基于TCGA对UBE2S基因与肺腺癌相关性及其在肺腺癌中的功能机制研究

发布时间：2022-01-07 02:53

　　第1章 基于TCGA分析UBE2S基因在肺腺癌中的表达及相关性研究背景:肺腺癌（Adenocarcinoma of Lung）是最常见的肺癌类型。与肺鳞状细胞癌和大细胞肺癌一起被归类于非小细胞肺癌（NSCLC）。流行病学研究发现,无吸烟史肺癌患者中肺腺癌发病占比高达62%。无吸烟史肺癌患者中,肺腺癌发病率是肺鳞状细胞癌的3.4倍。另一方面,不吸烟的女性患腺癌细支气管肺泡亚型的可能性是男性的两到四倍,肺腺癌占女性肺癌的41.4%。75%患有肺癌的女性双胞胎为单卵双胞胎,表明肺癌有可能与家族遗传以及基因异常表达有密切相关性。近年来,TCGA的建立为探索肺腺癌分子学机制提供了不可多得的机遇。目的:1.本课题首先筛选TCGA肺腺癌样本数据中异常表达的基因,并通过生物信息学分析,提出在肺腺癌中该基因的异常表达可能的临床应用价值。2.通过临床样本研究,验证筛选的异常表达基因与肺腺癌临床病理特征的相关性,确定其临床应用价值和研究价值。方法:1.首先从TCGA网站下载同时具备肿瘤组织和癌旁组织数据,且有病理信息的肺腺癌样本57例。再对57例样本基因组数据进行数据过滤,选取表达量最高的转录本,应用TMM... 

【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：191 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图１．１癌症组织与癌旁组织变异图??注：Ｎ代表癌旁组织，Ｃ代表癌组织??可见肺腺癌组织与癌旁组织样本的分布明显分离

通过ｌ〇ｇ２?（肺腺癌组织／癌旁组织）分析ＵＢＥ２Ｓ基因在肺腺癌组织与癌旁组织??间的表达差异倍数，过滤标准为大于等于１，小于等于－１，统计检验Ｐ值小于０．０５??为符合零假设的差异表达基因，见图１．２。??通过筛选，得到最终用以分析的基因为ＵＢＥ２Ｓ，基因编号２７３３８，转录本数１，??Ｐｕｂｍｅｄ相关文献报道４４篇。结果见表１．３。??表１．?３?ＵＢＥ２Ｓ基本信息??Ｎｏｖｏｓｅｅｋ?ＭａｌａＣａｒｄｓ??基因ＩＤ?基因名称转录本数量?Ｐｕｂｍｅｄ??ｄｉｓｅａｓｅ?ｄｉｓｅａｓｅ??２７３３８?ＵＢＥ２Ｓ?１?４４?０?０??（４）?ＵＢＥ２Ｓ基因分析??８??

本表达量的原始数据为纵轴，以样本癌症组织和癌旁组织为横轴，每个样本形成一??条折线，折线的趋势即展示出ＵＢＥ２Ｓ基因在全部样本中的变化趋势。可见肺腺癌??组织与癌旁组织比较，癌症组织ＵＢＥ２Ｓ趋向于高表达（Ｐ＜０．０５），结果见图１．３Ａ。??除此之外，通过对ＵＢＥ２Ｓ基因在无配对５２２例癌症组织及３７９例正常组织的比较??中，癌症组织ＵＢＥ２Ｓ趋向于高表达（Ｐ＜０．０５），结果见图１．３Ｂ。??ｎ＞？２２?ｎ＞）７？??６０００．??ｗ?／产?２?＾００１??｜?４。。。－?／Ｖ；?Ｓ??｜?２０００－?＾?Ｉ！??０－１?＾???Ｎｏｒｍａｌ?Ｃａｎｃｅｒ?〇?Ｃａｎｗ?Ｎｏｎｎａｌ??Ａ配对样本比较?Ｂ无配对样本比较??图１．?３肺腺癌组织与癌旁组织ＵＢＥ２Ｓ表达差异分析??ＵＢＥ２Ｓ基因在癌症与癌旁组织样本表达差异分析，纵轴为ＦＣ值取以２为底的??对数值（ｌｏｇＦＣ），横轴为不同的样本，每一个样本的ｌｏｇＦＣ呈柱形显示。可见肺腺??９??


本文编号：3573661