甜瓜热激转录因子（Hsf）基因家族鉴定及生物信息学分析

发布时间：2022-08-01 18:41

　　热激转录因子（heat shock transcription factor,Hsf）是植物胁迫抗性调控中的一类重要因子,在植物胁迫应答和生长发育调控中起着关键作用。本试验基于甜瓜（Cucumis melo L.）基因组数据,利用生物信息学手段对CmHsf家族进行鉴定,并对其基因结构、位置信息、系统发育、共线性关系及启动子等进行了分析。结果表明:在甜瓜基因组数据中共鉴定到22个CmHsf基因家族成员,这些基因不均匀地分布在11条染色体上,所有基因均含有内含子,且内含子数量大多为1～2个;根据蛋白结构和系统发育分析,CmHsf可被分为3个类群,各类群数量不等,与其他植物Hsf基因在类群划分上具有一定的相似性;在与模式植物拟南芥进行同源进化分析中,系统进化树将所有的CmHsf基因家族聚为3类;在共线性分析中,甜瓜共有19个基因与黄瓜、西瓜存在共线性关系;在启动子分析中,鉴定到脱落酸、茉莉酸、生长素、赤霉素以及干旱、低温、机械损伤等信号响应顺式作用元件。 

【文章页数】：10 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 甜瓜Hsf家族基因鉴定及染色体定位
    1.2 甜瓜Hsf家族序列比对及进化树的构建
    1.3 甜瓜Hsf家族基因结构分析
    1.4 甜瓜与西瓜、黄瓜共线性基因分析
    1.5 启动子分析
2 结果与分析
    2.1 甜瓜Hsf家族基因的鉴定
    2.2 甜瓜Hsf家族基因的染色体定位
    2.3 甜瓜Hsf家族基因结构特征及系统进化分析
        2.3.1 甜瓜Hsf家族基因系统发育分析
        2.3.2 甜瓜Hsf家族基因保守结构域分析
        2.3.3 甜瓜Hsf家族基因结构分析
        2.3.4 甜瓜与拟南芥Hsf家族基因系统发育分析
    2.4 甜瓜与黄瓜、西瓜共线性基因分析
    2.5 甜瓜Hsf家族基因顺式作用元件分析
3 讨论与结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]热激转录因子在植物胁迫应答和生长发育中的作用[J]. 陆伟,耿玉璐,郑宇茜,王幼平,方玉洁.  分子植物育种. 2020(03)
[2]不同胁迫处理对甜瓜苗期生长发育的影响[J]. 王文英,刘喜存,郭春江,赵卫星,李晓慧.  蔬菜. 2019(02)
[3]全基因组范围葡萄热休克转录因子的鉴定与分析[J]. 王鹏飞,苏玲,蒋锡龙,杨立英,宫磊,任凤山,王咏梅.  安徽农业科学. 2017(32)
[4]番茄热激转录因子（Hsf）基因家族鉴定及表达分析[J]. 陈勇兵,王燕,张海利.  农业生物技术学报. 2015(04)
[5]植物热激转录因子基因家族的研究进展[J]. 黄小云,陶鹏,李必元,王五宏,岳智臣,雷娟利,钟新民.  浙江农业科学. 2014(09)



本文编号：3667974