太湖猪生长性状基因编辑适宜位点预测
发布时间：2021-12-30 20:58
太湖猪（Sus scrofa）是分布于我国太湖流域的地方猪种,因繁殖力高而著称,且其兼具抗病性强、肉质鲜美、耐粗饲等诸多优点,是生猪遗传改良的重要资源。但太湖猪也存在生产性能较弱的显著劣势,常规育种及常用的分子育种方法对于生长性能的选择往往会带来其他性状性能降低的副作用。基因编辑是能够实现对目标DNA序列精准编辑的技术,若能够在基因组水平上比较中西方品种的差异,预测太湖猪可通过基因编辑提高生产性能的位点,无疑将为进一步揭示猪的重要经济性状遗传机制、改良我国地方品种遗传资源起到极大的推动作用。然而目前大部分研究的方向主要是sgRNA的编辑效率及脱靶概率,或者针对单个基因或位点设计CRISPR/Cas9靶位点,很少有报道关于适合利用基因编辑提升畜禽性能的靶点的筛选和最优sgRNA的推荐的研究。全面系统的综合7个太湖群体与西方品种的基因组信息进行靶点筛选和sgRNA推荐的研究工作目前尚未见报道。因此,本研究利用458头太湖地方品种猪和西方品种猪的测序数据,结合猪数量性状基因座（Quantitative Trait Locus,QTL）数据库、基因本体（Gene Ontology,GO）、通路...
【文章来源】：上海交通大学上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
猪QTL数据库结构及与公共数据库关系图
上海交通大学硕士学位论文-24-图2生长性状候选基因关系网络1Fig.2Network1ofgrowthcandidategenes表9IPA功能分析前10功能注释信息Table9Informationoftop10IPAfunctionannotation功能注释p-Value基因个数躯干发育1.47E-81172机体生长7.99E-81150体轴的发育4.93E-73163头部发育3.92E-71156机体死亡5.04E-69228发病率或死亡率1.16E-68229泌尿生殖系统的发展4.62E-64147细胞凋亡1.30E-62230转录1.52E-62206RNA表达5.69E-62212
上海交通大学硕士学位论文-25-表10IPA分析前10上游调控因子信息Table10Informationoftop10IPAUpstreamRegulators上游调控因子分子类型P值目标基因个数TGFB1生长因子8.92E-24103WNT3A细胞因子1.88E-2339CTNNB1转录调控因子5.66E-2263IGF1生长因子5.23E-1946dexamethasone化学药物3.41E-1891HRAS酶7.46E-1850estrogen化学药物4.10E-1734FGF2生长因子6.64E-1738TNF细胞因子4.46E-1688cycloheximide化学试剂7.64E-1637图3生长性状候选基因关系网络2Fig.3Network2ofgrowthcandidategenes
【参考文献】：
期刊论文
[1]基因编辑技术及其在畜牧业中的应用研究进展[J]. 李莉,毕延震,华再东,任红艳,肖红卫,刘西梅,郑新民. 基因组学与应用生物学. 2016(12)
[2]绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因预测分析[J]. 管毓渝,廖荣荣,王振,赵静,陈振亮,张哲,肖倩,孙浩,王起山,张向喆,杨长锁,潘玉春. 中国畜牧兽医. 2016(06)
[3]长白猪和大白猪生长激素基因多态性及其对部分经济性状的影响[J]. 王靖,刘颖,董文华,程洪青,包文斌,吴圣龙. 中国畜牧杂志. 2014(11)
[4]动物遗传育种方法研究进展[J]. 屈小平,宁美艳,武琳,段茂林. 家畜生态学报. 2012(01)
[5]数量遗传学的发展与动物育种应用[J]. 冯政,刘贵生,孙华,武华玉,李良华,梅书棋. 国外畜牧学(猪与禽). 2011(04)
[6]DRD1及DRD2基因多态性与鸡冠高和体重的相关性[J]. 徐海平,周敏,罗成龙,曾华,聂庆华,张德祥,张细权. 中国农业大学学报. 2010(02)
[7]猪生长激素基因多态性及其对国外猪种生长性状的影响[J]. 蔡兆伟,赵晓枫,张金枝,蒋涛,马敏标,陆建定,徐宁迎. 浙江农业科学. 2008(02)
[8]遗传标记辅助选择及其在动物育种中的应用[J]. 薛慧良. 生物学教学. 2007(09)
[9]动物育种方法的研究进展[J]. 王东劲,侯冠彧. 安徽农学通报. 2006(08)
[10]人生长激素研究进展[J]. 陈蓓,朱威. 生物学杂志. 2004(01)
博士论文
[1]基于SNP芯片和全测序数据的奶牛全基因组关联分析和基因组选择研究[D]. 吴晓平.中国农业大学 2014
硕士论文
[1]基于基因本体（GO）的基因语义相似性度量方法的研究及应用[D]. 连爱娥.上海师范大学 2010
本文编号：3558951
【文章来源】：上海交通大学上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
猪QTL数据库结构及与公共数据库关系图
上海交通大学硕士学位论文-24-图2生长性状候选基因关系网络1Fig.2Network1ofgrowthcandidategenes表9IPA功能分析前10功能注释信息Table9Informationoftop10IPAfunctionannotation功能注释p-Value基因个数躯干发育1.47E-81172机体生长7.99E-81150体轴的发育4.93E-73163头部发育3.92E-71156机体死亡5.04E-69228发病率或死亡率1.16E-68229泌尿生殖系统的发展4.62E-64147细胞凋亡1.30E-62230转录1.52E-62206RNA表达5.69E-62212
上海交通大学硕士学位论文-25-表10IPA分析前10上游调控因子信息Table10Informationoftop10IPAUpstreamRegulators上游调控因子分子类型P值目标基因个数TGFB1生长因子8.92E-24103WNT3A细胞因子1.88E-2339CTNNB1转录调控因子5.66E-2263IGF1生长因子5.23E-1946dexamethasone化学药物3.41E-1891HRAS酶7.46E-1850estrogen化学药物4.10E-1734FGF2生长因子6.64E-1738TNF细胞因子4.46E-1688cycloheximide化学试剂7.64E-1637图3生长性状候选基因关系网络2Fig.3Network2ofgrowthcandidategenes
【参考文献】：
期刊论文
[1]基因编辑技术及其在畜牧业中的应用研究进展[J]. 李莉,毕延震,华再东,任红艳,肖红卫,刘西梅,郑新民. 基因组学与应用生物学. 2016(12)
[2]绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因预测分析[J]. 管毓渝,廖荣荣,王振,赵静,陈振亮,张哲,肖倩,孙浩,王起山,张向喆,杨长锁,潘玉春. 中国畜牧兽医. 2016(06)
[3]长白猪和大白猪生长激素基因多态性及其对部分经济性状的影响[J]. 王靖,刘颖,董文华,程洪青,包文斌,吴圣龙. 中国畜牧杂志. 2014(11)
[4]动物遗传育种方法研究进展[J]. 屈小平,宁美艳,武琳,段茂林. 家畜生态学报. 2012(01)
[5]数量遗传学的发展与动物育种应用[J]. 冯政,刘贵生,孙华,武华玉,李良华,梅书棋. 国外畜牧学(猪与禽). 2011(04)
[6]DRD1及DRD2基因多态性与鸡冠高和体重的相关性[J]. 徐海平,周敏,罗成龙,曾华,聂庆华,张德祥,张细权. 中国农业大学学报. 2010(02)
[7]猪生长激素基因多态性及其对国外猪种生长性状的影响[J]. 蔡兆伟,赵晓枫,张金枝,蒋涛,马敏标,陆建定,徐宁迎. 浙江农业科学. 2008(02)
[8]遗传标记辅助选择及其在动物育种中的应用[J]. 薛慧良. 生物学教学. 2007(09)
[9]动物育种方法的研究进展[J]. 王东劲,侯冠彧. 安徽农学通报. 2006(08)
[10]人生长激素研究进展[J]. 陈蓓,朱威. 生物学杂志. 2004(01)
博士论文
[1]基于SNP芯片和全测序数据的奶牛全基因组关联分析和基因组选择研究[D]. 吴晓平.中国农业大学 2014
硕士论文
[1]基于基因本体（GO）的基因语义相似性度量方法的研究及应用[D]. 连爱娥.上海师范大学 2010
本文编号：3558951
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3558951.html
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