基于生物信息学分析胃癌与癌旁组织中差异基因的表达及验证

发布时间：2022-01-14 09:05

　　目的:分析胃癌（gastric cancer,GC）与癌旁组织间的差异表达基因,寻找与GC的发生、发展及预后相关的关键基因。方法:基于基因表达数据库（gene expression omnibus,GEO）筛选GC与癌旁组织间显著差异表达的基因,利用京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）行通路富集分析。在癌症基因组图谱数据库（the cancer genome altlas,TCGA）中分析差异基因在GC中的表达及其与GC分期和预后的关系。最后在GC临床样本中验证。结果:在GEO中共筛选出1 353个差异表达基因。对GC中显著高表达的31个基因进行KEGG分析发现,其主要参与细胞外基质受体相互作用和蛋白消化与吸收。TCGA中分析显示此通路中的3个基因（COL1A1、COMP及THBS2）在GC中显著高表达,其中COL1A1高表达与GC的分期、预后不良显著相关。免疫组化结果证实COL1A1在GC中显著高表达,其表达与GC患者的预后相关。结论:COL1A1在GC中显著高表达,其与GC的发生发展及预后有重要关系。 

【文章来源】：肿瘤预防与治疗. 2020,33(10)

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

GC与正常/癌旁组织的差异表达基因及韦恩图。

GSE54129和GSE79973中高表达基因的KEGG通路富集分析

COL1A1呈棕黄色，主要在细胞间质中表达。与癌旁组织相比，COL1A1在GC组织中显著高表达(P<0.001，图4A～C)。COL1A1的表达与GC的分期明显相关(P=0.022),COL1A1表达水平越高，分期越晚(图4D)，且COL1A1与GC的预后显著相关(P=0.001)(图4E)。图4 COL1A1在GC中的表达及其与预后的关系

【参考文献】：
期刊论文
[1]人TERT基因启动子区生物信息学分析[J]. 夏得淳,雷子贤,赵娟,李婷婷,赵娟,康晓静.  肿瘤预防与治疗. 2020(03)
[2]胃癌关键基因和通路的生物信息学和功能分析[J]. 吴茜,宋兴勃,钟慧钰,温阳,应斌武.  肿瘤预防与治疗. 2020(02)



本文编号：3588222