儿童激素抵抗型肾病综合征的临床和基因特征及INF2基因新发突变的功能研究

发布时间：2022-01-05 21:19

　　目的:通过探索儿童激素抵抗型肾病综合征（SRNS）的遗传性致病因素,从分子水平揭示中国东南地区人群SRNS致病和/或易感的遗传特征。方法:对我院肾内科2014年1月至2019年6月5年余间收治并依据《激素耐药型肾病综合征诊治循证指南（2016）》临床诊断为SRNS的患儿进行基因检测。在国内相关研究的基础上扩展,对所有编码基因的序列进行全外显子组的高通量测序,并利用高效的测序数据分析方法,进行半自动化的临床表型、基因变异致病性和遗传学特征的综合分析,寻找已知或未知的SRNS可能致病基因突变,再进行生物信息、分子生物学和分子/医学遗传学交叉学科分析;利用体外细胞系转染表达靶向突变的INF2基因,通过Western blot、细胞免疫荧光、细胞迁移和粘附实验分析携带特定突变的INF2基因是否对肾脏足细胞的生理功能产生影响。结果:共收集81例患儿的临床和基因检测资料数据,先天性肾病患儿（<=3月龄）6名,3-12月龄2名,1-6岁43名,6-12岁26名,12-18岁4名。基因诊断阳性率为28.4%（23/81）,其中先天性肾病患儿阳性率为100%（6/6）,非先天性肾病患儿（3月-12... 

【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

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【学位级别】：博士

【部分图文】：

捕获测序实验流程

浙江大学博士学位论文第一部分材料与方法152.3.4.5生物信息学分析高通量基因测序法已经成为一种常规的实验技术。高通量测序会得到大规模的原始基因图像数据（RawData），因此需要对原始数据进行精细过滤，后续工作都基于过滤后的数据（CleanData）展开。将CleanData通过基因比对算法（BWA）比对到参考基因组hg19/GRch37上，使用SAMtools工具对比对结果进行重排、建索引和去重复处理，得到BAM格式的最终比对结果。使用GATK软件进行单点突变检测（SNPDetecion）和小片段插入缺失检测（InDelDetection）分析，获得更为可靠的两种类型的基因突变数据集，在此基础上使用ANNOVAR软件进行基于dbSNP、千人基因组、ExAC、ESP等频率数据库及OMIM、Swiss-var、HGMD、ClinVar等疾病数据库的关联注释及预测，再使用ProveanSIFT、Polyphen2-HVAR、Polyphen2-HDIV、Mutationtster等软件进行蛋白质突变危害性分析，从变异位置、变异类型、变异频率、变异位点在基因数据库中的特征等方面对注释结果进行过滤，保留最有可能与SRNS疾病有关的变异。流程详见图1.3。图1.3生物信息学分析流程图2.3.4.6测序结果验证相较于高通量的第二代基因测序方法，第一代测序方法有着极高的准确性，

浙江大学博士学位论文第一部分结果20图1.423例SRNS病例的致病基因及突变信息图。（A）突变种类频数图；（B）单碱基突变类型频数图；（C）23病例致病突变数目图；（D）致病基因及其突变数目频数图。3.3.2基因突变的种类在23例患儿中发现了11个致病基因的相关突变，包括5例NPHS1、3例INF2、3例ANLN、3例PAX2、2例FAT1、2例NPHS2、1例ACTN4、1例ADCK4、1例PLCE1、1例TRPC6和1例WT1，各基因突变病例数在基因检测阳性病例中所占比例见图1.5。在我们的研究对象中最常见的基因突变为NPHS1（22%），其次为INF2、ANLN和PAX2（各为13%）。而ACTN4、PLCE1、TRPC6、WT1（各为4%）相对较少见。

【参考文献】：
期刊论文
[1]遗传变异分类标准与指南[J]. 王秋菊,沈亦平,邬玲仟,陈少科,陈子江,方向东,傅松滨,龚瑶琴,黄国英,黄国宁,黄荷凤,黄山,郝晓柯,冀小平,李红,梁波,廖灿,乔杰,苏海翔,魏军,王磊,王树玉,王晓红,邢清和,徐湘民,袁慧军,杨正林,周从容,周文浩,曾勇,张学军,黄涛生,郑茜,秦胜营,于世辉,关静,王洪阳,王大勇,赵立东,王慧君,孔令印,宣黎明,冒燕,祝轶君,徐君玲,王剑青,王莉,赵婷,秦一丁,夏滢颖,樊丽霞,赵丁丁,邱浩,贺林.  中国科学:生命科学. 2017(06)



本文编号：3571095