洋大学 2015
[5]马氏珠母贝珍珠层形成相关基因的克隆与功能研究[D]. 闫芳.广东海洋大学 2014
[6]马氏珠母贝SNP标记开发与其生长性状的关联分析[D]. 温海洋.海南大学 2014
本文编号：3557330
【文章来源】：广东海洋大学广东省
【文章页数】：99 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
RNA-Seq测序Fig.2-1RNA-Seqsequencing
.3.1 家系材料甲基化结构分析每个家系 16 个个体，以闭壳肌为实验材料，测量 4 个家系的生长指标，中亲优势值（MHP），结果显示杂交家系 B、C 的生长性状显著高于近交家、D（P<0.05）。表 2-4 家系的生长性状比较Table 2-4 Growth traits among the four families of pearl oyster Pinctada fucata martensi家系 壳长（mm） 壳高（mm） 壳宽（mm） 壳重（g） 总重（g）A59.84 3.2a60.78 2.7a19.42 1.4ab16.46 1.7a 23.38 4.4aB64.56 2.7ab66.34 3.9b22.14 1.5a17.77 1.9b 28.15 3.6bC67.32 3.5b69.82 4.4b22.88 1.7a19.78 2.3b 31.42 4.7bD56.92 2.3c57.82 3.4a18.68 1.2b15.57 1.2a 21.34 3.3aMPH% 12.9 14.9 18.2 17.2 33.2: 同列数据后具有相同字母的均值差异不显著(P>0.05)ote: Mean values with the same letter within a column are not significant different (P>0.05)利用 20 对引物对 4 个家系进行甲基化分析，凝胶结构显示如图 2-2，全甲位点﹑半甲基化位点﹑非甲基化位点﹑组织甲基化结果如图 2-3，杂交家系甲基化位点﹑半甲基化位点和组织甲基化显著低于近交家系，非甲基化位点高于近交家系。
图 2-3 4 个家系间甲基化数据比较ig2-3 The data of DNAmethylation among the four families of pearl oyster Pinctada fucmartensii: A、D：近交家系，B、C：杂交家系；同列数据相同字母的均值差异不显著(P>0.05)。te: A、D is inbred family, B、C is hybrid family; Mean values with the same letter within a column are notnificant different (P>0.05).甲基化结构显示近交家系与杂交家系存在显著差异，可用于后续转录组分个家系选择 2 个个体提取总 RNA 用于建库。.3.2 测序结果.3.2.1 转录组测序结果统计通过 BGISEQ-500 平台测 8 个个体，每个样品平均产出 6.65Gb 数据，各 Q20 均大于 95%，Q30 均大于 87%，样品对比基因组的平均比对率为 73.86%对基因集的平均比对率为 46.65%，各样品的质控结果和基因组比对率见表 表 2-5 转录组映射结果Table 2-5 Transcriptome mapping statistics analysisSampleTotal rawTotal CleanTotalCleanCleanReadsCleanReadsCleanReadsTotalMappingUniqMap
【参考文献】：
期刊论文
[1]SNP芯片联合质谱筛检胃癌相关基因3′UTR区SNPs的病例-对照研究[J]. 韩仁杰,吴传城,刘宝英,郭赛熊,陈昱. 癌变·畸变·突变. 2018(05)
[2]马氏珠母贝（Pinctada fucata martensii）近交家系与其杂交子代DNA甲基化差异分析[J]. 杨晶淼,蔡炜裕,罗少杰,王庆恒,焦钰,黄荣莲,邓岳文. 基因组学与应用生物学. 2018(05)
[3]马氏珠母贝生长性状相关QTL在两个群体中的验证[J]. 韦国建,管云雁,刘文广,林坚士,何毛贤. 海洋通报. 2017(05)
[4]马氏珠母贝生长性状QTL鉴定及基因型选择效应分析[J]. 韦国建,李耀国,林坚士,何毛贤. 热带海洋学报. 2017(02)
[5]合浦珠母贝matrilin-1基因的克隆和表达分析[J]. 王珍珍,黄桂菊,范嗣刚,刘宝锁,张博,苏家齐,喻达辉. 南方水产科学. 2017(01)
[6]长牡蛎转化生长因子受体基因多态性与生长性状和糖原含量的相关性分析[J]. 陈钰,李琪,于红,孔令锋. 中国海洋大学学报(自然科学版). 2017(03)
[7]马氏珠母贝生长激素诱导跨膜蛋白基因GHITM克隆与表达分析[J]. 罗少杰,陈伟耀,杨创业,王庆恒,焦钰,邓岳文. 基因组学与应用生物学. 2016(08)
[8]马氏珠母贝Sox11基因的克隆及时序表达模式分析[J]. 于非非,王梅芳,桂建芳,周莉,余祥勇. 水生生物学报. 2016(01)
[9]马氏珠母贝肌肉生长抑制素基因eSNP多态性与生长性状的关联分析[J]. 黄文,李琴,林坚士,何毛贤. 海洋通报. 2016(01)
[10]马氏珠母贝两个与生长性状相关QTL的验证[J]. 韦国建,刘文广,林坚士,何毛贤. 海洋科学. 2015(11)
博士论文
[1]牡蛎生长与高温耐受性状的遗传解析[D]. 王金鹏.中国科学院研究生院(海洋研究所) 2016
[2]长牡蛎生长相关性状QTL定位与连锁不平衡研究[D]. 郭香.中国海洋大学 2013
[3]TGF-β超家族成员dvrl基因在胚胎发育早期原肠胚运动中的功能和机制研究[D]. 杜婷婷.上海交通大学 2013
[4]美洲牡蛎（Crassostrea virginica）抗病相关基因标记的筛选及应用[D]. 贺艳.中国海洋大学 2012
[5]基于微卫星和SNP标记的皱纹盘鲍遗传连锁图谱及其应用[D]. 张振.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2010
[6]人核受体nr5a2（hblf）转基因小鼠的建立及其分析[D]. 王水良.第二军医大学 2003
硕士论文
[1]马氏珠母贝类胡萝卜素代谢相关基因的筛选及SNP分析[D]. 雷超.广东海洋大学 2018
[2]合浦珠母贝IGFBP5、IGF2BP1及matrilin-1基因的克隆和表达分析[D]. 王珍珍.上海海洋大学 2016
[3]马氏珠母贝外套膜不同区域差异矿化基因的克隆及功能研究[D]. 刘晓丽.广东海洋大学 2015
[4]马氏珠母贝珍珠层基质蛋白基因的克隆与功能研究[D]. 董冰冰.广东海洋大学 2015
[5]马氏珠母贝珍珠层形成相关基因的克隆与功能研究[D]. 闫芳.广东海洋大学 2014
[6]马氏珠母贝SNP标记开发与其生长性状的关联分析[D]. 温海洋.海南大学 2014
本文编号：3557330
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3557330.html
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