通过生物信息学分析TCGA数据库中前列腺癌的基因和microRNAs表达谱及其临床相关性

发布时间：2022-10-08 10:12

　　目的本研究的目的在于利用公共数据库TCGA中提供的前列腺癌RNA-Seq数据,筛选潜在的前列腺癌相关基因和miRNA。通过建立蛋白质相互作用网络,寻找筛选出前列腺癌相关的关键基因,同时建立miRNA和靶基因的调控网络,寻找筛选出前列腺癌相关miRNA,从而扩充前列腺癌分子生物学的知识库,为功能学研究和靶向治疗等提供方向。最后,为寻找评估前列腺癌预后、指导风险分层,制定治疗策略的分子标志物,探索了差异表达miRNA和基因与预后,侵袭特征的临床相关性。方法从TCGA数据库中下载499例前列腺癌组织样本及52例癌旁正常前列腺组织样本mRNA和miRNA的RNA-SEQ数据以及临床数据,通过DESeq程序包分析前列腺癌基因和miRNA的表达谱,获得差异表达的基因（DEGs）和miRNA。对于筛选所得的差异表达基因,利用DAVID数据库进行生物学功能富基分析,使用String数据库获得蛋白质相互作用网络（PPI）,并利用Cytoscape中cytoHubba插件分析获得PPI网络中的关键基因。对于筛选所得的差异表达的miRNA,利用miRwalk2.0靶基因预测网站,联合12个权威的miRNA靶... 

【文章页数】：83 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 TCGA数据库中前列腺癌组织基因表达谱的分析
    1、引言
        1.1 前列腺癌的诊治现状
        1.2 前列腺癌与基因异常
        1.3 TCGA数据库
        1.4 RNA-SEQ差异表达分析方法
        1.5 DAVID数据库
        1.6 String数据库
    2、研究对象及方法
        2.1 研究对象
        2.2 实验方法
    3、结果
        3.1 前列腺相关差异表达基因的筛选
        3.2 差异基因的生物学功能富集分析
        3.3 差异表达基因的蛋白质互作网络的构建和关键基因筛选
    4、讨论
    5、第一章小结
第二章 基于TCGA数据库前列腺癌组织MicroRNA表达谱的分析
    1、引言
        1.1 miRNA概述
        1.2 miRNA与肿瘤
        1.3 miRNA与前列腺癌
    2、实验对象与方法
        2.1 实验对象
        2.2 实验方法
    3、结果
        3.1 基于TCGA数据库中差异表达miRNA的筛选
        3.2 差异表达miRNA与参与肿瘤信号调节通路的基因筛选
        3.3 通过GEO数据库,对差异表达miRNA进行验证
        3.4 验证miR-153,miR-375与靶基因的调控关系
    4、讨论
    5、第二章小结
第三章 差异表达基因与miRNA的临床相关性及预后分析
    1、引言
        1.1 基因与前列腺的临床相关性及预后
        1.2 miRNA与前列腺的临床相关性及预后
    2、实验对象及与方法
        2.1 实验对象
        2.2 实验方法
    3、结果
        3.1 构建与前列腺癌患者相关的预后预测模型
        3.2 临床病理参数分析
    4、讨论
    5、第三章小结
全文总结
中英文缩写词表
攻读博士期间主要成果
参考文献
致谢


【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3687524